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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42374 | |||||||||
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タイトル | Mouse apoferritin imaged with a round aperture without P2 projection lens rotation, reconstructed from 25,000 particles | |||||||||
マップデータ | Map of mouse apoferritin imaged with a round aperture, reconstructed from 25,000 particles | |||||||||
試料 |
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キーワード | Iron binding / storage / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Chua EYD / Alink LM / Kopylov M / Johnston J / Einsenstein F / de Marco A | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024 タイトル: Square beams for optimal tiling in transmission electron microscopy. 著者: Eugene Y D Chua / Lambertus M Alink / Mykhailo Kopylov / Jake D Johnston / Fabian Eisenstein / Alex de Marco / 要旨: Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect ...Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect or results in uneven exposures, a problem for dose-sensitive samples. Here, we introduce a square electron beam that can easily be retrofitted in existing microscopes, and demonstrate its application, showing that it can tile nearly perfectly and deliver cryo-electron microscopy imaging with a resolution comparable to conventional set-ups. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42374.map.gz | 42.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42374-v30.xml emd-42374.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42374_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42374.png | 40.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42374.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_42374_half_map_1.map.gz emd_42374_half_map_2.map.gz | 77.4 MB 77.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42374 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42374 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42374_validation.pdf.gz | 930.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42374_full_validation.pdf.gz | 929.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42374_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42374_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42374 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42374 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of mouse apoferritin imaged with a round aperture, reconstructed from 25,000 particles | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B of mouse apoferritin imaged with a round aperture
ファイル | emd_42374_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of mouse apoferritin imaged with a round aperture | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of mouse apoferritin imaged with a round aperture
ファイル | emd_42374_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of mouse apoferritin imaged with a round aperture | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.23 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |