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- EMDB-41820: Cryo-EM structure of vaccine-elicited CD4 binding site antibody D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41820
タイトルCryo-EM structure of vaccine-elicited CD4 binding site antibody DH1285 bound to HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env
マップデータCryo-EM structure of rhesus macaque vaccination elicited CD4 binding site antibody DH1285 Fab bound at two CD4 binding sites on CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env
試料
  • 細胞器官・細胞要素: A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env with CD4 binding site antibody Dh1285 Fab in 1:3 ratio
キーワードHIV-1 / CD4 binding site antibody / Vaccine elicited antibody / neutralizing antibody / IgG / Fab / DH1285 / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Thakur B / Stalls VD / Acharya P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1145687 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 A1144371 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Vaccine induction of CD4-mimicking HIV-1 broadly neutralizing antibody precursors in macaques.
著者: Kevin O Saunders / James Counts / Bhishem Thakur / Victoria Stalls / Robert Edwards / Kartik Manne / Xiaozhi Lu / Katayoun Mansouri / Yue Chen / Rob Parks / Maggie Barr / Laura Sutherland / ...著者: Kevin O Saunders / James Counts / Bhishem Thakur / Victoria Stalls / Robert Edwards / Kartik Manne / Xiaozhi Lu / Katayoun Mansouri / Yue Chen / Rob Parks / Maggie Barr / Laura Sutherland / Joena Bal / Nicholas Havill / Haiyan Chen / Emily Machiele / Nolan Jamieson / Bhavna Hora / Megan Kopp / Katarzyna Janowska / Kara Anasti / Chuancang Jiang / Elizabeth Van Itallie / Sravani Venkatayogi / Amanda Eaton / Rory Henderson / Christopher Barbosa / S Munir Alam / Sampa Santra / Drew Weissman / M Anthony Moody / Derek W Cain / Ying K Tam / Mark Lewis / Wilton B Williams / Kevin Wiehe / David C Montefiori / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: The CD4-binding site (CD4bs) is a conserved epitope on HIV-1 envelope (Env) that can be targeted by protective broadly neutralizing antibodies (bnAbs). HIV-1 vaccines have not elicited CD4bs bnAbs ...The CD4-binding site (CD4bs) is a conserved epitope on HIV-1 envelope (Env) that can be targeted by protective broadly neutralizing antibodies (bnAbs). HIV-1 vaccines have not elicited CD4bs bnAbs for many reasons, including the occlusion of CD4bs by glycans, expansion of appropriate naive B cells with immunogens, and selection of functional antibody mutations. Here, we demonstrate that immunization of macaques with a CD4bs-targeting immunogen elicits neutralizing bnAb precursors with structural and genetic features of CD4-mimicking bnAbs. Structures of the CD4bs nAb bound to HIV-1 Env demonstrated binding angles and heavy-chain interactions characteristic of all known human CD4-mimicking bnAbs. Macaque nAb were derived from variable and joining gene segments orthologous to the genes of human VH1-46-class bnAb. This vaccine study initiated in primates the B cells from which CD4bs bnAbs can derive, accomplishing the key first step in the development of an effective HIV-1 vaccine.
履歴
登録2023年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of rhesus macaque vaccination elicited CD4 binding site antibody DH1285 Fab bound at two CD4 binding sites on CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.214
最小 - 最大-0.34464765 - 0.5694145
平均 (標準偏差)0.00039906826 (±0.01688142)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41820_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41820_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env...

全体名称: A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env with CD4 binding site antibody Dh1285 Fab in 1:3 ratio
要素
  • 細胞器官・細胞要素: A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env with CD4 binding site antibody Dh1285 Fab in 1:3 ratio

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超分子 #1: A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env...

超分子名称: A Complex of ectodomain of HIV-1 CH505TFchim.6R.SOSIP.664v4.1 Env with CD4 binding site antibody Dh1285 Fab in 1:3 ratio
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 300 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 14427340
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 146445
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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