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- EMDB-42183: Consensus map of Sec7 dimer autoinhibited conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42183
タイトルConsensus map of Sec7 dimer autoinhibited conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Sec7 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: SEC7 domain-containing protein
キーワードGEF / Exchange Factor / Golgi / PROTEIN TRANSPORT
生物種Thermothielavioides terrestris (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Brownfield BA / Fromme JC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136258 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Sec7 regulatory domains scaffold autoinhibited and active conformations.
著者: Bryce A Brownfield / Brian C Richardson / Steve L Halaby / J Christopher Fromme /
要旨: The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of ...The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of these vesicle biogenesis events requires activation of an Arf GTPase by the Sec7/BIG guanine nucleotide exchange factor (GEF). Sec7 localization and activity is regulated by autoinhibition, positive feedback, and interaction with other GTPases. Although these mechanisms have been characterized biochemically, we lack a clear picture of how GEF localization and activity is modulated by these signals. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of full-length Sec7 in its autoinhibited form, revealing the architecture of its multiple regulatory domains. We use functional experiments to determine the basis for autoinhibition and use structural predictions to produce a model for an active conformation of the GEF that is supported empirically. This study therefore elucidates the conformational transition that Sec7 undergoes to become active on the organelle membrane surface.
履歴
登録2023年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 440.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.74 Å/pix.
x 487 pix.
= 848.111 Å		1.74 Å/pix.
x 487 pix.
= 848.111 Å		1.74 Å/pix.
x 487 pix.
= 848.111 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.058522113 - 0.1087044
平均 (標準偏差)0.00003399473 (±0.0010468212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-106-185-134
サイズ487487487
Spacing487487487
セルA=B=C: 848.11053 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42183_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42183_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sec7 homodimer

全体名称: Sec7 homodimer
要素
  • 複合体: Sec7 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: SEC7 domain-containing protein

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超分子 #1: Sec7 homodimer

超分子名称: Sec7 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermothielavioides terrestris (菌類)
分子量理論値: 392.14 KDa

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分子 #1: SEC7 domain-containing protein

分子名称: SEC7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothielavioides terrestris (菌類)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MEQKLISEED LNSAVDHHHH HHRIPGLINS SLKFVVSSLD IIAAQAGRNK QLAELAEKAL AAIKENDQQL PDPEVVFAPL QLATKSGTIP LTTTALDCIG KLISYSYFSA PSSSATQDGT EQTPLIERAI DTICDCFQGE TTLVEIQLQI VKSLLAAVLN DKIIVHGAGL ...文字列:
MEQKLISEED LNSAVDHHHH HHRIPGLINS SLKFVVSSLD IIAAQAGRNK QLAELAEKAL AAIKENDQQL PDPEVVFAPL QLATKSGTIP LTTTALDCIG KLISYSYFSA PSSSATQDGT EQTPLIERAI DTICDCFQGE TTLVEIQLQI VKSLLAAVLN DKIIVHGAGL LKAVRQVYNI FLLSRSTANQ QVAQGTLTQM VGTVFERVKT RLHMKEARAN LGRLKASRSS LAVDRSDDQD SQAGKVDGED ATVETVSDAT PSESVDKAGG GKLTLKDLEH RKSFDDSHMG DGPTMVSQVK PMKKASRSVS EQSLQESPQD ETPESLDAED EAYIRDAYLV FRSFCNLSTK ILPPDQLYDL RGQPMRSKLI SLHLIHTLLN NHITVFTSPL CTIRNTKNNE PTNFLQAIKY YLCLSITRNG ASSVDRVFDI CCEIFWLMLK YMRSSFKNEI EVFLNEIYLA LLARRNAPLS QKLTFVGILK RLCEDPRALV ELYLNYDCNQ NVDNIFQTIV EDLSRFATAS VPITPTQEQQ YEESRSKSAT AGEWQIKSVL PPPLSVALIA TNHEADTELP KEYVMKRTAL DSLVETLRSL VHWSQPGRPE LNGASGDVQR RTSSDDLGDS IDPSMSETAS RMEVPIAPAT PVIDDDPDQL EKEKARKTAM TNAIKVFNFK PKHGIKLLIK EGFIPSDKPE DIARFLLREE RLDKAQIGEY LGEGDQKNVD IMHAFVDMMD FSKKRFVDAL REFLQAFRLP GEAQKIDRFM LKFAHRYVTG NPNAFANADT PYVLAYSVIM LNTDLHSSKV VKRMSKAEFI KNNRGINDNA DLPDEYLIGI YDDIASNEIV LKSEREAAAA AGTLPAQSTG LAGLGQAFSN VGRDLQREAY VQQSEEISLR SEQLFRDLYR SQRKSATKGG VKFISATSFK HVGPMFDATW MSFFSTLSSL VQKTHNLDVN KLCLEGMKLA TKIACLFDLS TPREAFISML KNTANLNNPR EMQAKNVEAL KVLLDLAQTE GNYLKESWKD VLLCISQLDR LQLISGGVDE SAVPDVSRAR FVPPPRTETG ESRKSTSSAR RTRPRAHTGP QGVSLEIALE SRSDEVIKSV DRIFTNTANL SRDAIIHFAR ALTEVSWDEI KVSGSNDSPR TYSLQKIVEI SYYNMTRVRF EWSHIWDVLG EHFNRVGCHA NTAIVFFALD SLRQLSMRFM EIEELAGFKF QKDFLKPFEH VMSNSSNVTV KDMVLRCLIQ MIQARGENIR SGWRTMFGVF TVAAREPYES IVNLAYENVT QVYKTRFGVV ISQGAFTDLI VCLTEFSKNM RFQKKSLQAM ETLKSVIPTM LKTPECPLSQ HKPTATTASG SESHSKKAAV QQTRTSVEEG FWFPVLFAFH DVLMTGEDLE VRSNALNYFF ETLLRYGGDF PPEFWDILWR QQLYPIFMVL RSRPEMTNAL NHEELSVWLS TTMIQALRNM ITLFTHYFDA LEYMLDRFLE LLALCICQEN DTIARIGSNC LQQLILQNVT KFTAEHWAKI VGAFCELFER TTAYQLFSAT TINSTASLSP PPSGLELGGP LSPTSATAPV DGKSLKINGV ETNGQTPGAE PANGDADGNG TAAAAADASA PAATPQPQQG PAQQLEEFKP NNPLQQQPVV VTAARRRFFN RIISRCVLQL LMIETVNELF SNDAVYAQIP SAELLRLMAL LKKSFLFAKR FNADKDLRMR LWREGFMKQP PNLLKQESGS AATYVAILFR MFGDTAPDRR GSRADVEAAL VPLCRDIIRG YTALDDESQH RNIVAWRPVV VDVLEGYAAF PRDAFAAHIR SFYPLVVELL GKDLGQDLRA ALLLVLRRVG EVGLGIEGMG SGGAAAAAAA GAAAASSGQG NGNGAAAAAA DSERRSSVLS VPSGPRHTPS MDSLNDDPSR QVMGKAEQKL ISEEDLNSAV DHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHepes pH 7.4
250.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
1.0 mMC13H17F13NO4PFOS-Choline-8, Fluorinated
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4474 / 平均露光時間: 3.092 sec. / 平均電子線量: 55.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 63000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細After motion correction, 1,073 images were manually removed leaving 3,401 curated micrographs.
粒子像選択選択した数: 938642
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 296177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Phenix Real Space Refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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