[日本語] English
万見
- EMDB-42400: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant class C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42400
タイトルRORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant class C
マップデータRORC mRNA 3'UTR riboswitch 77-GA mutant class C main refinement map
試料
  • 複合体: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant
    • RNA: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant
キーワードRNA / riboswitch / RORC / mRNA
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Asarnow D / Khoroshkin M / Goodarzi H / Cheng Y
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM140847 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021741 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD026881 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA240984 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA244634 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: A systematic search for RNA structural switches across the human transcriptome.
著者: Matvei Khoroshkin / Daniel Asarnow / Shaopu Zhou / Albertas Navickas / Aidan Winters / Jackson Goudreau / Simon K Zhou / Johnny Yu / Christina Palka / Lisa Fish / Ashir Borah / Kian Yousefi / ...著者: Matvei Khoroshkin / Daniel Asarnow / Shaopu Zhou / Albertas Navickas / Aidan Winters / Jackson Goudreau / Simon K Zhou / Johnny Yu / Christina Palka / Lisa Fish / Ashir Borah / Kian Yousefi / Christopher Carpenter / K Mark Ansel / Yifan Cheng / Luke A Gilbert / Hani Goodarzi /
要旨: RNA structural switches are key regulators of gene expression in bacteria, but their characterization in Metazoa remains limited. Here, we present SwitchSeeker, a comprehensive computational and ...RNA structural switches are key regulators of gene expression in bacteria, but their characterization in Metazoa remains limited. Here, we present SwitchSeeker, a comprehensive computational and experimental approach for systematic identification of functional RNA structural switches. We applied SwitchSeeker to the human transcriptome and identified 245 putative RNA switches. To validate our approach, we characterized a previously unknown RNA switch in the 3' untranslated region of the RORC (RAR-related orphan receptor C) transcript. In vivo dimethyl sulfate (DMS) mutational profiling with sequencing (DMS-MaPseq), coupled with cryogenic electron microscopy, confirmed its existence as two alternative structural conformations. Furthermore, we used genome-scale CRISPR screens to identify trans factors that regulate gene expression through this RNA structural switch. We found that nonsense-mediated messenger RNA decay acts on this element in a conformation-specific manner. SwitchSeeker provides an unbiased, experimentally driven method for discovering RNA structural switches that shape the eukaryotic gene expression landscape.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42400.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RORC mRNA 3'UTR riboswitch 77-GA mutant class C main refinement map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.34 Å/pix.
x 64 pix.
= 213.76 Å		3.34 Å/pix.
x 64 pix.
= 213.76 Å		3.34 Å/pix.
x 64 pix.
= 213.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-0.77836186 - 4.895885
平均 (標準偏差)0.01905156 (±0.21068029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 213.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_42400_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: RORC mRNA 3'UTR riboswitch 77-GA mutant class C refinement half-map A

ファイルemd_42400_half_map_1.map
注釈RORC mRNA 3'UTR riboswitch 77-GA mutant class C refinement half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant

全体名称: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant
要素
  • 複合体: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant
    • RNA: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant

-
超分子 #1: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant

超分子名称: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.2137 KDa

-
分子 #1: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant

分子名称: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant / タイプ: rna / ID: 1
配列文字列:
GGUGCUCCAG UCCACUGAUC UUGGGUCUGG GGUGAUCCAA AUACCACCCC AGCUCCAGCU GUCUUCUACC ACUAGAGAAC CCAAGAGAAG CAGAAGUCGC UCGCACUGGU CAGUCGGAAG GCAAGAUCAG AUCCUGGAGG ACU

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 887990
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 145445
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る