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万見
- EMDB-42482: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42482
タイトルI53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad)
マップデータ
試料
  • 複合体: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad)
    • 複合体: Trimer head HA
      • タンパク質・ペプチド: Trimer head HA,Hemagglutinin HA1 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードInfluenza virus / Hemagglutinin nanoparticle vaccine / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI167966 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Antigen spacing on protein nanoparticles influences antibody responses to vaccination.
著者: Daniel Ellis / Annie Dosey / Seyhan Boyoglu-Barnum / Young-Jun Park / Rebecca Gillespie / Hubza Syeda / Geoffrey B Hutchinson / Yaroslav Tsybovsky / Michael Murphy / Deleah Pettie / Nick ...著者: Daniel Ellis / Annie Dosey / Seyhan Boyoglu-Barnum / Young-Jun Park / Rebecca Gillespie / Hubza Syeda / Geoffrey B Hutchinson / Yaroslav Tsybovsky / Michael Murphy / Deleah Pettie / Nick Matheson / Sidney Chan / George Ueda / Jorge A Fallas / Lauren Carter / Barney S Graham / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Neil P King /
要旨: Immunogen design approaches aim to control the specificity and quality of antibody responses elicited by next-generation vaccines. Here, we use computational protein design to generate a nanoparticle ...Immunogen design approaches aim to control the specificity and quality of antibody responses elicited by next-generation vaccines. Here, we use computational protein design to generate a nanoparticle vaccine platform based on the receptor-binding domain (RBD) of influenza hemagglutinin (HA) that enables precise control of antigen conformation and spacing. HA RBDs are presented as either monomers or native-like closed trimers that are connected to the underlying nanoparticle by a rigid linker that is modularly extended to precisely control antigen spacing. Nanoparticle immunogens with decreased spacing between trimeric RBDs elicit antibodies with improved hemagglutination inhibition and neutralization potency as well as binding breadth across diverse H1 HAs. Our "trihead" nanoparticle immunogen platform provides insights into anti-HA immunity, establishes antigen spacing as an important parameter in structure-based vaccine design, and embodies several design features that could be used in next-generation vaccines against influenza and other viruses.
履歴
登録2023年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 257.058 Å		1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 257.058 Å		1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 257.058 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4281 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.76
最小 - 最大-4.0713162 - 5.700295
平均 (標準偏差)0.012505041 (±0.12436632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 257.05798 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_42482_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42482_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42482_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad...

全体名称: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad)
要素
  • 複合体: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad)
    • 複合体: Trimer head HA
      • タンパク質・ペプチド: Trimer head HA,Hemagglutinin HA1 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad...

超分子名称: I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1

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超分子 #2: Trimer head HA

超分子名称: Trimer head HA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Trimer head HA,Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Trimer head HA,Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: I53_dn5 nanoparticle / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.253539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSKGSSQKG SRLLLLLVVS NLLLPQGVLA IAPLQLGNCS VAGWILGNPE CELLISKESW SYIVETPNPE NGTCFPGYFA DYEELRCQL SSVSSFERFE IFPKESSWPN HTVTGVSASC SHNGKSSFYR NLLWLTGKNG LYPNLSKSYV NNKEKEVLVL W GVHHPPNI ...文字列:
MDSKGSSQKG SRLLLLLVVS NLLLPQGVLA IAPLQLGNCS VAGWILGNPE CELLISKESW SYIVETPNPE NGTCFPGYFA DYEELRCQL SSVSSFERFE IFPKESSWPN HTVTGVSASC SHNGKSSFYR NLLWLTGKNG LYPNLSKSYV NNKEKEVLVL W GVHHPPNI GNQRALYHTE NAYVLVVSSH YDRVFTPIIA KRPKVRDQEG RINYYWTLLE PGDTIIFEAN GNLIAPWYAF AL SRGFGSG SGSCIEHIEN EIAELAYLLG ELAYKLGEYR IAIRAYRIAL KSDPNNAEAW YNLGNAYYKQ GRYREAIEYY QKA LELDPN NAEAWYNLGN AYYERGEYEE AIEYYRKALR LDPNNADAMQ NLLNAKMREE GGWELQHHHH HH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 690491
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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