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- EMDB-41616: The Capsid of Rat Bocavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41616
タイトルThe Capsid of Rat Bocavirus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rat bocavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
キーワードParvovirus / RBoV / Rat Bocavirus / Capsid / VIRUS
機能・相同性Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2
機能・相同性情報
生物種Rat bocavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Velez M / Mietzsch M / McKenna R / Afione S / Zeher A / Huang R / Chiorini J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: Structural Characterization of Canine Minute Virus, Rat and Porcine Bocavirus.
著者: Michael Velez / Mario Mietzsch / Jane Hsi / Logan Bell / Paul Chipman / Xiaofeng Fu / Robert McKenna /
要旨: is an expansive genus of the , with a wide range of vertebrate hosts. This study investigates Canine minute virus (CnMV), Rat bocavirus (RBoV), and Porcine bocavirus 1 (PBoV1). Both CnMV and PBoV1 ... is an expansive genus of the , with a wide range of vertebrate hosts. This study investigates Canine minute virus (CnMV), Rat bocavirus (RBoV), and Porcine bocavirus 1 (PBoV1). Both CnMV and PBoV1 have been found in gastrointestinal infections in their respective hosts, with CnMV responsible for spontaneous abortions in dogs, while PBoV has been associated with encephalomyelitis in piglets. The pathogenicity of the recently identified RBoV is currently unknown. To initiate the characterization of these viruses, their capsids structures were determined by cryo-electron microscopy at resolutions ranging from 2.3 to 2.7 Å. Compared to other parvoviruses, the CnMV, PBoV1, and RBoV capsids showed conserved features, such as the channel at the fivefold symmetry axis. However, major differences were observed at the two- and threefold axes. While CnMV displays prominent threefold protrusions, the same region is more recessed in PBoV1 and RBoV. Furthermore, the typical twofold axis depression of parvoviral capsids is absent in CnMV or very small in PBoV and RBoV. These capsid structures extend the structural portfolio for the genus and will allow future characterization of these pathogens on a molecular level. This is important, as no antivirals or vaccines exist for these viruses.
履歴
登録2023年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.92 Å/pix.
x 420 pix.
= 386.82 Å		0.92 Å/pix.
x 420 pix.
= 386.82 Å		0.92 Å/pix.
x 420 pix.
= 386.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-8.411282 - 16.707965999999999
平均 (標準偏差)0.00000000180623 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 386.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41616_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41616_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rat bocavirus

全体名称: Rat bocavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rat bocavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2

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超分子 #1: Rat bocavirus

超分子名称: Rat bocavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1788315 / 生物種: Rat bocavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat bocavirus (ウイルス)
分子量理論値: 63.540734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADGGESSNA NAGEGTSGGG GSGPLALTGG SRAGGTIGGG GAGSVGFSTG GWTAGTYFSD NKVVTNQTRQ FLTPIYNGHT YKALQADDL TNENDKSKWN GITTPWGYFN FNCYASHFSP QDWQRMCNEY KRWRPKRLRV QIYNLQLKTI QSNGADTQYN N DLTAAVHI ...文字列:
MADGGESSNA NAGEGTSGGG GSGPLALTGG SRAGGTIGGG GAGSVGFSTG GWTAGTYFSD NKVVTNQTRQ FLTPIYNGHT YKALQADDL TNENDKSKWN GITTPWGYFN FNCYASHFSP QDWQRMCNEY KRWRPKRLRV QIYNLQLKTI QSNGADTQYN N DLTAAVHI LVDGSHQFPW AQHPWDDTCA PELPYVIYKT PQYAYFQNLA GLANNVGTNS ANKFLKMNTP LYVLETMSHE VL RTGEDTS FEFEMSSGWV DNQTNFCPPQ LDFNPLHDTR RVAPRATNNT TQYAPYPKFK KPSNWVPGPG MAYPGRGEAD GKR PAPMTV TLRPNTFIDA GNNTTDRFQQ ASYQEWKPTD DTIIGQSINV GPINCAATDP DAVTTAADAE DDVANPNTDK VSSH RYSID MTRWNAIQIN VRRNNGTPET TQIYRHYLYP MQAWNSNQID RYTPIWDKVP NTEWHTMLAS SDGTLPMTHP PGTIF IKCS KIPVPSENNA DSYLNIYCTG QVSYEIEWEC ERYNTKNWRP ELRVDPKNWT DPNNYNLNTQ GGYIVNEELY ETMPTK IGI NRVN

UniProtKB: VP2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9199
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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