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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42514 | |||||||||||||||
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タイトル | Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | IRON-SULFUR CLUSTER / METALLOCOFACTOR / ASSEMBLY / METAL TRANSPORT | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces (菌類) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.43 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Vasquez S / Drennan CL | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway. 著者: Sheena Vasquez / Melissa D Marquez / Edward J Brignole / Amanda Vo / Sunnie Kong / Christopher Park / Deborah L Perlstein / Catherine L Drennan / 要旨: Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the ...Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the cytosolic iron-sulfur cluster assembly (CIA) pathway is not well understood. Here we report cryo-EM structures of the HEAT-repeat protein Met18 from Saccharomyces cerevisiae, a key component of the CIA targeting complex (CTC) that identifies cytosolic and nuclear client proteins and delivers a mature iron-sulfur cluster. We find that in the absence of other CTC proteins, Met18 adopts tetrameric and hexameric states. Using mass photometry and negative stain EM, we show that upon the addition of Cia2, these higher order oligomeric states of Met18 disassemble. We also use pulldown assays to identify residues of critical importance for Cia2 binding and recognition of the Leu1 client, many of which are buried when Met18 oligomerizes. Our structures show conformations of Met18 that have not been previously observed in any Met18 homolog, lending support to the idea that a highly flexible Met18 may be key to how the CTC is able to deliver iron-sulfur clusters to client proteins of various sizes and shapes, i.e. Met18 conforms to the dimensions needed. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42514.map.gz | 70.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42514-v30.xml emd-42514.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42514.png | 78.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42514.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_42514_half_map_1.map.gz emd_42514_half_map_2.map.gz | 69.3 MB 69.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42514 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42514_validation.pdf.gz | 787.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42514_full_validation.pdf.gz | 787.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42514_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42514_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42514 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5998 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42514_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42514_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER
全体 | 名称: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER |
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要素 |
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-超分子 #1: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER
超分子 | 名称: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: MET18 HEXAMER IMAGED AND SOLVED BY CRYO-EM. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces (菌類) |
分子量 | 理論値: 118 kDa/nm |
-分子 #1: Met18/MMS19
分子 | 名称: Met18/MMS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AVVTFMANLN IDDSKANETA STVTDSIVHR SIKLLEVVVA LKDYFLSENE VERKKALTCL TTILAKTPKD HLSKNECSV IFQFYQSKLD DQALAKEVLE GFAALAPMKY VSINEIAQLL RLLLDNYQQG QHLASTRLWP F KILRKIFD RFFVNGSSTE QVKRINDLFI ...文字列: AVVTFMANLN IDDSKANETA STVTDSIVHR SIKLLEVVVA LKDYFLSENE VERKKALTCL TTILAKTPKD HLSKNECSV IFQFYQSKLD DQALAKEVLE GFAALAPMKY VSINEIAQLL RLLLDNYQQG QHLASTRLWP F KILRKIFD RFFVNGSSTE QVKRINDLFI ETFLHVANGE KDPRNLLLSF ALNKSITSSL QNVENAKEDL FD VLFCYFA ALKTALRSAI TATPLFAEDA YSNLLDKLTA SSPVVKNDTL LTLLECVRKF GGSSILENWT LLW NALKFE IMQNYTNYDA CLKIINLMAL QLYNFDKVSF EKFFTHVLDE LKPNFKYEKD LKQTCQILSA IGSG NVEIF NKVISSTFPL FLINTSEVAK LKLLIMNFSF FVDSYIDLFG RTSKESLGTP VPNNKMAEYK DEIIM ILSM ALTRSSKAEV TIRTLSVIQF TKMIKMKGFL TPEEVSLIIQ YFTEEILTDN NKNIYYACLE GLKTIS EIY EDLVFEISLK KLLDLLPDCF EEKIRVNDEE NIHIETILKI ILDFTTSRHI LVKESITFLA TKLNRVA KI SKSREYCFLL ISTIYSLFNN NNQNENVLNE EDALALKNAI EPKLFEIITQ ESAIVSDNYN LTLLSNVL F FTNLKIPQAA HQEELDRYNE LFISEGKIRI LDTPNVLAIS YAKILSALNK NCQFPQKFTV LFGTVQLLK KHAPRMTETE KLGYLELLLV LSNKFVSEKD VIGLFDWKDL SVINLEVMVW LTKGLIMQNS LESSEIAKKF IDLLSNEEI GSLVSKLFEV FVMDISSLKK FKGISWNNNV KILYKQKFFG DIFQTLVSNY KNTVDMTIKC N YLTALSLV LKHTPSQSVG PFINDLFPLL LQALDMPDPE VRVSALETLK DTTDKHHTLI TEHVSTIVPL LL SLSLPHK YNSVSVRLIA LQLLEMITTV VPLNYCLSYQ DDVLSALIPV LSDKKRIIRK QCVDTRQVYY ELG QI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 77 % / チャンバー内温度: 297.15 K / 詳細: SAMPLE WAS PREPARED ON THE CHAMELEON. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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ソフトウェア | 名称: EPU |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 53.47 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 92000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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ソフトウェア | 名称: PHENIX |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |