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- EMDB-42517: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42517
タイトルHIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
マップデータmain map
試料
  • 複合体: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
    • 複合体: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
キーワードEMPEM / polyclonal antibodies / rabbit / HIV vaccine candidate / HIV-1 / Env / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Lee W-H / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI157299 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2024
タイトル: mRNA lipid nanoparticles expressing cell-surface cleavage independent HIV Env trimers elicit autologous tier-2 neutralizing antibodies.
著者: Javier Guenaga / Mehrdad Alirezaei / Yu Feng / Mohamad-Gabriel Alameh / Wen-Hsin Lee / Sabyasachi Baboo / Jocelyn Cluff / Richard Wilson / Shridhar Bale / Gabriel Ozorowski / Paulo Lin / Ying ...著者: Javier Guenaga / Mehrdad Alirezaei / Yu Feng / Mohamad-Gabriel Alameh / Wen-Hsin Lee / Sabyasachi Baboo / Jocelyn Cluff / Richard Wilson / Shridhar Bale / Gabriel Ozorowski / Paulo Lin / Ying Tam / Jolene K Diedrich / John R Yates / James C Paulson / Andrew B Ward / Drew Weissman / Richard T Wyatt /
要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is the sole neutralizing determinant on the surface of the virus. The Env gp120 and gp41 subunits mediate receptor binding and membrane fusion and are generated ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is the sole neutralizing determinant on the surface of the virus. The Env gp120 and gp41 subunits mediate receptor binding and membrane fusion and are generated from the gp160 precursor by cellular furins. This cleavage event is required for viral entry. One approach to generate HIV-1 neutralizing antibodies following immunization is to express membrane-bound Env anchored on the cell-surface by genetic means using the natural HIV gp41 transmembrane (TM) spanning domain. To simplify the process of Env trimer membrane expression we sought to remove the need for Env precursor cleavage while maintaining native-like conformation following genetic expression. To accomplish these objectives, we selected our previously developed 'native flexibly linked' (NFL) stabilized soluble trimers that are both near-native in conformation and cleavage-independent. We genetically fused the NFL construct to the HIV TM domain by using a short linker or by restoring the native membrane external proximal region, absent in soluble trimers, to express the full HIV Env ectodomain on the plasma membrane. Both forms of cell-surface NFL trimers, without and with the MPER, displayed favorable antigenic profiles by flow cytometry when expressed from plasmid DNA or mRNA. These results were consistent with the presence of well-ordered cell surface native-like trimeric Env, a necessary requirement to generate neutralizing antibodies by vaccination. Inoculation of rabbits with mRNA lipid nanoparticles (LNP) expressing membrane-bound stabilized HIV Env NFL trimers generated tier 2 neutralizing antibody serum titers in immunized animals. Multiple inoculations of mRNA LNPs generated similar neutralizing antibody titers compared to immunizations of matched NFL soluble proteins in adjuvant. Given the recent success of mRNA vaccines to prevent severe COVID, these are important developments for genetic expression of native-like HIV Env trimers in animals and potentially in humans.
履歴
登録2023年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 322.56 Å		1.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 322.56 Å		1.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 322.56 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.028665893 - 0.058035005
平均 (標準偏差)-0.000049449984 (±0.004535354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 322.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_42517_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_42517_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab...

全体名称: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
要素
  • 複合体: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
    • 複合体: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756

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超分子 #1: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab...

超分子名称: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #2: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab...

超分子名称: HIV-1 JR-FL NFL.664 soluble trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit U5756
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: polyclonal Fab from rabbit U5756
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate / 詳細: 2% w/v

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v0r


詳細: EM map simulated from coordinates using molmap in UCSF Chimera and low pass filtered
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 3282
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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