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- EMDB-42521: Structure of Lassa virus glycoprotein (Josiah) on the surface of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42521
タイトルStructure of Lassa virus glycoprotein (Josiah) on the surface of VSVdG-Lassa-GPC vaccine particle.
マップデータmain map
試料
  • ウイルス: Lassa virus Josiah (ウイルス)
キーワードViral glycoprotein / Lassa virus (Josiah) / VSV vaccine particle / VIRAL PROTEIN
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Enriquez AS / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1132244 米国
Other privateA08154 米国
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2025
タイトル: Preclinical development of a replication-competent vesicular stomatitis virus-based Lassa virus vaccine candidate advanced into human clinical trials.
著者: Christopher L Cooper / Gavin Morrow / Maoli Yuan / Thomas S Postler / Maxwell L Neal / Robert W Cross / Courtney Woolsey / Krystle N Agans / Viktoriya Borisevich / Ryan P McNamara / Caroline ...著者: Christopher L Cooper / Gavin Morrow / Maoli Yuan / Thomas S Postler / Maxwell L Neal / Robert W Cross / Courtney Woolsey / Krystle N Agans / Viktoriya Borisevich / Ryan P McNamara / Caroline Atyeo / Vicky Roy / Daritza Germosen / Fuxiang Hou / Shui L Li / Lucia Reiserova / Yesle Choi / Aaron Wilson / Denise Wagner / Olivia Wallace-Selman / Alexei Carpov / Fuqiang Geng / Deborah J Frederick / Joanne DeStefano / Anne M Ercolini / Adrian S Enriquez / Kathryn M Hastie / Suzane Ramos da Silva / Eddy Sayeed / John W Coleman / Andrew Kilianski / Galit Alter / Erica Ollmann Saphire / John D Aitchison / Thomas W Geisbert / Swati B Gupta / Mark B Feinberg / Christopher L Parks /
要旨: BACKGROUND: Lassa fever (LF) is a zoonotic haemorrhagic disease caused by Lassa virus (LASV), which is endemic in West African countries. The multimammate rat is the main animal reservoir and its ...BACKGROUND: Lassa fever (LF) is a zoonotic haemorrhagic disease caused by Lassa virus (LASV), which is endemic in West African countries. The multimammate rat is the main animal reservoir and its geographic range is expected to expand due to influences like climate change and land usage, and this will place larger parts of Africa at risk. We conducted preclinical development on a promising experimental vaccine that allowed its advancement into human trials.
手法: The LF vaccine is based on a vesicular stomatitis virus (VSV) vector in which the VSV glycoprotein (G) was replaced with the LASV glycoprotein complex (GPC). Earlier studies showed that this ...手法: The LF vaccine is based on a vesicular stomatitis virus (VSV) vector in which the VSV glycoprotein (G) was replaced with the LASV glycoprotein complex (GPC). Earlier studies showed that this vaccine (VSVΔG-LASV-GPC) was efficacious in macaques, thus we regenerated VSVΔG-LASV-GPC using laboratory and documentation practices required to support vaccine manufacturing and human trials. The efficacy of the clinical vaccine candidate was assessed in cynomolgus macaques and more extensive immunologic analysis was performed than previously to investigate immune responses associated with protection.
FINDINGS: A single VSVΔG-LASV-GPC vaccination elicited innate, humoural and cellular immune responses, prevented development of substantial LASV viraemia, and protected animals from disease. ...FINDINGS: A single VSVΔG-LASV-GPC vaccination elicited innate, humoural and cellular immune responses, prevented development of substantial LASV viraemia, and protected animals from disease. Vaccinated macaques developed polyfunctional antibodies and serum was shown to neutralize virus expressing GPCs representative of geographically diverse LASV lineages.
INTERPRETATION: The VSVΔG-LASV-GPC clinical candidate elicited immunity that protected 10 of 10 vaccinated macaques from disease supporting its use in a clinical development program, which recently ...INTERPRETATION: The VSVΔG-LASV-GPC clinical candidate elicited immunity that protected 10 of 10 vaccinated macaques from disease supporting its use in a clinical development program, which recently progressed to phase 2 clinical trials. Moreover, immunologic analysis showed that virus-neutralizing serum antibodies likely played a role in preventing LASV disease in vaccinated macaques.
FUNDING: This work was supported by the Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI), The National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)/National Institutes of Health (NIH), ...FUNDING: This work was supported by the Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI), The National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)/National Institutes of Health (NIH), The Bill and Melinda Gates Global Vaccine Accelerator Program, the Burroughs Wellcome Fund, and financial gifts and support by Nancy Zimmerman, Mark and Lisa Schwartz, and Terry and Susan Ragon.
履歴
登録2023年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 217.6 Å		1.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 217.6 Å		1.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大0.0 - 1.924283
平均 (標準偏差)0.016770788 (±0.11828502)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_42521_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_42521_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lassa virus Josiah

全体名称: Lassa virus Josiah (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Lassa virus Josiah (ウイルス)

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超分子 #1: Lassa virus Josiah

超分子名称: Lassa virus Josiah / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11622 / 生物種: Lassa virus Josiah / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Mastomys natalensis (ネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: Hank's Balanced Salt Solution pH 7.2 with 15% Trehalose (mass/volume)
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Methylamine Tungstate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 914
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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