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- EMDB-42378: Structure of PsCas9 in complex with gRNA and DNA in product state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42378
タイトルStructure of PsCas9 in complex with gRNA and DNA in product state
マップデータ
試料
  • 複合体: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state
    • タンパク質・ペプチド: Cas9
    • RNA: RNA (121-MER)
    • DNA: DNA (80-MER)
    • DNA: DNA (80-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas9 / CRISPR / IMMUNE SYSTEM
生物種Parasutterella secunda (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bravo JPK / Taylor DW
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138348 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-guided engineering of PsCas9 yields a high fidelity and activity enzyme for in vivo gene editing
著者: Bravo JPK / Taylor DW
履歴
登録2023年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 340.2 Å		0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 340.2 Å		0.81 Å/pix.
x 420 pix.
= 340.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0867
最小 - 最大-0.2823708 - 0.6996153
平均 (標準偏差)0.00010056169 (±0.013924834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 340.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42378_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42378_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state

全体名称: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state
要素
  • 複合体: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state
    • タンパク質・ペプチド: Cas9
    • RNA: RNA (121-MER)
    • DNA: DNA (80-MER)
    • DNA: DNA (80-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state

超分子名称: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 211.54 KDa

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分子 #1: Cas9

分子名称: Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 168.224266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAASMKRTAD GSEFESPKKK RKVTVKSTLA VDMGGRYTGI FSYTTDSGFP KAKEARAYVL NMPDNDALTY SMAARTQTRH RIRSQQRFV LARRLTYILI EGKLKRKLSP REKEAISSLL RRRGYSRLES ELDLSVLQGV ESGFFKCFLP NFDEDENLLT Q WTSLTDGY ...文字列:
GAASMKRTAD GSEFESPKKK RKVTVKSTLA VDMGGRYTGI FSYTTDSGFP KAKEARAYVL NMPDNDALTY SMAARTQTRH RIRSQQRFV LARRLTYILI EGKLKRKLSP REKEAISSLL RRRGYSRLES ELDLSVLQGV ESGFFKCFLP NFDEDENLLT Q WTSLTDGY LQNNSDSRRQ IQIFLESSKD SKEFLTVVKS QHQDTKEYKN ALKVMRDDAE SMIEQSMFGH KHRRLYLEAI AQ DIPRDSR LKPIIEAFSG VEKFHHFIGN LSNLQLRALR WYFNDPSMKN NVFDKERLKS VLVRAYQFFH YPKDLTQQRA EVL NAYEGA TDILETLQTL NPELTIPPYE DQNNRRPPLD QTLWLSPRLL DQRYGDTWEI WVQNLLRSPL SKGIDENLDT ILIT TDRKA RLLERQSGRL IHYTSQKLYH SYVLQRLLDR TVENDAYLLK TLVSSNRGNS NEIHQAQERL TRDLGSQHIK KFLDF VRQY YDEVDKAKRG LWFIVEKPLM ERADIHPPMK NDSVILRLVG NILCVSDLVD LSFWTRKVKG QSTVRSLCTA IEKTRK EYG NSFNYLYQRA LYLQSKGKKL SAEDKDFIKL QSNVLLVSDV IAEALDIKEE QKKKFANPFS LAQLYNIIET EKSGFIS TT LAAVDENAWR NNLQGKARCV QLCADTVRPF DGALRNILDR QAYEIAKLKA EELLSTELKN QTIDLVVLLE SNQFAFSA S LAEVKKSANT AAIRQKVAKA QKRQQDRWLS KDERIKSASR GLCPYTGKNL GDKGEVDHII PRSLSMNYMG SILNSEANL IYCSQEGNQL KLNGRKKLSD LADNYLKVVF GTADRGTICK YIEKSVSELT DAKIVQFELL DRSQQDAVRH ALFLEDFSEA RRRIIRLLG KINTARVNGT QAWFAKSFIT KLRELTKEWC ANNQITLAFD LYRLDAQTVS QDYRKKFALI NKDWAKPDDK K QPIASHAI DAFCVFAAAK DKRNIANVLG VFDEVAEEQN LKTIAQLMPS EVNLISPKRK SILDKNEVGS RALMKEGIFA EH FLPILVR GDDCRIGFDW SESGSVKVKD ADKLFGVLDG LLKQSQKRSV NGFETYTVDR IKAFELLHDV FIRPCSQKML EQA EVLEKL HYITQNISVT SVYDAVNRQF KCREEILKDK DFDIKVDLGN RFGSAKGKIT LPAKREWEKL VNRSELKNLI KDKL SDKGS EKTPDGETLI YDIFRSIPVQ KLSHKATRRV WSLPKIPSIS SGVRIKRKDS NGNDIYQLYM LNDTKCKGFV VNEKG VIDW SSDLVADLYK QPTLTILNGR YLKADQYVRM DQWYEVDCGR DDVIVKMCPG TSGRRYIEIT QSKKQFEDWT GYISGS FWN YPVTIKLSSQ QIANFVKNSQ MPLLGKPRSG QITVITLGNT LKYWYCVESK NSMMNEAYQK AYLVHFNQSG GSASDYK DD DDKKRTADGS EFEPKKKRKV

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分子 #2: RNA (121-MER)

分子名称: RNA (121-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 41.934762 KDa
配列文字列:
AUGUCACCUC CAAUGACUAG GGGUUUCAGU UAUUCGUGAA AACGAAUGAA GUCACUCUUA AAGUGAGCUG AAAUCACUAA AAAUUAAGA UUGAACCCGG CUACUGACUC UGUCAUCCGG GUUUACUUAU UU

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分子 #3: DNA (80-MER)

分子名称: DNA (80-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.8169 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG) (DT)(DG)(DC)

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分子 #4: DNA (80-MER)

分子名称: DNA (80-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.5306 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77059
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る