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- EMDB-42304: Structure of Pol II-DSIF-NELF - post-translocated -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42304
タイトルStructure of Pol II-DSIF-NELF - post-translocated
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
キーワードNucleic acids / transcription / RNA polymerase II / NELF / DSIF / pausing
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Su BG / Vos SM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-GM146254 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Distinct negative elongation factor conformations regulate RNA polymerase II promoter-proximal pausing.
著者: Bonnie G Su / Seychelle M Vos /
要旨: Metazoan gene expression regulation involves pausing of RNA polymerase (Pol II) in the promoter-proximal region of genes and is stabilized by DSIF and NELF. Upon depletion of elongation factors, NELF ...Metazoan gene expression regulation involves pausing of RNA polymerase (Pol II) in the promoter-proximal region of genes and is stabilized by DSIF and NELF. Upon depletion of elongation factors, NELF appears to accompany elongating Pol II past pause sites; however, prior work indicates that NELF prevents Pol II elongation. Here, we report cryoelectron microscopy structures of Pol II-DSIF-NELF complexes with NELF in two distinct conformations corresponding to paused and poised states. The paused NELF state supports Pol II stalling, whereas the poised NELF state enables transcription elongation as it does not support a tilted RNA-DNA hybrid. Further, the poised NELF state can accommodate TFIIS binding to Pol II, allowing for Pol II reactivation at paused or backtracking sites. Finally, we observe that the NELF-A tentacle interacts with the RPB2 protrusion and is necessary for pausing. Our results define how NELF can support pausing, reactivation, and elongation by Pol II.
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42304.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.8710356 - 2.7886388
平均 (標準偏差)0.00023841269 (±0.089455046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 420.864 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_42304_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_42304_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42304_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42304_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF

全体名称: RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF
要素
  • 複合体: RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF
    • タンパク質・ペプチド: RPB1
    • タンパク質・ペプチド: RPB2
    • タンパク質・ペプチド: RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RPB4
    • タンパク質・ペプチド: RPB5
    • タンパク質・ペプチド: RPB6
    • タンパク質・ペプチド: RPB7
    • タンパク質・ペプチド: RPB8
    • タンパク質・ペプチド: RPB9
    • タンパク質・ペプチド: RPB10
    • タンパク質・ペプチド: RPB11
    • タンパク質・ペプチド: RPB12
    • DNA: Non-template DNA
    • RNA: RNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: NELF-A
    • タンパク質・ペプチド: SPT4
    • タンパク質・ペプチド: SPT5
    • タンパク質・ペプチド: NELF-C
    • タンパク質・ペプチド: NELF-B
    • タンパク質・ペプチド: NELF-E

+
超分子 #1: RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF

超分子名称: RNA Polymerase in complex with DSIF and NELF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21

+
分子 #1: RPB1

分子名称: RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

+
分子 #2: RPB2

分子名称: RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD ...文字列:
MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD RDLCELNECP LDPGGYFIIN GSEKVLIAQE KMATNTVYVF AKKDSKYAYT GECRSCLENS SRPTSTIWVS ML ARGGQGA KKSAIGQRIV ATLPYIKQEV PIIIVFRALG FVSDRDILEH IIYDFEDPEM MEMVKPSLDE AFVIQEQNVA LNF IGSRGA KPGVTKEKRI KYAKEVLQKE MLPHVGVSDF CETKKAYFLG YMVHRLLLAA LGRRELDDRD HYGNKRLDLA GPLL AFLFR GMFKNLLKEV RIYAQKFIDR GKDFNLELAI KTRIISDGLK YSLATGNWGD QKKAHQARAG VSQVLNRLTF ASTLS HLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLVK NLALMAYISV GSQPSPILEF LEEWSMENLE EISPAA IAD ATKIFVNGCW VGIHKDPEQL MNTLRKLRRQ MDIIVSEVSM IRDIREREIR IYTDAGRICR PLLIVEKQKL LLKKRHI DQ LKEREYNNYS WQDLVASGVV EYIDTLEEET VMLAMTPDDL QEKEVAYCST YTHCEIHPSM ILGVCASIIP FPDHNQSP R NTYQSAMGKQ AMGVYITNFH VRMDTLAHVL YYPQKPLVTT RSMEYLRFRE LPAGINSIVA IASYTGYNQE DSVIMNRSA VDRGFFRSVF YRSYKEQESK KGFDQEEVFE KPTRETCQGM RHAIYDKLDD DGLIAPGVRV SGDDVIIGKT VTLPENEDEL EGTNRRYTK RDCSTFLRTS ETGIVDQVMV TLNQEGYKFC KIRVRSVRIP QIGDKFASRH GQKGTCGIQY RQEDMPFTCE G ITPDIIIN PHAIPSRMTI GHLIECLQGK VSANKGEIGD ATPFNDAVNV QKISNLLSDY GYHLRGNEVL YNGFTGRKIT SQ IFIGPTY YQRLKHMVDD KIHSRARGPI QILNRQPMEG RSRDGGLRFG EMERDCQIAH GAAQFLRERL FEASDPYQVH VCN LCGIMA IANTRTHTYE CRGCRNKTQI SLVRMPYACK LLFQELMSMS IAPRMMSV

