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- EMDB-41761: Cryo-EM structure of Vibrio cholerae FtsE/FtsX/EnvC complex, shortened -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41761
タイトルCryo-EM structure of Vibrio cholerae FtsE/FtsX/EnvC complex, shortened
マップデータfull map
試料
  • 複合体: FtsEX
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase M23
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードmembrane protein / enzyme / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / ABC3 transporter permease protein domain ...: / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / ABC3 transporter permease protein domain / Duplicated hybrid motif / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division ATP-binding protein FtsE / Cell division protein FtsX / Peptidase M23
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Hao A / Lee S-Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)AI166134 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the FtsEX-EnvC complex regulation on septal peptidoglycan hydrolysis in Vibrio cholerae.
著者: Aili Hao / Yang Suo / Seok-Yong Lee /
要旨: During bacterial cell division, hydrolysis of septal peptidoglycan (sPG) is crucial for cell separation. This sPG hydrolysis is performed by the enzyme amidases whose activity is regulated by the ...During bacterial cell division, hydrolysis of septal peptidoglycan (sPG) is crucial for cell separation. This sPG hydrolysis is performed by the enzyme amidases whose activity is regulated by the integral membrane protein complex FtsEX-EnvC. FtsEX is an ATP-binding cassette transporter, and EnvC is a long coiled-coil protein that interacts with and activates the amidases. The molecular mechanism by which the FtsEX-EnvC complex activates amidases remains largely unclear. We present the cryo-electron microscopy structure of the FtsEX-EnvC complex from the pathogenic bacteria V. cholerae (FtsEX-EnvC). FtsEX-EnvC in the presence of ADP adopts a distinct conformation where EnvC is "horizontally extended" rather than "vertically extended". Subsequent structural studies suggest that EnvC can swing between these conformations in space in a nucleotide-dependent manner. Our structural analysis and functional studies suggest that FtsEX-EnvC employs spatial control of EnvC for amidase activation, providing mechanistic insights into the FtsEX-EnvC regulation on septal peptidoglycan hydrolysis.
履歴
登録2023年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486. Å		1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486. Å		1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.9030028 - 1.5162317
平均 (標準偏差)0.00025122726 (±0.01747153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 486.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41761_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_41761_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_41761_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FtsEX

全体名称: FtsEX
要素
  • 複合体: FtsEX
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase M23
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: FtsEX

超分子名称: FtsEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Cell division ATP-binding protein FtsE

分子名称: Cell division ATP-binding protein FtsE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 25.882668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PALSGGDGVI RFQQVSKAYR GGRQALQKVD FHLRRGEMAF LGGHSGAGKS TLLKLICAIE RPTDGKISFN GHDITRIPNK DIPFLRRNI GIVFQDHRLL MDRSIYDNVA LPMRIESISE NEIKRRVSAA LDKTGLLDKA RCLPSQLSGG EQQRVGIARA V VNRPTLLL ...文字列:
PALSGGDGVI RFQQVSKAYR GGRQALQKVD FHLRRGEMAF LGGHSGAGKS TLLKLICAIE RPTDGKISFN GHDITRIPNK DIPFLRRNI GIVFQDHRLL MDRSIYDNVA LPMRIESISE NEIKRRVSAA LDKTGLLDKA RCLPSQLSGG EQQRVGIARA V VNRPTLLL ADEPTGNLDP ELSSRVLRLF EEFNRAGVTI LLATHDIHLV NSRPQYRHLE LNQGFLSEVA DYGR

UniProtKB: Cell division ATP-binding protein FtsE

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分子 #2: Cell division protein FtsX

分子名称: Cell division protein FtsX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 36.516773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAVKPGNQKI SKTTKSTKSK PRDVKRAKTD SFLAIHFKQA KASFAALWRR PLGNILTLAV ISMALALPAS LYLLSKNIAS VAERVAEPS QLSVYLHIDT PEPRIIVLKD DLERRDEIAK VKYISPQQGL DDLSQYAGFE QAISLLDNAT LPAVLVVTPK V DSREQIQT ...文字列:
MAVKPGNQKI SKTTKSTKSK PRDVKRAKTD SFLAIHFKQA KASFAALWRR PLGNILTLAV ISMALALPAS LYLLSKNIAS VAERVAEPS QLSVYLHIDT PEPRIIVLKD DLERRDEIAK VKYISPQQGL DDLSQYAGFE QAISLLDNAT LPAVLVVTPK V DSREQIQT LAKALQAEEG VTDVRMDEDW FARLDAIRHL ATIVVISLSS LMLMSVFLIV GNTLRFNVQA NKEEIQTMKL IG ATDAYIL RPYLYSGMWF GLLGAVAAWL LTALMTILLN GAVEALAQLY DSRFRLIGLG WDESLLLLML GVFLGCVAAK VSA KRHLKE IEPV

UniProtKB: Cell division protein FtsX

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分子 #3: Peptidase M23

分子名称: Peptidase M23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 43.410895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTATDPHAIF SDFLGKTLTH RLLACLLFMV SPSLFAATQQ ELTGVKSEIS RQQQSLAEQQ KSLDQLQQAL KQQELGINSI ENQITKTKN DLENANRNIA QLNSNIQALE TQKQQQADKL ERLLQTYYLT KRSLTNGQFF HRSADEDRIS QYYQHLAKSR A QAIEALEK ...文字列:
MTATDPHAIF SDFLGKTLTH RLLACLLFMV SPSLFAATQQ ELTGVKSEIS RQQQSLAEQQ KSLDQLQQAL KQQELGINSI ENQITKTKN DLENANRNIA QLNSNIQALE TQKQQQADKL ERLLQTYYLT KRSLTNGQFF HRSADEDRIS QYYQHLAKSR A QAIEALEK TQTELNSNQK QRQTEREQIE KLLAEQTQQR DKLAKTQSER KQTVKKIESS ISGNKTYLAE LQRNETRLKA EI AKAAKRN AVLMNGIASQ RGKLPWPLKG RVLHNFGERQ TGQIDWKGLV IDANYGQEVK AVYPGTIVFA EYLRGYGLVV LLD HGKGDM TLYGFNQTLL KKEGDKVTTG ETIALAGDTG GQSRPALYFE IRRNSRAENP SQWLQR

UniProtKB: Peptidase M23

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2434011
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 179239
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8tzk:
Cryo-EM structure of Vibrio cholerae FtsE/FtsX/EnvC complex, shortened

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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