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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus | |||||||||
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![]() | Maize streak virus - [Nigeria] != Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) Maize streak virus - [Nigeria]
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![]() | Plant / ssDNA / Icosahedron / capsid / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
![]() | McKenna R / Bennett AB / Mietzsch M / Hull JA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The two states of Maize Streak Virus (MSV) Geminivirus Architecture 著者: McKenna R / Bennett AB / Mietzsch M / Hull JA | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 589.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 35.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 379 MB 379 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ugqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42232_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42232_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Maize streak virus - [Nigeria]
全体 | 名称: Maize streak virus - [Nigeria] |
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要素 |
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-超分子 #1: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria)
超分子 | 名称: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Gemini capsid is a Pseudo T=1 icosahedron. The structure contains both protein and ssDNA. NCBI-ID: 10823 / 生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) / Sci species strain: isolate Nigeria / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: isolate Nigeria |
分子量 | 理論値: 26.880529 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSTSKRKRGD DSNWSKRVTK KKPSSAGLKR AGSKADRPSL QIQTLQHAGT TMITVPSGGV CDLINTYARG SDEGNRHTSE TLTYKIAID YHFVADAAAC RYSNTGTGVM WLVYDTTPGG QAPTPQTIFA YPDTLKAWPA TWKVSRELCH RFVVKRRWLF N METDGRIG ...文字列: MSTSKRKRGD DSNWSKRVTK KKPSSAGLKR AGSKADRPSL QIQTLQHAGT TMITVPSGGV CDLINTYARG SDEGNRHTSE TLTYKIAID YHFVADAAAC RYSNTGTGVM WLVYDTTPGG QAPTPQTIFA YPDTLKAWPA TWKVSRELCH RFVVKRRWLF N METDGRIG SDIPPSNASW KPCKRNIYFH KFTSGLGVRT QWKNVTDGGV GAIQRGALYM VIAPGNGLTF TAHGQTRLYF KS VGN UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 11 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: isolate Nigeria |
分子量 | 理論値: 2.669778 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4 / 構成要素 - 濃度: 0.1 M / 構成要素 - 式: NaAc / 構成要素 - 名称: Sodium acetate |
グリッド | モデル: C-flat / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 実像数: 1408 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 3.6270000000000002 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.9470000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 1408 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8ugq: |