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- EMDB-42407: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42407
タイトルStructure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
マップデータStructure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
試料
  • 複合体: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
    • 複合体: Bud32
      • タンパク質・ペプチド: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
    • 複合体: Cgi121
      • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein Cgi121
    • 複合体: Kae1
      • タンパク質・ペプチド: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
    • 複合体: Pcc1
    • タンパク質・ペプチド: KEOPS complex Pcc1-like subunit
キーワードtRNA / modification / t6A / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / metalloendopeptidase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / metalloendopeptidase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / iron ion binding / protein serine kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family ...: / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / : / RIO domain / ATPase, nucleotide binding domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein Cgi121 / KEOPS complex Pcc1-like subunit / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) / Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Ona Chuquimarca SM / Beenstock J / Daou S / Keszei AFA / Yin Z / Sicheri F
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-178026 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of KEOPS bound to tRNA reveal functional roles of the kinase Bud32.
著者: Samara Mishelle Ona Chuquimarca / Jonah Beenstock / Salima Daou / Jennifer Porat / Alexander F A Keszei / Jay Z Yin / Tobias Beschauner / Mark A Bayfield / Mohammad T Mazhab-Jafari / Frank Sicheri /
要旨: The enzyme complex KEOPS (Kinase, Endopeptidase and Other Proteins of Small size) installs the universally conserved and essential N-threonylcarbamoyl adenosine modification (tA) on ANN-decoding ...The enzyme complex KEOPS (Kinase, Endopeptidase and Other Proteins of Small size) installs the universally conserved and essential N-threonylcarbamoyl adenosine modification (tA) on ANN-decoding tRNAs in eukaryotes and in archaea. KEOPS consists of Cgi121, Kae1, Pcc1, Gon7 and the atypical kinase/ATPase Bud32. Except Gon7, all KEOPS subunits are needed for tRNA modification, and in humans, mutations in all five genes underlie the lethal genetic disease Galloway Mowat Syndrome (GAMOS). Kae1 catalyzes the modification of tRNA, but the specific contributions of Bud32 and the other subunits are less clear. Here we solved cryogenic electron microscopy structures of KEOPS with and without a tRNA substrate. We uncover distinct flexibility of KEOPS-bound tRNA revealing a conformational change that may enable its modification by Kae1. We further identified a contact between a flipped-out base of the tRNA and an arginine residue in C-terminal tail of Bud32 that correlates with the conformational change in the tRNA. We also uncover contact surfaces within the KEOPS-tRNA holo-enzyme substrate complex that are required for Bud32 ATPase regulation and tA modification activity. Our findings uncover inner workings of KEOPS including a basis for substrate specificity and why Kae1 depends on all other subunits.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.43
最小 - 最大-25.463825 - 52.126907000000003
平均 (標準偏差)0.000000000003026 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42407_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_42407_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_42407_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_42407_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)

全体名称: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
要素
  • 複合体: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
    • 複合体: Bud32
      • タンパク質・ペプチド: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
    • 複合体: Cgi121
      • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein Cgi121
    • 複合体: Kae1
      • タンパク質・ペプチド: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
    • 複合体: Pcc1
    • タンパク質・ペプチド: KEOPS complex Pcc1-like subunit

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超分子 #1: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)

超分子名称: Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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超分子 #2: Bud32

超分子名称: Bud32 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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超分子 #3: Cgi121

超分子名称: Cgi121 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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超分子 #4: Kae1

超分子名称: Kae1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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超分子 #5: Pcc1

超分子名称: Pcc1 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)

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分子 #1: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesi...

分子名称: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 23.957547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: KIPEHLIGKG AEADIKRDSY LDFDVIIKER VKKGYRDERL DENIRKSRTA REARYLALVK DFGIPAPYIF DVDLDNKRIM MSYINGKLA KDVIEDNLDI AYKIGEIVGK LHKNDVIHND LTTSNFIFDK DLYIIDFGLG KISNLDRDKA VDLIVFKKAV L STHHEKFD ...文字列:
KIPEHLIGKG AEADIKRDSY LDFDVIIKER VKKGYRDERL DENIRKSRTA REARYLALVK DFGIPAPYIF DVDLDNKRIM MSYINGKLA KDVIEDNLDI AYKIGEIVGK LHKNDVIHND LTTSNFIFDK DLYIIDFGLG KISNLDRDKA VDLIVFKKAV L STHHEKFD EIWERFLEGY KSVYDRWEII LELMKDVERR ARYVE

UniProtKB: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

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分子 #2: Regulatory protein Cgi121

分子名称: Regulatory protein Cgi121 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 16.717654 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PMIIRGIRGA RINNEIFNLG LKFQILNADV VATKKHVLHA INQAKTKKPI AKSFWMEILV RASGQRQIHE AIKIIGAKDG NVCLICEDE ETFRKIYELI GGEIDDSVLE INEDKERLIR EIFKIRGFGN VVERVLEKIA LIELKKE

UniProtKB: Regulatory protein Cgi121

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分子 #3: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesi...

分子名称: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 35.772293 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MICLGLEGTA EKTGVGIVTS DGEVLFNKTI MYKPPKQGIN PREAADHHAE TFPKLIKEAF EVVDKNEIDL IAFSQGPGLG PSLRVTATV ARTLSLTLKK PIIGVNHCIA HIEIGKLTTE AEDPLTLYVS GGNTQVIAYV SKKYRVFGET LDIAVGNCLD Q FARYVNLP ...文字列:
MICLGLEGTA EKTGVGIVTS DGEVLFNKTI MYKPPKQGIN PREAADHHAE TFPKLIKEAF EVVDKNEIDL IAFSQGPGLG PSLRVTATV ARTLSLTLKK PIIGVNHCIA HIEIGKLTTE AEDPLTLYVS GGNTQVIAYV SKKYRVFGET LDIAVGNCLD Q FARYVNLP HPGGPYIEEL ARKGKKLVDL PYTVKGMDIA FSGLLTAAMR AYDAGERLED ICYSLQEYAF SMLTEITERA LA HTNKGEV MLVGGVAANN RLREMLKAMC EGQNVDFYVP PKEFCGDNGA MIAWLGLLMH KNGRWMSLDE TKIIPNYRTD MVE VNWI

UniProtKB: Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

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分子 #4: KEOPS complex Pcc1-like subunit

分子名称: KEOPS complex Pcc1-like subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 9.410949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKAKRVQAKI EIEFPSEDVA KVVYEAVLYE HLSVPYRRSE IDFKLEGKKI ILDIKATDSS ALRGTVNSYL RWIKAAIDVI EV

UniProtKB: KEOPS complex Pcc1-like subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 386585
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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