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- EMDB-42511: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42511
タイトルStructural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
マップデータPrimary Map (z-flipped)
試料
  • 複合体: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
キーワードIRON-SULFUR CLUSTER / METALLOCOFACTOR / ASSEMBLY / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / DNA metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / response to UV / DNA repair / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MMS19, C-terminal / MMS19, N-terminal / DNA repair/transcription protein MET18/MMS19 / RNAPII transcription regulator C-terminal / Dos2-interacting transcription regulator of RNA-Pol-II / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.77 Å
データ登録者Vasquez S / Drennan CL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121673 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1247312 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007287 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway.
著者: Sheena Vasquez / Melissa D Marquez / Edward J Brignole / Amanda Vo / Sunnie Kong / Christopher Park / Deborah L Perlstein / Catherine L Drennan /
要旨: Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the ...Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the cytosolic iron-sulfur cluster assembly (CIA) pathway is not well understood. Here we report cryo-EM structures of the HEAT-repeat protein Met18 from Saccharomyces cerevisiae, a key component of the CIA targeting complex (CTC) that identifies cytosolic and nuclear client proteins and delivers a mature iron-sulfur cluster. We find that in the absence of other CTC proteins, Met18 adopts tetrameric and hexameric states. Using mass photometry and negative stain EM, we show that upon the addition of Cia2, these higher order oligomeric states of Met18 disassemble. We also use pulldown assays to identify residues of critical importance for Cia2 binding and recognition of the Leu1 client, many of which are buried when Met18 oligomerizes. Our structures show conformations of Met18 that have not been previously observed in any Met18 homolog, lending support to the idea that a highly flexible Met18 may be key to how the CTC is able to deliver iron-sulfur clusters to client proteins of various sizes and shapes, i.e. Met18 conforms to the dimensions needed.
履歴
登録2023年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary Map (z-flipped)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 270 pix.
= 431.946 Å		1.6 Å/pix.
x 270 pix.
= 431.946 Å		1.6 Å/pix.
x 270 pix.
= 431.946 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5998 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.36368498 - 1.2943708
平均 (標準偏差)-0.0009510647 (±0.07864057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 431.94598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_42511_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER

全体名称: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER
要素
  • 複合体: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

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超分子 #1: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER

超分子名称: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: MET18 TETRAMER IMAGED AND SOLVED BY CRYO-EM.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
分子量理論値: 118 kDa/nm

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分子 #1: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

分子名称: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
分子量理論値: 118.007078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTPDELNSAV VTFMANLNID DSKANETAST VTDSIVHRSI KLLEVVVALK DYFLSENEVE RKKALTCLTT ILAKTPKDHL SKNECSVIF QFYQSKLDDQ ALAKEVLEGF AALAPMKYVS INEIAQLLRL LLDNYQQGQH LASTRLWPFK ILRKIFDRFF V NGSSTEQV ...文字列:
MTPDELNSAV VTFMANLNID DSKANETAST VTDSIVHRSI KLLEVVVALK DYFLSENEVE RKKALTCLTT ILAKTPKDHL SKNECSVIF QFYQSKLDDQ ALAKEVLEGF AALAPMKYVS INEIAQLLRL LLDNYQQGQH LASTRLWPFK ILRKIFDRFF V NGSSTEQV KRINDLFIET FLHVANGEKD PRNLLLSFAL NKSITSSLQN VENFKEDLFD VLFCYFPITF KPPKHDPYKI SN QDLKTAL RSAITATPLF AEDAYSNLLD KLTASSPVVK NDTLLTLLEC VRKFGGSSIL ENWTLLWNAL KFEIMQNSEG NEN TLLNPY NKDQQSDDVG QYTNYDACLK IINLMALQLY NFDKVSFEKF FTHVLDELKP NFKYEKDLKQ TCQILSAIGS GNVE IFNKV ISSTFPLFLI NTSEVAKLKL LIMNFSFFVD SYIDLFGRTS KESLGTPVPN NKMAEYKDEI IMILSMALTR SSKAE VTIR TLSVIQFTKM IKMKGFLTPE EVSLIIQYFT EEILTDNNKN IYYACLEGLK TISEIYEDLV FEISLKKLLD LLPDCF EEK IRVNDEENIH IETILKIILD FTTSRHILVK ESITFLATKL NRVAKISKSR EYCFLLISTI YSLFNNNNQN ENVLNEE DA LALKNAIEPK LFEIITQESA IVSDNYNLTL LSNVLFFTNL KIPQAAHQEE LDRYNELFIS EGKIRILDTP NVLAISYA K ILSALNKNCQ FPQKFTVLFG TVQLLKKHAP RMTETEKLGY LELLLVLSNK FVSEKDVIGL FDWKDLSVIN LEVMVWLTK GLIMQNSLES SEIAKKFIDL LSNEEIGSLV SKLFEVFVMD ISSLKKFKGI SWNNNVKILY KQKFFGDIFQ TLVSNYKNTV DMTIKCNYL TALSLVLKHT PSQSVGPFIN DLFPLLLQAL DMPDPEVRVS ALETLKDTTD KHHTLITEHV STIVPLLLSL S LPHKYNSV SVRLIALQLL EMITTVVPLN YCLSYQDDVL SALIPVLSDK KRIIRKQCVD TRQVYYELGQ IPFE

UniProtKB: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
1.0 %Glycerol
5.0 mMBetamercaptoethanol
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 77 % / チャンバー内温度: 297.15 K / 詳細: SAMPLE WAS PREPARED ON THE CHAMELEON.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 53.47 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 92000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 139569
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 30104
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 30000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Classes were made by asking for 3 ab initio maps during data processing

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tc0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8usq:
Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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