+
分子 #3: RPB3

分子名称: RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDV

+
分子 #4: RPB4

分子名称: RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

+
分子 #5: RPB5

分子名称: RPB5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

+
分子 #6: RPB6

分子名称: RPB6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

+
分子 #7: RPB7

分子名称: RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

+
分子 #8: RPB8

分子名称: RPB8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

+
分子 #9: RPB9

分子名称: RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

+
分子 #10: RPB10

分子名称: RPB10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

+
分子 #11: RPB11

分子名称: RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

+
分子 #12: RPB12

分子名称: RPB12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

+
分子 #16: NELF-A

分子名称: NELF-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASMRESDTG LWLHNKLGAT DELWAPPSIA SLLTAAVIDN IRLCFHGLSS AVKLKLLLGT LHLPRRTVDE MKGALMEIIQ LASLDSDPWV LMVADILKSF PDTGSLNLEL EEQNPNVQDI LGELREKVGE CEASAMLPLE CQYLNKNALT TLAGPLTPPV KHFQLKRKPK ...文字列:
MASMRESDTG LWLHNKLGAT DELWAPPSIA SLLTAAVIDN IRLCFHGLSS AVKLKLLLGT LHLPRRTVDE MKGALMEIIQ LASLDSDPWV LMVADILKSF PDTGSLNLEL EEQNPNVQDI LGELREKVGE CEASAMLPLE CQYLNKNALT TLAGPLTPPV KHFQLKRKPK SATLRAELLQ KSTETAQQxx xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx xGVKLLDISE LDMVGAGREA KRRRKTLDAE VVEKPAKEET VVENATPDYA AGLVSTQKLG SLNNEPALPS TSYLPSTPSV VPASSYIPSS ETPPAPSSRE ASRPPEEPSA PSPTLPAQFK QRAPMYNSGL SPATPTPAAP TSPLTPTTPP AVAPTTQTPP VAMVAPQTQA PAQQQPKKNL SLTREQMFAA QEMFKTANKV TRPEKALILG FMAGSRENPC QEQGDVIQIK LSEHTEDLPK ADGQGSTTML VDTVFEMNYA TGQWTRFKKY KPMTNVS

+
分子 #17: SPT4

分子名称: SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPGSMALETV PKDLRHLRAC LLCSLVKTID QFEYDGCDNC DAYLQMKGNR EMVYDCTSSS FDGIIAMMSP EDSWVSKWQR VSNFKPGVY AVSVTGRLPQ GIVRELKSRG VAYKSRDTAI KT

+
分子 #18: SPT5

分子名称: SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ ...文字列:
MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ QLLPGVKDPN LWTVKCKIGE ERATAISLMR KFIAYQFTDT PLQIKSVVAP EHVKGYIYVE AYKQTHVKQA IE GVGNLRL GYWNQQMVPI KEMTDVLKVV KEVANLKPKS WVRLKRGIYK DDIAQVDYVE PSQNTISLKM IPRIDYDRIK ARM SLKDWF AKRKKFKRPP QRLFDAEKIR SLGGDVASDG DFLIFEGNRY SRKGFLFKSF AMSAVITEGV KPTLSELEKF EDQP EGIDL EVVTESTGKE REHNFQPGDN VEVCEGELIN LQGKILSVDG NKITIMPKHE DLKDMLEFPA QELRKYFKMG DHVKV IAGR FEGDTGLIVR VEENFVILFS DLTMHELKVL PRDLQLCSET ASGVDVGGQH EWGELVQLDP QTVGVIVRLE RETFQV LNM YGKVVTVRHQ AVTRKKDNRF AVALDSEQNN IHVKDIVKVI DGPHSGREGE IRHLFRSFAF LHCKKLVENG GMFVCKT RH LVLAGGSKPR DVTNFTVGGF APMSPRISSP MHPSAGGQRG GFGSPGGGSG GMSRGRGRRD NELIGQTVRI SQGPYKGY I GVVKDATEST ARVELHSTCQ TISVDRQRLT TVGSRRPGGM TSTYGRTPMY GSQTPMYGSG SRTPMYGSQT PLQDGSRTP HYGSQTPLHD GSRTPAQSGA WDPNNPNTPS RAEEEYEYAF DDEPTPSPQA YGGTPNPQTP GYPDPSSPQV NPQYNPQTPG TPAMYNTDQ FSPYAAPSPQ GSYQPSPSPQ SYHQVAPSPA GYQNTHSPAS YHPTPSPMAY QASPSPSPVG YSPMTPGAPS P GGYNPHTP GSGIEQNSSD WVTTDIQVKV RDTYLDTQVV GQTGVIRSVT GGMCSVYLKD SEKVVSISSE HLEPITPTKN NK VKVILGE DREATGVLLS IDGEDGIVRM DLDEQLKILN LRFLGKLLEA

