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- EMDB-41940: Human RADX tetramer bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41940
タイトルHuman RADX tetramer bound to ssDNA
マップデータRADX tetramer bound to ssDNA dT25
試料
  • 複合体: RADX tetramer bound to ssDNA dT25
    • タンパク質・ペプチド: RPA-related protein RADX
    • DNA: dT25 DNA (25-MER)
キーワードoligomer OB-fold / RAD51 regulator / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / replication fork / single-stranded DNA binding / nuclear speck / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RPA-related protein RADX / Family of unknown function (DUF5521) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RPA-related protein RADX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Balakrishnan S / Chazin WJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R35 GM118089, P01 CA092584 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of RADX and mechanism for regulation of RAD51 nucleofilaments.
著者: Swati Balakrishnan / Madison Adolph / Miaw-Sheue Tsai / Tae Akizuki / Kaitlyn Gallagher / David Cortez / Walter J Chazin /
要旨: Replication fork reversal is a fundamental process required for resolution of encounters with DNA damage. A key step in the stabilization and eventual resolution of reversed forks is formation of ...Replication fork reversal is a fundamental process required for resolution of encounters with DNA damage. A key step in the stabilization and eventual resolution of reversed forks is formation of RAD51 nucleoprotein filaments on exposed single strand DNA (ssDNA). To avoid genome instability, RAD51 filaments are tightly controlled by a variety of positive and negative regulators. RADX (RPA-related RAD51-antagonist on the X chromosome) is a recently discovered negative regulator that binds tightly to ssDNA, directly interacts with RAD51, and regulates replication fork reversal and stabilization in a context-dependent manner. Here, we present a structure-based investigation of RADX's mechanism of action. Mass photometry experiments showed that RADX forms multiple oligomeric states in a concentration-dependent manner, with a predominance of trimers in the presence of ssDNA. The structure of RADX, which has no structurally characterized orthologs, was determined ab initio by cryo-electron microscopy (cryo-EM) from maps in the 2 to 4 Å range. The structure reveals the molecular basis for RADX oligomerization and the coupled multi-valent binding of ssDNA binding. The interaction of RADX with RAD51 filaments was imaged by negative stain EM, which showed a RADX oligomer at the end of filaments. Based on these results, we propose a model in which RADX functions by capping and restricting the end of RAD51 filaments.
履歴
登録2023年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RADX tetramer bound to ssDNA dT25
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.818 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.067
最小 - 最大-0.16872042 - 0.36966905
平均 (標準偏差)-0.000012653513 (±0.009460527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 418.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_41940_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_41940_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RADX tetramer bound to ssDNA dT25

全体名称: RADX tetramer bound to ssDNA dT25
要素
  • 複合体: RADX tetramer bound to ssDNA dT25
    • タンパク質・ペプチド: RPA-related protein RADX
    • DNA: dT25 DNA (25-MER)

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超分子 #1: RADX tetramer bound to ssDNA dT25

超分子名称: RADX tetramer bound to ssDNA dT25 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: RPA-related protein RADX

分子名称: RPA-related protein RADX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.680094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGESGQPEA GPSHAGLDWP NPERNRAGVP GGVIRRAGSQ GPRSWIQKVL EQIMDSPRQC VTPSEVVPVT VLAVQRYLLE DEPRDTVPK PPLYCYDVTI SDGVYQEKCY LDPSLNSLVY QNILKVGIQM RISRVSCLYN EKRIGQGILC IDNVHCGETS D SISLETPF ...文字列:
MSGESGQPEA GPSHAGLDWP NPERNRAGVP GGVIRRAGSQ GPRSWIQKVL EQIMDSPRQC VTPSEVVPVT VLAVQRYLLE DEPRDTVPK PPLYCYDVTI SDGVYQEKCY LDPSLNSLVY QNILKVGIQM RISRVSCLYN EKRIGQGILC IDNVHCGETS D SISLETPF RNRAHQEKPE RPLRGGKSHY LALWNNEDPY GDIWLTDKQP EEHNFSDTKI ISLSHLEMTW TNRRNFPALL VR ILHKSKL RYYGKPDKKM IEPYQTFLEV ADSSGTVSVI MWNALCPEWY KSLRVGLVLL LQDYSVKKSY PFRIQPVPVD PQI KLISTM EICLNLRDPP TNIIIIPEKQ VKPEWRLPKL NHRFTTRSEL DDMPENCICD VIGLLVFVGR VQRSKKKENR EDFW SYRWI HIADGTSEQP FIVELFSTSQ PEIFENIYPM AYFVCTQLKV VRNDNQVPKL LYLTTTNESG VFITGHRGQP YTYDA KVKN FIQWIRTKSD SGEQKNMVIG GYYPYPPVPE TFSKYSSSIK VESLLTAISE VRKEIEDLQY REQKRIAIQG IITAIK YIP HSSATESASA SETLRNANRP STSQAARVEI QERNGKRHQD DEPVNSQYFQ TTSTNLSLSN KIRILQGPHA NPVAVPQ PG ASVQTKGIKP GMPSIFNRRA NINANLQGKA RKTISDRWES QLWREKKFGL IDHLHYSRVY PESIPRKFMF EHRKFLSD Q YNSQPAKYVP PEGRPPKLDD FKSARSLGHF EVTILGLNHE IAIDVAFLPM YCPEDIRTSQ IDTLLTSMNY SCAYPQDTT GNDRLPGPRA VAGDIIKAAT ELDRVHIVGI LDICNLGNNK VEVYLHKIYS PENTS

UniProtKB: RPA-related protein RADX

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分子 #2: dT25 DNA (25-MER)

分子名称: dT25 DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.559863 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.145 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
500.0 mMNaClsodium chloride
5.0 %C3H8O3glycerol
0.3 mMC7H7FO2SPMSF
2.5 mMC2H6OSBME
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was cross-linked using BS3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 48.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 400000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 58000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8u61:
Human RADX tetramer bound to ssDNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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