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- EMDB-42510: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42510
タイトルStructural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
マップデータ
試料
  • 複合体: QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX.
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
キーワードIRON-SULFUR CLUSTER / ASSEMBLY / CIA PATHWAY / MET18 / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / DNA metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / response to UV / DNA repair / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MMS19, C-terminal / MMS19, N-terminal / DNA repair/transcription protein MET18/MMS19 / RNAPII transcription regulator C-terminal / Dos2-interacting transcription regulator of RNA-Pol-II / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Vasquez S / Drennan CL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121673 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1247312 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007287 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway.
著者: Sheena Vasquez / Melissa D Marquez / Edward J Brignole / Amanda Vo / Sunnie Kong / Christopher Park / Deborah L Perlstein / Catherine L Drennan /
要旨: Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the ...Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the cytosolic iron-sulfur cluster assembly (CIA) pathway is not well understood. Here we report cryo-EM structures of the HEAT-repeat protein Met18 from Saccharomyces cerevisiae, a key component of the CIA targeting complex (CTC) that identifies cytosolic and nuclear client proteins and delivers a mature iron-sulfur cluster. We find that in the absence of other CTC proteins, Met18 adopts tetrameric and hexameric states. Using mass photometry and negative stain EM, we show that upon the addition of Cia2, these higher order oligomeric states of Met18 disassemble. We also use pulldown assays to identify residues of critical importance for Cia2 binding and recognition of the Leu1 client, many of which are buried when Met18 oligomerizes. Our structures show conformations of Met18 that have not been previously observed in any Met18 homolog, lending support to the idea that a highly flexible Met18 may be key to how the CTC is able to deliver iron-sulfur clusters to client proteins of various sizes and shapes, i.e. Met18 conforms to the dimensions needed.
履歴
登録2023年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 330 pix.
= 349.47 Å		1.06 Å/pix.
x 330 pix.
= 349.47 Å		1.06 Å/pix.
x 330 pix.
= 349.47 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.030579662 - 0.06286167
平均 (標準偏差)0.00021146622 (±0.0020778421)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 349.47 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX.

全体名称: QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX.
要素
  • 複合体: QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX.
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

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超分子 #1: QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX.

超分子名称: QUATERNARY STRUCTURE OF THE MET18 HEXAMER COMPLEX. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
分子量理論値: 118 kDa/nm

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分子 #1: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

分子名称: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
分子量理論値: 118.007078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTPDELNSAV VTFMANLNID DSKANETAST VTDSIVHRSI KLLEVVVALK DYFLSENEVE RKKALTCLTT ILAKTPKDHL SKNECSVIF QFYQSKLDDQ ALAKEVLEGF AALAPMKYVS INEIAQLLRL LLDNYQQGQH LASTRLWPFK ILRKIFDRFF V NGSSTEQV ...文字列:
MTPDELNSAV VTFMANLNID DSKANETAST VTDSIVHRSI KLLEVVVALK DYFLSENEVE RKKALTCLTT ILAKTPKDHL SKNECSVIF QFYQSKLDDQ ALAKEVLEGF AALAPMKYVS INEIAQLLRL LLDNYQQGQH LASTRLWPFK ILRKIFDRFF V NGSSTEQV KRINDLFIET FLHVANGEKD PRNLLLSFAL NKSITSSLQN VENFKEDLFD VLFCYFPITF KPPKHDPYKI SN QDLKTAL RSAITATPLF AEDAYSNLLD KLTASSPVVK NDTLLTLLEC VRKFGGSSIL ENWTLLWNAL KFEIMQNSEG NEN TLLNPY NKDQQSDDVG QYTNYDACLK IINLMALQLY NFDKVSFEKF FTHVLDELKP NFKYEKDLKQ TCQILSAIGS GNVE IFNKV ISSTFPLFLI NTSEVAKLKL LIMNFSFFVD SYIDLFGRTS KESLGTPVPN NKMAEYKDEI IMILSMALTR SSKAE VTIR TLSVIQFTKM IKMKGFLTPE EVSLIIQYFT EEILTDNNKN IYYACLEGLK TISEIYEDLV FEISLKKLLD LLPDCF EEK IRVNDEENIH IETILKIILD FTTSRHILVK ESITFLATKL NRVAKISKSR EYCFLLISTI YSLFNNNNQN ENVLNEE DA LALKNAIEPK LFEIITQESA IVSDNYNLTL LSNVLFFTNL KIPQAAHQEE LDRYNELFIS EGKIRILDTP NVLAISYA K ILSALNKNCQ FPQKFTVLFG TVQLLKKHAP RMTETEKLGY LELLLVLSNK FVSEKDVIGL FDWKDLSVIN LEVMVWLTK GLIMQNSLES SEIAKKFIDL LSNEEIGSLV SKLFEVFVMD ISSLKKFKGI SWNNNVKILY KQKFFGDIFQ TLVSNYKNTV DMTIKCNYL TALSLVLKHT PSQSVGPFIN DLFPLLLQAL DMPDPEVRVS ALETLKDTTD KHHTLITEHV STIVPLLLSL S LPHKYNSV SVRLIALQLL EMITTVVPLN YCLSYQDDVL SALIPVLSDK KRIIRKQCVD TRQVYYELGQ IPFE

UniProtKB: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.20 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
5.0 %Glycerol
5.0 mMBetamercaptoethanol
50.0 mMHEPES
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: -15 mA Electron Microscopy Science Quantifoil 1.2/1.3 Cu 300 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.59 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 379779
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.0), Warp) / 使用した粒子像数: 171255
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tc0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: PHENIX
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8usp:
Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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