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- EMDB-42377: Influenza A virus Hemagglutinin H5/Vietnam/1204/2004 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42377
タイトルInfluenza A virus Hemagglutinin H5/Vietnam/1204/2004 in complex with D04 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: HA/Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHemagglutinin / Influenza A / Antibody / Fab / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ferreira Ramos AS / Bajic G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: Human naïve B cells recognize prepandemic influenza virus hemagglutinins.
著者: Jared Feldman / Ana Sofia Ferreira Ramos / Mya Vu / Daniel P Maurer / Victoria C Rosado / Daniel Lingwood / Goran Bajic / Aaron G Schmidt /
要旨: Understanding the naïve B cell repertoire and its specificity for potential zoonotic threats, such as the highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5Nx viruses, may allow prediction of infection- or ...Understanding the naïve B cell repertoire and its specificity for potential zoonotic threats, such as the highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5Nx viruses, may allow prediction of infection- or vaccine-specific responses. However, this naïve repertoire and the possibility to respond to emerging, prepandemic viruses are largely undetermined. Here, we profiled naïve B cell reactivity against a prototypical HPAI H5 hemagglutinin (HA), the major target of antibody responses. We found that the frequency of H5-specific human naïve B cells targeting the HA "head" domain was increased relative to cross-reactive B cells to a circulating seasonal H1N1 strain. We classified the isolated monoclonal antibodies (mAbs) by the HA epitopes engaged and found that selected mAbs neutralized H5N1 at germline. We determined a cryo-electron microscopic structure of one mAb in complex with H5 HA to define its epitope. Our study defines the naïve human B cell repertoire recognizing a potentially zoonotic HPAI.
履歴
登録2023年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.4 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.4 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018236294 - 1.8620819
平均 (標準偏差)0.0010353315 (±0.022564223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42377_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42377_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HA/Fab

全体名称: HA/Fab
要素
  • 複合体: HA/Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HA/Fab

超分子名称: HA/Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 350 kDa/nm

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 62.147801 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DQICIGYHAN NSTEQVDTIM EKNVTVTHAQ DILEKKHNGK LCDLDGVKPL ILRDCSVAGW LLGNPMCDEF INVPEWSYIV EKANPVNDL CFPGDFNDYE ELKHLLSRIN HFEKIQIIPK SSWSSHEASL GVSSACPYQG KSSFFRNVVW LIKKNSTYPT I KRSYNNTN ...文字列:
DQICIGYHAN NSTEQVDTIM EKNVTVTHAQ DILEKKHNGK LCDLDGVKPL ILRDCSVAGW LLGNPMCDEF INVPEWSYIV EKANPVNDL CFPGDFNDYE ELKHLLSRIN HFEKIQIIPK SSWSSHEASL GVSSACPYQG KSSFFRNVVW LIKKNSTYPT I KRSYNNTN QEDLLVLWGI HHPNDAAEQT KLYQNPTTYI SVGTSTLNQR LVPRIATRSK VNGQSGRMEF FWTILKPNDA IN FESNGNF IAPEYAYKIV KKGDSTIMKS ELEYGNCNTK CQTPMGAINS SMPFHNIHPL TIGECPKYVK SNRLVLATGL RNS PQRERG LFGAIAGFIE GGWQGMVDGW YGYHHSNEQG SGYAADKEST QKAIDGVTNK VNSIIDKMNT QFEAVGREFN NLER RIENL NKKMEDGFLD VWTYNAELLV LMENERTLDF HDSNVKNLYD KVRLQLRDNA KELGNGCFEF YHKCDNECME SVRNG TYDY PQYSEEARLK REEISGVRSG AGSSGSGRMK QIEDKIEEIL SKIYHIENEI ARIKKLIGER SGG

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Fab Heavy chain

分子名称: Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.0199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSSSSYIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARA PAAISYYMDV WGKGTTVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISSSSSYIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARA PAAISYYMDV WGKGTTVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKGSS

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分子 #3: Fab Light chain

分子名称: Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.229854 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPALTFGGGT KVEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE ...文字列:
DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPALTFGGGT KVEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.49 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7deb

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77276
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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