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万見
- EMDB-41869: BG505.664 SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 81... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41869
タイトルBG505.664 SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
マップデータEM map
試料
  • 複合体: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
    • 複合体: Polyclonal antibodies from NHP 8131
キーワードHIV / Fab / polyclonal / EMPEM / NHP / non-human primate / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca (オナガザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Zhang S / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2024
タイトル: Immunization with germ line-targeting SOSIP trimers elicits broadly neutralizing antibody precursors in infant macaques.
著者: Ashley N Nelson / Xiaoying Shen / Sravani Vekatayogi / Shiyu Zhang / Gabriel Ozorowski / Maria Dennis / Leigh M Sewall / Emma Milligan / Dominique Davis / Kaitlyn A Cross / Yue Chen / Jelle ...著者: Ashley N Nelson / Xiaoying Shen / Sravani Vekatayogi / Shiyu Zhang / Gabriel Ozorowski / Maria Dennis / Leigh M Sewall / Emma Milligan / Dominique Davis / Kaitlyn A Cross / Yue Chen / Jelle van Schooten / Joshua Eudailey / John Isaac / Saad Memon / Carolyn Weinbaum / Hongmei Gao / Sherry Stanfield-Oakley / Alliyah Byrd / Suni Chutkan / Stella Berendam / Kenneth Cronin / Anila Yasmeen / S Alam / Celia C LaBranche / Kenneth Rogers / Lisa Shirreff / Albert Cupo / Ronald Derking / Francois Villinger / Per Johan Klasse / Guido Ferrari / Wilton B Williams / Michael G Hudgens / Andrew B Ward / David C Montefiori / Koen K A Van Rompay / Kevin Wiehe / John P Moore / Rogier W Sanders / Kristina De Paris / Sallie R Permar /
要旨: Adolescents are a growing population of people living with HIV. The period between weaning and sexual debut presents a low-risk window for HIV acquisition, making early childhood an ideal time for ...Adolescents are a growing population of people living with HIV. The period between weaning and sexual debut presents a low-risk window for HIV acquisition, making early childhood an ideal time for implementing an immunization regimen. Because the elicitation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is critical for an effective HIV vaccine, our goal was to assess the ability of a bnAb B cell lineage-designed HIV envelope SOSIP (protein stabilized by a disulfide bond between gp120-gp41-named "SOS"-and an isoleucine-to-proline point mutation-named "IP"-at residue 559) to induce precursor CD4 binding site (CD4bs)-targeting bnAbs in early life. Infant rhesus macaques received either a BG505 SOSIP, based on the infant BG505 transmitted/founder virus, or the CD4bs germ line-targeting BG505 SOSIP GT1.1 ( = 5 per group). Although both strategies induced durable, high-magnitude plasma autologous virus neutralization responses, only GT1.1-immunized infants ( = 3 of 5) exhibited VRC01-like CD4bs bnAb precursor development. Thus, a multidose immunization regimen with bnAb lineage-designed SOSIPs shows promise for inducing early B cell responses with the potential to mature into protective HIV bnAbs before sexual debut.
履歴
登録2023年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41869.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.13 Å/pix.
x 100 pix.
= 413. Å		4.13 Å/pix.
x 100 pix.
= 413. Å		4.13 Å/pix.
x 100 pix.
= 413. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.10389544 - 0.25126946
平均 (標準偏差)-0.00006740296 (±0.0111657875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 413.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NH...

全体名称: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
要素
  • 複合体: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
    • 複合体: Polyclonal antibodies from NHP 8131

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超分子 #1: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NH...

超分子名称: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: HIV-1 Envelope (Env) trimer BG505.664
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #2: Polyclonal antibodies from NHP 8131

超分子名称: Polyclonal antibodies from NHP 8131 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 108966
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20396


詳細: Low pass filtered to 40 angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 3212
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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