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万見
- EMDB-42392: Cryo-EM Structure of the Helicobacter pylori cagYdAP PR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42392
タイトルCryo-EM Structure of the Helicobacter pylori cagYdAP PR
マップデータ
試料
  • 複合体: Helicobacter pylori CagYdAP PR
    • タンパク質・ペプチド: Cag pathogenicity island protein (Cag8)
    • タンパク質・ペプチド: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
キーワードT4SS / protein translocation / MEMBRANE PROTEIN
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Roberts JR
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI039657 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA116087 米国
引用ジャーナル: Life Science Alliance / 年: 2024
タイトル: Subdomains of the H. pylori Cag T4SS outer membrane core complex exhibit structural independence
著者: Roberts JR / Tran SC / Frick-Cheng AF / Bryant KN / Okoye CD / Cover TL / Ohi MD
履歴
登録2023年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42392.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 648 pix.
= 699.84 Å		1.08 Å/pix.
x 648 pix.
= 699.84 Å		1.08 Å/pix.
x 648 pix.
= 699.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.6425841 - 1.0777255
平均 (標準偏差)0.0012483073 (±0.012570803)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ648648648
Spacing648648648
セルA=B=C: 699.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42392_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42392_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helicobacter pylori CagYdAP PR

全体名称: Helicobacter pylori CagYdAP PR
要素
  • 複合体: Helicobacter pylori CagYdAP PR
    • タンパク質・ペプチド: Cag pathogenicity island protein (Cag8)
    • タンパク質・ペプチド: Cag pathogenicity island protein (Cag7)

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超分子 #1: Helicobacter pylori CagYdAP PR

超分子名称: Helicobacter pylori CagYdAP PR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) / 株: 26695 / 細胞中の位置: membrane

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分子 #1: Cag pathogenicity island protein (Cag8)

分子名称: Cag pathogenicity island protein (Cag8) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
配列文字列: MGQAFFKKIV GCFCLGYLF L SSAIEAAA LD IKNFNRG RVK VVNKKI AYLG DEKPI TIWTS LDNV TVIQLE KDE TISYITT GF NKGWSIVP N SNHIFIQPK SVKSNLMFEK EAVNFALMT R DYQEFLKT KK LIVDAPD PKE LEEQKK ALEK EKEAK ...文字列:
MGQAFFKKIV GCFCLGYLF L SSAIEAAA LD IKNFNRG RVK VVNKKI AYLG DEKPI TIWTS LDNV TVIQLE KDE TISYITT GF NKGWSIVP N SNHIFIQPK SVKSNLMFEK EAVNFALMT R DYQEFLKT KK LIVDAPD PKE LEEQKK ALEK EKEAK EQAQK AQKD KREKRK EER AKNRANL EN LTNAMSNP Q NLSNNKNLS EFIKQQRENE LDQMERLED M QEQAQANA LK QIEELNK KQA EETIKQ RAKD KINIK TDKPQ KSPE DNSIEL SPS DSAWRTN LV VRTNKALY Q FILRIAQKD NFASAYLTVK LEYPQRHEV S SVIEELKK RE EAKRQKE LIK QENLNT TAYI NRVMM ASNEQ IINK EKIREE KQK IILDQAK AL ETQYVHNA L KRNPVPRNY NYYQAPEKRS KHIMPSEIF D DGTFTYFG FK NITLQPA IFV VQPDGK LSMT DAAID PNMTN SGLR WYRVNE IAE KFKLIKD KA LVTVINKG Y GKNPLTKNY NIKNYGELER VIKKLPEVR D K

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分子 #2: Cag pathogenicity island protein (Cag7)

分子名称: Cag pathogenicity island protein (Cag7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
配列文字列: MNEENDKLET SKKAQQDSPQ DLSNEEATEA NHFENLLKES KESSDHHLDN PTETQTHFDG DKSEETQTQM DSEGNETSES SNGSLADKLF KKARKLVDNK KPFTQQKNLD EETQELNEED DQENNEYQEE TQTDLIDDET SKKTQQHSPQ DLSNEEATEA NHFENLLKES ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C17 (17回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 22642
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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