+
分子 #19: NELF-C

分子名称: NELF-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMDEDYYG SAAEWGDEAD GGQQEDDSGE GEDDAEVQQE CLHKFSTRDY IMEPSIFNTL KRYFQAGGSP ENVIQLLSEN YTAVAQTVN LLAEWLIQTG VEPVQVQETV ENHLKSLLIK HFDPRKADSI FTEEGETPAW LEQMIAHTTW RDLFYKLAEA H PDCLMLNF ...文字列:
SNAMDEDYYG SAAEWGDEAD GGQQEDDSGE GEDDAEVQQE CLHKFSTRDY IMEPSIFNTL KRYFQAGGSP ENVIQLLSEN YTAVAQTVN LLAEWLIQTG VEPVQVQETV ENHLKSLLIK HFDPRKADSI FTEEGETPAW LEQMIAHTTW RDLFYKLAEA H PDCLMLNF TVKLISDAGY QGEITSVSTA CQQLEVFSRV LRTSLATILD GGEENLEKNL PEFAKMVCHG EHTYLFAQAM MS VLAQEEQ GGSAVRRIAQ EVQRFAQEKG HDASQITLAL GTAASYPRAC QALGAMLSKG ALNPADITVL FKMFTSMDPP PVE LIRVPA FLDLFMQSLF KPGARINQDH KHKYIHILAY AASVVETWKK NKRVSINKDE LKSTSKAVET VHNLCCNENK GASE LVAEL STLYQCIRFP VVAMGVLKWV DWTVSEPRYF QLQTDHTPVH LALLDEISTC HQLLHPQVLQ LLVKLFETEH SALDV MEQL ELKKTLLDRM VHLLSRGYVL PVVSYIRKCL EKLDTDISLI RYFVTEVLDV IAPPYTSDFV QLFLPILEND SIAGTI KTE GEHDPVTEFI AHCKSNFIMV N

+
分子 #20: NELF-B

分子名称: NELF-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFAGLQDLGV ANGEDLKETL TNCTEPLKAI EQFQTENGVL LPSLQSALPF LDLHGTPRLE FHQSVFDELR DKLLERVSAI ASEGKAEER YKKLEDLLEK SFSLVKMPSL QPVVMCVMKH LPKVPEKKLK LVMADKELYR ACAVEVKRQI WQDNQALFGD E VSPLLKQY ...文字列:
MFAGLQDLGV ANGEDLKETL TNCTEPLKAI EQFQTENGVL LPSLQSALPF LDLHGTPRLE FHQSVFDELR DKLLERVSAI ASEGKAEER YKKLEDLLEK SFSLVKMPSL QPVVMCVMKH LPKVPEKKLK LVMADKELYR ACAVEVKRQI WQDNQALFGD E VSPLLKQY ILEKESALFS TELSVLHNFF SPSPKTRRQG EVVQRLTRMV GKNVKLYDMV LQFLRTLFLR TRNVHYCTLR AE LLMSLHD LDVGEICTVD PCHKFTWCLD ACIRERFVDS KRARELQGFL DGVKKGQEQV LGDLSMILCD PFAINTLALS TVR HLQELV GQETLPRDSP DLLLLLRLLA LGQGAWDMID SQVFKEPKME VELITRFLPM LMSFLVDDYT FNVDQKLPAE EKAP VSYPN TLPESFTKFL QEQRMACEVG LYYVLHITKQ RNKNALLRLL PGLVETFGDL AFGDIFLHLL TGNLALLADE FALED FCSS LFDGFFLTAS PRKENVHRHA LRLLIHLHPR VAPSKLEALQ KALEPTGQSG EAVKELYSQL GEKLEQLDHR KPSPAQ AAE TPALELPLPS VPAPAPL

+
分子 #21: NELF-E

分子名称: NELF-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLVIPPGMSE EEEALQKKFM KLKKKKKALM ALKKQSSSST TSQGGVKRSL SEQPVMDTAT ATEQAKQLVK SGAISAIKAE TKNSGFKRS RTLEGKLKDP EKGPVPTFQP FQRSISADDD LQESSRRPQR KSLYESFVSS SDRLRELGPD GEEAEGPGAG D GPPRSFDW ...文字列:
MLVIPPGMSE EEEALQKKFM KLKKKKKALM ALKKQSSSST TSQGGVKRSL SEQPVMDTAT ATEQAKQLVK SGAISAIKAE TKNSGFKRS RTLEGKLKDP EKGPVPTFQP FQRSISADDD LQESSRRPQR KSLYESFVSS SDRLRELGPD GEEAEGPGAG D GPPRSFDW GYEERSGAHS SASPPRSRSR DRSHERNRDR DRDRERDRDR DRDRDRERDR DRDRDRDRDR ERDRDRERDR DR DREGPFR RSDSFPERRA PRKGNTLYVY GEDMTPTLLR GAFSPFGNII DLSMDPPRNC AFVTYEKMES ADQAVAELNG TQV ESVQLK VNIARKQPML DAATGKSVWG SLAVQNSPKG CHRDKRTQIV YSDDVYKENL VDGF

+
分子 #13: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 13 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT) (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)

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分子 #15: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 15 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DC)

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分子 #14: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 14
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
UUUUUUGGCA UAGUUGCGCC CG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0038

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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