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- EMDB-42053: Medusavirus Nucleosome Core Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42053
タイトルMedusavirus Nucleosome Core Particle
マップデータ
試料
  • 複合体: Medusavirus Nucleosome Core Particle
    • 複合体: Histone Complex
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: WIDOM 601 DNA
      • DNA: WIDOM 601 DNA strand 1
      • DNA: WIDOM 601 DNA strand 2
キーワードDNA Protein Complex / Nucleosome / Giant Virus / NCLDV / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Medusavirus (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Toner CM / Hoitsma NM / Weerawarana S / Luger K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Characterization of Medusavirus encoded histones reveals nucleosome-like structures and a unique linker histone.
著者: Chelsea M Toner / Nicole M Hoitsma / Sashi Weerawarana / Karolin Luger /
要旨: The organization of DNA into nucleosomes is a ubiquitous and ancestral feature that was once thought to be exclusive to the eukaryotic domain of life. Intriguingly, several representatives of the ...The organization of DNA into nucleosomes is a ubiquitous and ancestral feature that was once thought to be exclusive to the eukaryotic domain of life. Intriguingly, several representatives of the Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV) encode histone-like proteins that in Melbournevirus were shown to form nucleosome-like particles. Medusavirus medusae (MM), a distantly related giant virus, encodes all four core histone proteins and, unique amongst most giant viruses, a putative acidic protein with two domains resembling eukaryotic linker histone H1. Here, we report the structure of nucleosomes assembled with MM histones and highlight similarities and differences with eukaryotic and Melbournevirus nucleosomes. Our structure provides insight into how variations in histone tail and loop lengths are accommodated within the context of the nucleosome. We show that MM-histones assemble into tri-nucleosome arrays, and that the putative linker histone H1 does not function in chromatin compaction. These findings expand our limited understanding of chromatin organization by virus-encoded histones.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42053.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 336 pix.
= 325.92 Å		0.97 Å/pix.
x 336 pix.
= 325.92 Å		0.97 Å/pix.
x 336 pix.
= 325.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.38585216 - 0.73105
平均 (標準偏差)0.000245733 (±0.015536748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 325.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42053_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42053_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Medusavirus Nucleosome Core Particle

全体名称: Medusavirus Nucleosome Core Particle
要素
  • 複合体: Medusavirus Nucleosome Core Particle
    • 複合体: Histone Complex
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: WIDOM 601 DNA
      • DNA: WIDOM 601 DNA strand 1
      • DNA: WIDOM 601 DNA strand 2

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超分子 #1: Medusavirus Nucleosome Core Particle

超分子名称: Medusavirus Nucleosome Core Particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Histone Complex

超分子名称: Histone Complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Medusavirus (ウイルス)

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超分子 #3: WIDOM 601 DNA

超分子名称: WIDOM 601 DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Medusavirus (ウイルス)
分子量理論値: 21.766553 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGID PFTMPKERAI KKSKSAVKKV AEKKAAIKSK AKKAATGVKK PHRFRPGTTA KRLSKKEQK LSSTKTTVRR APFGRIVRTI ASLSSADSMR FSANAVDLLQ QGIELYMLDL MKNAALAAKQ AKRMTLMGKD I DLIQTANH ...文字列:
MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGID PFTMPKERAI KKSKSAVKKV AEKKAAIKSK AKKAATGVKK PHRFRPGTTA KRLSKKEQK LSSTKTTVRR APFGRIVRTI ASLSSADSMR FSANAVDLLQ QGIELYMLDL MKNAALAAKQ AKRMTLMGKD I DLIQTANH EMIDEAHAAK LANTSSAGFA RRRVTKKE

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Medusavirus (ウイルス)
分子量理論値: 14.043632 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Medusavirus (ウイルス)
分子量理論値: 28.382625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGID PFTMEIDSHV QPAEVLAAAS ESMQLEEQTQ LPASAAGEAL EELQTEGKKT SPAKKRTSS GKNVKRANER AGLKLPPGRI QKIIKANQTT DVGRSSPTAS VFLTAVIEDI VKEIIKGADK KSEERGRIRI S PQDILKYL ...文字列:
MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGID PFTMEIDSHV QPAEVLAAAS ESMQLEEQTQ LPASAAGEAL EELQTEGKKT SPAKKRTSS GKNVKRANER AGLKLPPGRI QKIIKANQTT DVGRSSPTAS VFLTAVIEDI VKEIIKGADK KSEERGRIRI S PQDILKYL TENGEAYMHI LGDAFVSHGG VGQVAEMAAA AANTGIKKRK RAASTAEGAP KKKIAKKAAA KKATGAKKVV KK KSGSTKS KTTGKSVTKK ASSRKVASA

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Medusavirus (ウイルス)
分子量理論値: 24.104611 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGID PFTMSQIDEH VTEMTEFEAE HESTYSEHSD EEEQELGARV PSRKQKGKAA AKKVKKAVA KKSGEERRRK KNYDSFATFI AKLVGPNGKG RKPGFSAKGM EVLESIVKSL ATEMTIVANE LAKHQGRQTL G AGDFRTAL ...文字列:
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分子 #5: WIDOM 601 DNA strand 1

分子名称: WIDOM 601 DNA strand 1 / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 63.576527 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG) ...文字列:
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分子 #6: WIDOM 601 DNA strand 2

分子名称: WIDOM 601 DNA strand 2 / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 63.007145 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC) ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMTris-Hydrochloric acid
5.0 mMDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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