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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TREX-2 complex in association with Sub2 | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of an mRNA export machinery | |||||||||
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![]() | mRNA nuclear export / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : / : / : / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
![]() | Clarke BP / Xie Y / Ren Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and mRNP remodeling mechanism of the TREX-2 complex. 著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Dongqi Xie / Menghan Mei / Prasanna Bhat / Pate S Hill / Alexia E Angelos / Tolga Çağatay / Mariam Haider / Scott E Collier / Melissa G Chambers / Vasilisa ...著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Dongqi Xie / Menghan Mei / Prasanna Bhat / Pate S Hill / Alexia E Angelos / Tolga Çağatay / Mariam Haider / Scott E Collier / Melissa G Chambers / Vasilisa Aksenova / Mary Dasso / Beatriz M A Fontoura / Yi Ren / ![]() 要旨: mRNAs are packaged with proteins into messenger ribonucleoprotein complexes (mRNPs) in the nucleus. mRNP assembly and export are of fundamental importance for all eukaryotic gene expression. Before ...mRNAs are packaged with proteins into messenger ribonucleoprotein complexes (mRNPs) in the nucleus. mRNP assembly and export are of fundamental importance for all eukaryotic gene expression. Before export to the cytoplasm, mRNPs undergo dynamic remodeling governed by the DEAD-box helicase DDX39B (yeast Sub2). DDX39B/Sub2 primarily functions in the nucleus and leaves the mRNP prior to export through the nuclear pore complex; however, the underlying mechanisms remain elusive. Here, we identify the conserved TREX-2 complex as the long-sought factor that facilitates DDX39B/Sub2 to complete the mRNP remodeling cycle. Our crystallographic and cryoelectron microscopy (cryo-EM) analyses demonstrate that TREX-2 modulates the activities of DDX39B/Sub2 through multiple interactions. Critically, a conserved "trigger loop" from TREX-2 splits the two RecA domains of DDX39B/Sub2 and promotes the removal of DDX39B/Sub2 from mRNP. Our findings suggest that TREX-2 coordinates with DDX39B/Sub2 and the human export receptor NXF1-NXT1 (yeast Mex67-Mtr2) to complete the final steps of nuclear mRNP assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 123 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8u8eMC ![]() 8u8dC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an mRNA export machinery | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map A
ファイル | emd_42022_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map B
ファイル | emd_42022_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TREX-2 complex
全体 | 名称: TREX-2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TREX-2 complex
超分子 | 名称: TREX-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Nuclear mRNA export factor
分子 | 名称: Nuclear mRNA export factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 57.800023 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAMGSKSQQP LQNLSHSPSY TENKPDKKKK YMINDAKTIQ LVGPLISSPD NLGFQKRSHK ARELPRFLIN QEPQLEKRAF VQDPWDKAN QEKMISLEES IDDLNELYET LKKMRNTERS IMEEKGLVDK ADSAKDLYDA IVFQGTCLDM CPTFERSRRN V EYTVYSYE ...文字列: GAMGSKSQQP LQNLSHSPSY TENKPDKKKK YMINDAKTIQ LVGPLISSPD NLGFQKRSHK ARELPRFLIN QEPQLEKRAF VQDPWDKAN QEKMISLEES IDDLNELYET LKKMRNTERS IMEEKGLVDK ADSAKDLYDA IVFQGTCLDM CPTFERSRRN V EYTVYSYE KNQPNDKKAS RTKALKVFAR PAAAAAPPLP SDVRPPHILV KTLDYIVDNL LTTLPESEGF LWDRMRSIRQ DF TYQNYSG PEAVDCNERI VRIHLLILHI MVKSNVEFSL QQELEQLHKS LITLSEIYDD VRSSGGTCPN EAEFRAYALL SKI RDPQYD ENIQRLPKHI FQDKLVQMAL CFRRVISNSA YTERGFVKTE NCLNFYARFF QLMQSPSLPL LMGFFLQMHL TDIR FYALR ALSHTLNKKH KPIPFIYLEN MLLFNNRQEI IEFCNYYSIE IINGDAADLK TLQHYSHKLS ETQPLKKTYL TCLER RLQK TTYKGLINGG EDN UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H8UN65 |
-分子 #2: THP1 isoform 1
分子 | 名称: THP1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.73482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDMANQLLDE LAHGNFSHLT LNLSQNGREI AILQKQLTGF DDKQLETFVE QHPAMPNDTR FKIMCTSFLN YARDVDPWSA WSSSDLIFE FYQCLINCLI NDNAPHIEML IPVATRETEF IINLAGKLDS FHLQLHTRSH QFLSHISSIL SRLFNSIKPP R GNASSTNI ...文字列: MDMANQLLDE LAHGNFSHLT LNLSQNGREI AILQKQLTGF DDKQLETFVE QHPAMPNDTR FKIMCTSFLN YARDVDPWSA WSSSDLIFE FYQCLINCLI NDNAPHIEML IPVATRETEF IINLAGKLDS FHLQLHTRSH QFLSHISSIL SRLFNSIKPP R GNASSTNI PGKQRILLYL VNKLNNIYFR IESPQLCSNI FKNFQPKSML AHFNEYQLDQ QIEYRYLLGR YYLLNSQVHN AF VQFNEAF QSLLNLPLTN QAITRNGTRI LNYMIPTGLI LGKMVKWGPL RPFLSQETID NWSVLYKHVR YGNIQGVSLW LRQ NERHLC ARQLLIVLLE KLPMVTYRNL IKTVIKSWTT EWGQNKLPYS LIERVLQLSI GPTFEDPGAQ EITIYNGIHS PKNV ENVLV TLINLGLLRA NCFPQLQLCV VKKTTMIQEI VPPVNERITK MFPAHSHVLW UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H4BWR8 |
-分子 #3: 26S proteasome complex subunit SEM1
分子 | 名称: 26S proteasome complex subunit SEM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.397102 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSTDVAAAQA QSKIDLTKKK NEEINKKSLE EDDEFEDFPI DTWANGETIK SNAVTQTNIW EENWDDVEVD DDFTNELKAE LDRYKRENQ UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q1X7 |
-分子 #4: RNA helicase
分子 | 名称: RNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 50.498066 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQL(A1AMM)PVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFS KYMP ...文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQL(A1AMM)PVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFS KYMP DVKTAVFYGG TPISKDAELL KNKDTAPHIV VATPGRLKAL VREKYIDLSH VKNFVIDECD KVLEELDMRR DVQEIF RAT PRDKQVMMFS ATLSQEIRPI CRRFLQNPLE IFVDDEAKLT LHGLQQYYIK LEEREKNRKL AQLLDDLEFN QVIIFVK ST TRANELTKLL NASNFPAITV HGHMKQEERI ARYKAFKDFE KRICVSTDVF GRGIDIERIN LAINYDLTNE ADQYLHRV G RAGRFGTKGL AISFVSSKED EEVLAKIQER FDVKIAEFPE EGIDPSTYLN N UniProtKB: UNIPROTKB: A0A7I9D9F6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |