[日本語] English
万見
- EMDB-42500: Cholinephosphotransferase in complex with selective inhibitor che... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42500
タイトルCholinephosphotransferase in complex with selective inhibitor chelerythrine
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: yCPT1
    • 複合体: yCPT1
      • タンパク質・ペプチド: Cholinephosphotransferase 1
    • 複合体: nanobody25
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium
  • リガンド: water
キーワードlipid metabolism / phospholipid synthesis / membrane protein enzyme / choline metabolism / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PC / Synthesis of PE / diacylglycerol cholinephosphotransferase / diacylglycerol cholinephosphotransferase activity / CDP-choline pathway / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine phosphotransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholinephosphotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Roberts JR / Maeda S / Ohi MD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for catalysis and selectivity of phospholipid synthesis by eukaryotic choline-phosphotransferase.
著者: Jacquelyn R Roberts / Yasuhiro Horibata / Frank E Kwarcinski / Vinson Lam / Ashleigh M Raczkowski / Akane Hubbard / Betsy White / Hiroyuki Sugimoto / Gregory G Tall / Melanie D Ohi / Shoji Maeda /
要旨: Phospholipids are the most abundant component in lipid membranes and are essential for the structural and functional integrity of the cell. In eukaryotic cells, phospholipids are primarily ...Phospholipids are the most abundant component in lipid membranes and are essential for the structural and functional integrity of the cell. In eukaryotic cells, phospholipids are primarily synthesized de novo through the Kennedy pathway that involves multiple enzymatic processes. The terminal reaction is mediated by a group of cytidine-5'-diphosphate (CDP)-choline /CDP-ethanolamine-phosphotransferases (CPT/EPT) that use 1,2-diacylglycerol (DAG) and CDP-choline or CDP-ethanolamine to produce phosphatidylcholine (PC) or phosphatidylethanolamine (PE) that are the main phospholipids in eukaryotic cells. Here we present the structure of the yeast CPT1 in multiple substrate-bound states. Structural and functional analysis of these binding-sites reveal the critical residues for the DAG acyl-chain preference and the choline/ethanolamine selectivity. Additionally, we present the structure in complex with a potent inhibitor characterized in this study. The ensemble of structures allows us to propose the reaction mechanism for phospholipid biosynthesis by the family of CDP-alcohol phosphotransferases (CDP-APs).
履歴
登録2023年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42500.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.434
最小 - 最大-2.2978075 - 3.4421315
平均 (標準偏差)-0.0003760571 (±0.06493872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_42500_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_42500_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : yCPT1

全体名称: yCPT1
要素
  • 複合体: yCPT1
    • 複合体: yCPT1
      • タンパク質・ペプチド: Cholinephosphotransferase 1
    • 複合体: nanobody25
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium
  • リガンド: water

-
超分子 #1: yCPT1

超分子名称: yCPT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
超分子 #2: yCPT1

超分子名称: yCPT1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
超分子 #3: nanobody25

超分子名称: nanobody25 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

-
分子 #1: Cholinephosphotransferase 1

分子名称: Cholinephosphotransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S228c
分子量理論値: 44.753988 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (ACE)GFFIPQSSL GNLKLYKYQS DDRSFLSNHV LRPFWRKFAT IFPLWMAPNL VTLLGFCFII FNVLTTLYYD PYFDQE SPR WTYFSYAIGL FLYQTFDACD GMHARRTGQQ GPLGELFDHC IDSINTTLSM IPVCSMTGMG YTYMTIFSQF AILCSFY LS ...文字列:
(ACE)GFFIPQSSL GNLKLYKYQS DDRSFLSNHV LRPFWRKFAT IFPLWMAPNL VTLLGFCFII FNVLTTLYYD PYFDQE SPR WTYFSYAIGL FLYQTFDACD GMHARRTGQQ GPLGELFDHC IDSINTTLSM IPVCSMTGMG YTYMTIFSQF AILCSFY LS TWEEYHTHKL YLAEFCGPVE GIIVLCISFI AVGIYGPQTI WHTKVAQFSW QDFVFDVETV HLMYAFCTGA LIFNIVTA H TNVVRYYESQ STKSATPSKT AENISKAVNG LLPFFAYFSS IFTLVLIQPS FISLALILSI GFSVAFVVGR MIIAHLTMQ PFPMVNFPFL IPTIQLVLYA FMVYVLDYQK GSIVSALVWM GLGLTLAIHG MFINDIIYDI TTFLDIYALS IKHPKEI

UniProtKB: Cholinephosphotransferase 1

-
分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #3: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

-
分子 #4: 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium

分子名称: 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CTI
分子量理論値: 348.372 Da
Chemical component information

ChemComp-CTI:
1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium / ケレリトリン / 阻害剤, alkaloid*YM

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2990 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4613867
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 371370
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7898


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial model fitting was done using a model superposition function into a 3D volume in Chimera and then Phenix.real_space_refine was used for flexible fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8urt:
Cholinephosphotransferase in complex with selective inhibitor chelerythrine

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る