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- EMDB-42022: Cryo-EM structure of the TREX-2 complex in association with Sub2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42022
タイトルCryo-EM structure of the TREX-2 complex in association with Sub2
マップデータCryo-EM structure of an mRNA export machinery
試料
  • 複合体: TREX-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear mRNA export factor
    • タンパク質・ペプチド: THP1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome complex subunit SEM1
    • タンパク質・ペプチド: RNA helicase
キーワードmRNA nuclear export / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性: / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Clarke BP / Xie Y / Ren Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133743 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structures and mRNP remodeling mechanism of the TREX-2 complex.
著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Dongqi Xie / Menghan Mei / Prasanna Bhat / Pate S Hill / Alexia E Angelos / Tolga Çağatay / Mariam Haider / Scott E Collier / Melissa G Chambers / Vasilisa ...著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Dongqi Xie / Menghan Mei / Prasanna Bhat / Pate S Hill / Alexia E Angelos / Tolga Çağatay / Mariam Haider / Scott E Collier / Melissa G Chambers / Vasilisa Aksenova / Mary Dasso / Beatriz M A Fontoura / Yi Ren /
要旨: mRNAs are packaged with proteins into messenger ribonucleoprotein complexes (mRNPs) in the nucleus. mRNP assembly and export are of fundamental importance for all eukaryotic gene expression. Before ...mRNAs are packaged with proteins into messenger ribonucleoprotein complexes (mRNPs) in the nucleus. mRNP assembly and export are of fundamental importance for all eukaryotic gene expression. Before export to the cytoplasm, mRNPs undergo dynamic remodeling governed by the DEAD-box helicase DDX39B (yeast Sub2). DDX39B/Sub2 primarily functions in the nucleus and leaves the mRNP prior to export through the nuclear pore complex; however, the underlying mechanisms remain elusive. Here, we identify the conserved TREX-2 complex as the long-sought factor that facilitates DDX39B/Sub2 to complete the mRNP remodeling cycle. Our crystallographic and cryoelectron microscopy (cryo-EM) analyses demonstrate that TREX-2 modulates the activities of DDX39B/Sub2 through multiple interactions. Critically, a conserved "trigger loop" from TREX-2 splits the two RecA domains of DDX39B/Sub2 and promotes the removal of DDX39B/Sub2 from mRNP. Our findings suggest that TREX-2 coordinates with DDX39B/Sub2 and the human export receptor NXF1-NXT1 (yeast Mex67-Mtr2) to complete the final steps of nuclear mRNP assembly.
履歴
登録2023年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of an mRNA export machinery
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.16609697 - 0.3872465
平均 (標準偏差)0.0003493342 (±0.011024699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_42022_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_42022_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TREX-2 complex

全体名称: TREX-2 complex
要素
  • 複合体: TREX-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear mRNA export factor
    • タンパク質・ペプチド: THP1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome complex subunit SEM1
    • タンパク質・ペプチド: RNA helicase

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超分子 #1: TREX-2 complex

超分子名称: TREX-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Nuclear mRNA export factor

分子名称: Nuclear mRNA export factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.800023 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMGSKSQQP LQNLSHSPSY TENKPDKKKK YMINDAKTIQ LVGPLISSPD NLGFQKRSHK ARELPRFLIN QEPQLEKRAF VQDPWDKAN QEKMISLEES IDDLNELYET LKKMRNTERS IMEEKGLVDK ADSAKDLYDA IVFQGTCLDM CPTFERSRRN V EYTVYSYE ...文字列:
GAMGSKSQQP LQNLSHSPSY TENKPDKKKK YMINDAKTIQ LVGPLISSPD NLGFQKRSHK ARELPRFLIN QEPQLEKRAF VQDPWDKAN QEKMISLEES IDDLNELYET LKKMRNTERS IMEEKGLVDK ADSAKDLYDA IVFQGTCLDM CPTFERSRRN V EYTVYSYE KNQPNDKKAS RTKALKVFAR PAAAAAPPLP SDVRPPHILV KTLDYIVDNL LTTLPESEGF LWDRMRSIRQ DF TYQNYSG PEAVDCNERI VRIHLLILHI MVKSNVEFSL QQELEQLHKS LITLSEIYDD VRSSGGTCPN EAEFRAYALL SKI RDPQYD ENIQRLPKHI FQDKLVQMAL CFRRVISNSA YTERGFVKTE NCLNFYARFF QLMQSPSLPL LMGFFLQMHL TDIR FYALR ALSHTLNKKH KPIPFIYLEN MLLFNNRQEI IEFCNYYSIE IINGDAADLK TLQHYSHKLS ETQPLKKTYL TCLER RLQK TTYKGLINGG EDN

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H8UN65

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分子 #2: THP1 isoform 1

分子名称: THP1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.73482 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDMANQLLDE LAHGNFSHLT LNLSQNGREI AILQKQLTGF DDKQLETFVE QHPAMPNDTR FKIMCTSFLN YARDVDPWSA WSSSDLIFE FYQCLINCLI NDNAPHIEML IPVATRETEF IINLAGKLDS FHLQLHTRSH QFLSHISSIL SRLFNSIKPP R GNASSTNI ...文字列:
MDMANQLLDE LAHGNFSHLT LNLSQNGREI AILQKQLTGF DDKQLETFVE QHPAMPNDTR FKIMCTSFLN YARDVDPWSA WSSSDLIFE FYQCLINCLI NDNAPHIEML IPVATRETEF IINLAGKLDS FHLQLHTRSH QFLSHISSIL SRLFNSIKPP R GNASSTNI PGKQRILLYL VNKLNNIYFR IESPQLCSNI FKNFQPKSML AHFNEYQLDQ QIEYRYLLGR YYLLNSQVHN AF VQFNEAF QSLLNLPLTN QAITRNGTRI LNYMIPTGLI LGKMVKWGPL RPFLSQETID NWSVLYKHVR YGNIQGVSLW LRQ NERHLC ARQLLIVLLE KLPMVTYRNL IKTVIKSWTT EWGQNKLPYS LIERVLQLSI GPTFEDPGAQ EITIYNGIHS PKNV ENVLV TLINLGLLRA NCFPQLQLCV VKKTTMIQEI VPPVNERITK MFPAHSHVLW

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BWR8

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分子 #3: 26S proteasome complex subunit SEM1

分子名称: 26S proteasome complex subunit SEM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.397102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSTDVAAAQA QSKIDLTKKK NEEINKKSLE EDDEFEDFPI DTWANGETIK SNAVTQTNIW EENWDDVEVD DDFTNELKAE LDRYKRENQ

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q1X7

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分子 #4: RNA helicase

分子名称: RNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.498066 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQL(A1AMM)PVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFS KYMP ...文字列:
MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQL(A1AMM)PVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFS KYMP DVKTAVFYGG TPISKDAELL KNKDTAPHIV VATPGRLKAL VREKYIDLSH VKNFVIDECD KVLEELDMRR DVQEIF RAT PRDKQVMMFS ATLSQEIRPI CRRFLQNPLE IFVDDEAKLT LHGLQQYYIK LEEREKNRKL AQLLDDLEFN QVIIFVK ST TRANELTKLL NASNFPAITV HGHMKQEERI ARYKAFKDFE KRICVSTDVF GRGIDIERIN LAINYDLTNE ADQYLHRV G RAGRFGTKGL AISFVSSKED EEVLAKIQER FDVKIAEFPE EGIDPSTYLN N

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A7I9D9F6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8u8d

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96688
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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