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万見
- EMDB-41726: (N3Shifted Composite Map) - "Mechanism of dual pharmacological co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41726
タイトル(N3Shifted Composite Map) - "Mechanism of dual pharmacological correction and potentiation of human CFTR"
マップデータ
試料
  • 複合体: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)
    • タンパク質・ペプチド: Human CFTR
キーワードcystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) / TRANSPORT PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Wang C / Singh S / Loughlin BJ / Yang Z / Xu H / Veit G / Vorobiev S / Clarke OB / Jiang F / Li Y ...Wang C / Singh S / Loughlin BJ / Yang Z / Xu H / Veit G / Vorobiev S / Clarke OB / Jiang F / Li Y / Rich Z / Menten ER / Grassucci RA / Wang W / Mezzell A / Fu Z / Wong K / Wetmore DR / Sutton RB / Brouillette CG / Urbatsch IL / Kappes JC / Lukacs GL / Frank J / Hunt JF / Cohen BM
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Cystic Fibrosis FoundationHunt18G0 米国
Cystic Fibrosis FoundationHunt20G0 米国
Cystic Fibrosis FoundationHUNT13XX0 米国
Cystic Fibrosis Foundation004400G222 米国
Cystic Fibrosis FoundationFRANK16XX0 米国
Cystic Fibrosis FoundationFRANK18G0 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of dual pharmacological correction and potentiation of human CFTR
著者: Wang C / Yang Z / Loughlin BJ / Xu H / Veit G / Vorobiev S / Clarke OB / Jiang F / Li Y / Singh S / Rich Z / Menten ER / Grassucci RA / Wang W / Mezzell A / Fu Z / Wong K / Wetmore DR / ...著者: Wang C / Yang Z / Loughlin BJ / Xu H / Veit G / Vorobiev S / Clarke OB / Jiang F / Li Y / Singh S / Rich Z / Menten ER / Grassucci RA / Wang W / Mezzell A / Fu Z / Wong K / Wetmore DR / Sutton RB / Brouillette CG / Urbatsch IL / Kappes JC / Lukacs GL / Frank J / Hunt JF / Cohen BM
履歴
登録2023年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.13
最小 - 最大-22.655466000000001 - 34.202697999999998
平均 (標準偏差)-0.00078527024 (±0.9359608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)

全体名称: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)
要素
  • 複合体: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)
    • タンパク質・ペプチド: Human CFTR

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超分子 #1: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)

超分子名称: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator(CFTR)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Human CFTR

分子名称: Human CFTR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSQRSPLEK ASVVSKLFFS WTRPILRKGY RQRLELSDIY QIPSVDSADN LSEKLEREWD RELASKKNPK LINALRRCFF WRFMFYGIFL YLGEVTKAVQ PLLLGRIIAS YDPDNKEERS IAIYLGIGLC LLFIVRTLLL HPAIFGLHHI GMQMRIAMFS LIYKKTLKLS ...文字列:
GGSQRSPLEK ASVVSKLFFS WTRPILRKGY RQRLELSDIY QIPSVDSADN LSEKLEREWD RELASKKNPK LINALRRCFF WRFMFYGIFL YLGEVTKAVQ PLLLGRIIAS YDPDNKEERS IAIYLGIGLC LLFIVRTLLL HPAIFGLHHI GMQMRIAMFS LIYKKTLKLS SRVLDKISIG QLVSLLSNNL NKFDEGLALA HFVWIAPLQV ALLMGLIWEL LQASAFCGLG FLIVLALFQA GLGRMMMKYR DQRAGKISER LVITSEMIEN IQSVKAYCWE EAMEKMIENL RQTELKLTRK AAYVRYFNSS AFFFSGFFVV FLSVLPYALI KGIILRKIFT TISFCIVLRM AVTRQFPWAV QTWYDSLGAI NKIQDFLQKQ EYKTLEYNLT TTEVVMENVT AFWEEGGTPV LKDINFKIER GQLLAVAGST GAGKTSLLMV IMGELEPSEG KIKHSGRISF CPQFPWIMPG TIKENIIFGV SYDEYRYRSV IKACQLEEDI SKFPEKDNTV LGEGGITLSG DQRAKISLAR AVYKDADLYL LDSPFGYLDV LTEKEIFESC VCKLMANKTR ILVTSKMEHL KKADKILILH EGSSYFYGTF SELQNLQPDF SSKLMGCDSF DQFSAERRNS ILTETLHRFS LEGDAPVSWT ETKKQSFKQT GEFGEKRKNS ILNPINSIRK FSIVQKTPLQ MNGIEEDSDE PLERRLSLVP DSEQGEAILP RISVISTGPT LQARRRQSVL NLMTHSVNQG QNIHRKTTAS TRKVSLAPQA NLTELDIYSR RLSQETGLEI SEEINEEDLK ECFFDDMESI PAVTTWNTYL RYITVHKSLI FVLIWCLVIF LAEVAASLVV LWLLGNTPLQ DKGNSTHSRN NSYAVIITST SSYYVFYIYV GVADTLLAMG FFRGLPLVHT LITVSKILHH KMLHSVLQAP MSTLNTLKAG GILNRFSKDI AILDDLLPLT IFDFIQLLLI VIGAIAVVAV LQPYIFVATV PVIVAFIMLR AYFLQTSQQL KQLESEGRSP IFTHLVTSLK GLWTLRAFGR QPYFETLFHK ALNLHTANWF LYLSTLRWFQ MRIEMIFVIF FIAVTFISIL TTGEGEGRVG IILTLAMNIM STLQWAVNSS IDVDSLMRSV SRVFKFIDMP TEGKPTKSTK PYKNGQLSKV MIIENSHVKK DDIWPSGGQM TVKDLTAKYT EGGNAILENI SFSISPGQRV GLLGRTGSGK STLLSAFLRL LNTEGEIQID GVSWDSITLQ QWRKAFGVIP QKVFIFSGTF RKNLDPYEQW SDQEIWKVAD EVGLRSVIEQ FPGKLDFVLV DGGCVLSHGH KQLMCLARSV LSKAKILLLD EPSAHLDPVT YQIIRRTLKQ AFADCTVILC EHRIEAMLEC QQFLVIEENK VRQYDSIQKL LNERSLFRQA ISPSDRVKLF PHRNSSKCKS KPQIAALKEE TEEEVQDTRL LEENLYFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.45 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5w81

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34090
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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