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- EMDB-42060: Cryo-EM structure of prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42060
タイトルCryo-EM structure of prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin
マップデータ
試料
  • 複合体: prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCryo-EM / FluB / HA / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Juraszek J / Milder FJ / Yu X / Blokland S / Overveld D / Tamara S / Bakkers MJG / Rutten L / Sharma S / Langedijk JPM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2024
タイトル: Engineering a cleaved, prefusion-stabilized influenza B virus hemagglutinin by identification and locking of all six pH switches.
著者: Jarek Juraszek / Fin J Milder / Xiaodi Yu / Sven Blokland / Daan van Overveld / Pravien Abeywickrema / Sem Tamara / Sujata Sharma / Lucy Rutten / Mark J G Bakkers / Johannes P M Langedijk /
要旨: Vaccine components based on viral fusion proteins require high stability of the native prefusion conformation for optimal potency and manufacturability. In the case of influenza B virus hemagglutinin ...Vaccine components based on viral fusion proteins require high stability of the native prefusion conformation for optimal potency and manufacturability. In the case of influenza B virus hemagglutinin (HA), the stem's conformation relies on efficient cleavage. In this study, we identified six pH-sensitive regions distributed across the entire ectodomain where protonated histidines assume either a repulsive or an attractive role. Substitutions in these areas enhanced the protein's expression, quality, and stability in its prefusion trimeric state. Importantly, this stabilization enabled the production of a cleavable HA0, which is further processed into HA1 and HA2 by furin during exocytic pathway passage, thereby facilitating correct folding, increased stability, and screening for additional stabilizing substitutions in the core of the metastable fusion domain. Cryo-EM analysis at neutral and low pH revealed a previously unnoticed pH switch involving the C-terminal residues of the natively cleaved HA1. This switch keeps the fusion peptide in a clamped state at neutral pH, averting premature conformational shift. Our findings shed light on new strategies for possible improvements of recombinant or genetic-based influenza B vaccines.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å		0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å		0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-2.3965614 - 3.0742452
平均 (標準偏差)0.00028459626 (±0.07699726)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 254.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42060_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_42060_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42060_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42060_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin

全体名称: prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin
要素
  • 複合体: prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin

超分子名称: prefusion-stabilized influenza B hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 38.928676 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAIIVLLMV VTSNADRICT GITSSNSPHV VKTATQGEVN VTGVIPLTTT PTKSHFANLK GTETRGKLCP KCLNCTDLDV ALGRPKCTG KIPSARVSIL HEVRPVTSGC FPIMHDRTKI RQLPNLLRGY EHVRLSTHNV INAEGAPGGP YKIGTSGSCP N ITNGNGFF ...文字列:
MKAIIVLLMV VTSNADRICT GITSSNSPHV VKTATQGEVN VTGVIPLTTT PTKSHFANLK GTETRGKLCP KCLNCTDLDV ALGRPKCTG KIPSARVSIL HEVRPVTSGC FPIMHDRTKI RQLPNLLRGY EHVRLSTHNV INAEGAPGGP YKIGTSGSCP N ITNGNGFF ATMAWAVPDK NKTATNPLTI EVPYVCTEGE DQITVWGFHS DNETQMAKLY GDSKPQTFTS SANGVTTHYV SQ IGGFPNQ TEDGGLPQSG RIVVDYMVQK SGKTGTITYQ RGILLPQKVW CASGRSKVIK GSLPLIGEAD CLHEKYGGLN KSK PYYTGE HAKAIGNCPI WVKTPLKLAN GTKYRPPAKL LKER

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 19.675131 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GFFGAIAGFL EGGWEGMIAG WFGYTSHGAH GVAVAADLKA TQEAINKITK NLNSLSELEV KNLYRLSYAM DELHNEILEL DEKVDDLRA DTISSQIELA VLLSNEGIIN REDWFLLALE RKLKKMLGPS AVEIGNGCFE TKHKCNQTCL DKIAAGTFDA G EFSLPTFD SLNITAGGSE PEA

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 481814
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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