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万見
- EMDB-42450: Pr/Pfr heterodimer (hybrid) state of Stigmatella aurantiaca bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42450
タイトルPr/Pfr heterodimer (hybrid) state of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2
マップデータPr/Pfr heterodimer (hybrid) state of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase)
  • リガンド: BILIVERDINE IX ALPHA
キーワードRed light photoreceptor / two component system / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Malla TN / Schmidt M / Stojkovic EA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-STC-1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF STC BioXFEL center award 6227 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Photoreception and signaling in bacterial phytochrome revealed by single-particle cryo-EM.
著者: Tek Narsingh Malla / Carolina Hernandez / Srinivasan Muniyappan / David Menendez / Dorina Bizhga / Joshua H Mendez / Peter Schwander / Emina A Stojković / Marius Schmidt /
要旨: Phytochromes are red-light photoreceptors discovered in plants with homologs in bacteria and fungi that regulate a variety of physiological responses. They display a reversible photocycle between two ...Phytochromes are red-light photoreceptors discovered in plants with homologs in bacteria and fungi that regulate a variety of physiological responses. They display a reversible photocycle between two distinct states: a red-light-absorbing Pr state and a far-red light-absorbing Pfr state. The photoconversion regulates the activity of an enzymatic domain, usually a histidine kinase (HK). The molecular mechanism that explains how light controls the HK activity is not understood because structures of unmodified bacterial phytochromes with HK activity are missing. Here, we report three cryo-electron microscopy structures of a wild-type bacterial phytochrome with HK activity determined as Pr and Pfr homodimers and as a Pr/Pfr heterodimer with individual subunits in distinct states. We propose that the Pr/Pfr heterodimer is a physiologically relevant signal transduction intermediate. Our results offer insight into the molecular mechanism that controls the enzymatic activity of the HK as part of a bacterial two-component system that perceives and transduces light signals.
履歴
登録2023年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pr/Pfr heterodimer (hybrid) state of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.84 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.84 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 303.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.1288981 - 0.31579986
平均 (標準偏差)0.00006705899 (±0.007447557)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 303.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome

全体名称: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase)
  • リガンド: BILIVERDINE IX ALPHA

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超分子 #1: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome

超分子名称: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Stigmatella aurantiaca (バクテリア)

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分子 #1: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidin...

分子名称: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The amino acids beyond residue number 536 were only interpreted with protein backbone including atom C-beta. With the resolution of the map near these residues, the backbone can be ...詳細: The amino acids beyond residue number 536 were only interpreted with protein backbone including atom C-beta. With the resolution of the map near these residues, the backbone can be distinguished but the side chains are not resolved.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
分子量理論値: 81.150758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRPSVSELEL SQCDREPIHL LGGIQAYGVL LAFRGPDRRL EVVSANTQAL LGRPPEALLG KTAAQVLPAE LWAQWELLSA RGALRVALP SGPYRALLHE SDGLTVLELE PAELQPDMEE TALELVRRLV SPLAGAKGTR ELLQTAANTV RALTGFDRVM V YRFDADWH ...文字列:
MRPSVSELEL SQCDREPIHL LGGIQAYGVL LAFRGPDRRL EVVSANTQAL LGRPPEALLG KTAAQVLPAE LWAQWELLSA RGALRVALP SGPYRALLHE SDGLTVLELE PAELQPDMEE TALELVRRLV SPLAGAKGTR ELLQTAANTV RALTGFDRVM V YRFDADWH GEVLAESKRE GMDGFLGMHF PATDIPVQAR ALYTRNPLRL IANARARPVP LVPSVVPELG RPLDLSGSAL RS VSPIHLE YLRNMGVEAS FSLSLLKDGA LWGLIACHHL APLHLSYERR RACEVLTQLL ALQLSSEERA AEAAEDSHRA ALL GPLATS LGAGGTLEEA LAKDGARVLE LTGATGAALL LGGEPLLVGR TPSMDEVEAL AAWLAPQPFQ TSFHTERLGS LYPP LAARA DVAAGLLAVR LAPASSRLAL WFRPEAVRTI SWAGNPRKPA EPEPGHARLH PRGSFQAWEE TVRETSPAWK RADLA AAEG FRSALIGVVL RQAAELERLS EALSRSNAEL DAFGHTVAHD LKEPLRGIQQ YAGFVMEDYH GALGPEGRGH MESLMW LAQ RSGDMLDGLF EYSRAGRVDL AWGEVNMQEV VDEVLATLST RFQAEKLTVR MPRRLPTVRC DGIRIAQVWA NLLVNAA KY QEGPERWVEA GFHGPGEPRP GAAGRYASAY VFYVKDPGIG IAPPFHEAIF EMFRRLHSAK AYGGGTGVGL AIARRLVQ L HGGALWVDSA PKQGATFYFT LGRGPG

UniProtKB: histidine kinase

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分子 #2: BILIVERDINE IX ALPHA

分子名称: BILIVERDINE IX ALPHA / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: BLA
分子量理論値: 582.646 Da
Chemical component information

ChemComp-BLA:
BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 67.02 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215374
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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