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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41696 | |||||||||
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タイトル | Characterization of the Chlamydomonas Flagellar Mastigoneme Filament Structure at 3.4A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mastigoneme / MST1 / flagella / Chlamydomonas / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yue W / Kai Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM reveals how the mastigoneme assembles and responds to environmental signal changes. 著者: Yue Wang / Jun Yang / Fangheng Hu / Yuchen Yang / Kaiyao Huang / Kai Zhang / 要旨: Mastigonemes are thread-like structures adorning the flagella of protists. In Chlamydomonas reinhardtii, filamentous mastigonemes find their roots in the flagella's distal region, associated with the ...Mastigonemes are thread-like structures adorning the flagella of protists. In Chlamydomonas reinhardtii, filamentous mastigonemes find their roots in the flagella's distal region, associated with the channel protein PKD2, implying their potential contribution to external signal sensing and flagellar motility control. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of the mastigoneme at 3.4 Å. The filament unit, MST1, consists of nine immunoglobulin-like domains and six Sushi domains, trailed by an elastic polyproline-II helix. Our structure demonstrates that MST1 subunits are periodically assembled to form a centrosymmetric, non-polar filament. Intriguingly, numerous clustered disulfide bonds within a ladder-like spiral configuration underscore structural resilience. While defects in the mastigoneme structure did not noticeably affect general attributes of cell swimming, they did impact specific swimming properties, particularly under varied environmental conditions such as redox shifts and heightened viscosity. Our findings illuminate the potential role of mastigonemes in flagellar motility and suggest their involvement in diverse environmental responses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41696.map.gz | 718.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41696-v30.xml emd-41696.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41696.png | 27.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41696.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41696 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41696_validation.pdf.gz | 337.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41696_full_validation.pdf.gz | 337.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41696_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41696_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41696 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.33 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mastigoneme filament
全体 | 名称: Mastigoneme filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Mastigoneme filament
超分子 | 名称: Mastigoneme filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-分子 #1: MST1
分子 | 名称: MST1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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配列 | 文字列: MAMPRHGRRP ARCSSNRASQ WLLLVLGVAL AASPRFLLLV EAATYTLTLD KLGPTVNPTT SDAVTFTATV ASPDSTTAVF FTLDYGDGVT AETTRTTTGA LSTTPTANLV SAGTYTVTYA SIGTKFVTLR LYDSAVAPGV LLASKTVPIY VEDSTLTATL LQSGVPRLNL ...文字列: MAMPRHGRRP ARCSSNRASQ WLLLVLGVAL AASPRFLLLV EAATYTLTLD KLGPTVNPTT SDAVTFTATV ASPDSTTAVF FTLDYGDGVT AETTRTTTGA LSTTPTANLV SAGTYTVTYA SIGTKFVTLR LYDSAVAPGV LLASKTVPIY VEDSTLTATL LQSGVPRLNL AFSGFKGRVS SSTANRADMW ATIQLDTAPG VFESSRIFIG IAPTASTNYD FVIPDQVYNL EGAKTTVLRI YDAPVGGTLL RTFTPAAANA VYVVDPSKYV LTLTVGPTSV TTADQVTFTQ TTTEVSYSAS ATSPILQWRF NWDDPSVVET PLAYPDALTA ASNFPTTATA VSSAAASTFR YTSTGSKNAR LRLYDGANNV IAEKIVVITV SNAGYTLALA KTTADPVTTD DTIAFSAGAK HLSSTSQVWW TIDYGAGESS PRTALTMTNV GAAAPNAIAS LSNQYTSGGT KLATLRIYDR DGVGANTGLL LASTTVTFTV TPVLYALESA VEPFSPIATV AAKWSFRIQR SKATPAGVTE SIKCAFFGAD TGTAPADLAA WLTAANGAGG LTATILPSSI PSDIISFTRT YAAAAASLQG KLQCFIGSTP LWDPYYPTPV FQVLAAAPTY TLSASVTPAV VPVDTATLWT YNIIRSVPVP AGGPSLPILC SFWDGKTGAA PTTDAGWAAL AGSANGKGTS MAPGSTTATC SFTPSYSTTG TATPTLQLIQ NSFALDAATT VGFLSPVYTA PAFATVTAAS YTISSYLNPV TPVAGGAAAV WRIVITRNAA VTASAKTLTC QMPDNGQGGS PADVTADIAV GGTTTVCVFS IAGYTTATPG PYFATVNVVD GAVTTSHITK NFTVLASGTT APTYAVTSVV SPATPVKVST PVTYTFTITR TTAVPAGGIP QPIICEFFNG EGTAPASAAA YWRVSTTIPD ADTVVAVMAP GETTTTCTFT TYYTTVSAGG FTAKLMVFGE SATAAPLLTS LSVTPSQLLA AVHSFATPMV VAAAVVAVES TTISPNYNPT TPYTNIPTYF TFTLLRDPPV PPSASSGVQF ACALYTGQNV NPASAPSAIT DAVYKTFTDV TTAVATDANY FADQQLRVVT MAPGTGRVSC TFPTLYAAAG PFSPKFFVFE YASSTVGANA LAVADTVTSL TSFTTQAAPT FITGPTNVPQ RVPLPKGFRT TCFDGYELIF SNDNYTNGVR VAVDAYPYPV GQCRKCPGGT ATMDGYRCIP CPSGYWSNEG ARECTACPAG TIAKPAALTA RAKYSIDPTT YHFVTHLAMG PESCKKCPKG YFQPNIAGTV CLPCPSGFVS TSGATGCTAC SEGTYHTDGV GTTTPGEATS LDTTDTFGSI YPIIPNTCRQ CPANTYLPLR GQAAIASMNL AAVSSATPCR PCEDGTWSKA GAAGCQKCPP GTYRNTWFSG QLGSPFITAD GVPVATTLTE LGSGCSQCPP GTYAPTFGMS VCLPCPAGTF ASAPGATACQ QCKPGTNSLM GDRTQQMALV VTNAANDFPA LRAYTISGMV AGPAYAKPIV TGPDTNFFMA GKSETCSTNL PGYYTDVDGL PIQLPCKPGT FMPFDTATAN LLDTGLTVDG TQCYTCQTGT FNDEFSQPVC KACWSGSFAS KRGLPTCEIA QPGTFTNVAA AANATFNTAT LIPTGLVKGA QAPTPCGMGY FQSSAETTTC TACAVGTYAD QAGLAACKPC QPGRYQNSIG QRVCKPCDMG TYSRYGGELC TKCPAGTVAS KTGSSQCTPC AAGFYANAPD SATSCRACPR GYYGPYSGAY ADNLGDEFEG PRGCYKCPYD FFADRPGVRQ CTACPPLDLG GGNLVEQCTE DLGSQRCKPC SLLSKPKTAR TEQSPPPPSP SPPPPPPPSP RPPSPNPPSP RPPSPAPPSP NPPPTSPPPS PPPSPPPPRP PPPPPPPPSP PPPNRSPPPP PPASSAINPG GGVNQNGDPV GHRRAILSLM EDEDAEAAQE EQAIVDVDAE MQPQDDE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 39.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98875 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |