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- EMDB-41460: Structure of a mutated photosystem II complex reveals perturbatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41460
タイトルStructure of a mutated photosystem II complex reveals perturbation of the oxygen-evolving complex
マップデータSharpened map masked
試料
  • 複合体: photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
  • リガンド: x 17種
キーワードphotosynthesis / photosystem II / oxygen-evolving complex / D1-D170E / S1 state / transition metals / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbQ, cyanobacteria / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor ...Photosystem II PsbQ, cyanobacteria / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein M / CyanoQ / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein Y / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein Psb30
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Flesher DA / Liu J / Wang J / Gisriel CJ / Yang KR / Batista VS / Debus RJ / Brudvig GW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Mutation-induced shift of the photosystem II active site reveals insight into conserved water channels.
著者: David A Flesher / Jinchan Liu / Jimin Wang / Christopher J Gisriel / Ke R Yang / Victor S Batista / Richard J Debus / Gary W Brudvig /
要旨: Photosystem II (PSII) is the water-plastoquinone photo-oxidoreductase central to oxygenic photosynthesis. PSII has been extensively studied for its ability to catalyze light-driven water oxidation at ...Photosystem II (PSII) is the water-plastoquinone photo-oxidoreductase central to oxygenic photosynthesis. PSII has been extensively studied for its ability to catalyze light-driven water oxidation at a MnCaO cluster called the oxygen-evolving complex (OEC). Despite these efforts, the complete reaction mechanism for water oxidation by PSII is still heavily debated. Previous mutagenesis studies have investigated the roles of conserved amino acids, but these studies have lacked a direct structural basis that would allow for a more meaningful interpretation. Here, we report a 2.14-Å resolution cryo-EM structure of a PSII complex containing the substitution Asp170Glu on the D1 subunit. This mutation directly perturbs a bridging carboxylate ligand of the OEC, which alters the spectroscopic properties of the OEC without fully abolishing water oxidation. The structure reveals that the mutation shifts the position of the OEC within the active site without markedly distorting the MnCaO cluster metal-metal geometry, instead shifting the OEC as a rigid body. This shift disturbs the hydrogen-bonding network of structured waters near the OEC, causing disorder in the conserved water channels. This mutation-induced disorder appears consistent with previous FTIR spectroscopic data. We further show using quantum mechanics/molecular mechanics methods that the mutation-induced structural changes can affect the magnetic properties of the OEC by altering the axes of the Jahn-Teller distortion of the Mn(III) ion coordinated to D1-170. These results offer new perspectives on the conserved water channels, the rigid body property of the OEC, and the role of D1-Asp170 in the enzymatic water oxidation mechanism.
履歴
登録2023年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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注釈Unsharpened map
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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_41460_half_map_2.map
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試料の構成要素

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全体 : photosystem II

全体名称: photosystem II
要素
  • 複合体: photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Sll1638 protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein Y
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: photosystem II

超分子名称: photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1 2

分子名称: Photosystem II protein D1 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 39.758141 KDa
配列文字列: MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF SEGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLVRETT EVESQNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLGA WPVIGIWFTA MGVSTMAFNL NGFNFNQSIL DSQGRVIGTW ADV LNRANI GFEVMHERNA HNFPLDLASG EQAPVALTAP AVNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1 2

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 55.954355 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAIFDSSDA VLNPMWRQGM FVLPFMARLG VTSSWNGWSV TGETGLDPG FWSFEGVAAA HIVLSGLLFL AAVWHWVFWD LELFVDPRTG ESALDLPKMF GIHLFLSGLL CFGFGAFHLT G VWGPGMWV ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 50.344723 KDa
配列文字列: MVTLSNTSMV GGRDLPSTGF AWWSGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMTLFEVA HFIPEKPMYE QGLILLPHIA TLGWGVGPA GEVTDIFPFF VVGVLHLISS AVLGLGGIYH ALRGPEVLEE YSSFFGYDWK DKNQMTNIIG YHLILLGCGA L LLVFKAMF ...文字列:
MVTLSNTSMV GGRDLPSTGF AWWSGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMTLFEVA HFIPEKPMYE QGLILLPHIA TLGWGVGPA GEVTDIFPFF VVGVLHLISS AVLGLGGIYH ALRGPEVLEE YSSFFGYDWK DKNQMTNIIG YHLILLGCGA L LLVFKAMF FGGVYDTWAP GGGDVRVITN PTLNPAIIFG YLLKAPFGGE GWIISVNNME DIIGGHIWIG LICISGGIWH IL TKPFGWA RRALIWSGEA YLSYSLGALS LMGFIASVFV WFNNTAYPSE FYGPTGMEAS QSQAFTFLVR DQRLGANIAS AQG PTGLGK YLMRSPSGEI IFGGETMRFW DFRGPWLEPL RGPNGLDLDK LRNDIQPWQV RRAAEYMTHA PLGSLNSVGG VITD VNSFN YVSPRAWLAT SHFVLGFFFL VGHLWHAGRA RAAAAGFEKG IDRETEPTLF MPDLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 39.519238 KDa
配列文字列: MTIAVGRAPV ERGWFDVLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC AFMALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG ANFLTVAVSS PADAFGHSL LFLWGPEAQG NLTRWFQIGG LWPFVALHGA FGLIGFMLRQ FEISRLVGIR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLM Y PLGQSSWF ...文字列:
MTIAVGRAPV ERGWFDVLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC AFMALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG ANFLTVAVSS PADAFGHSL LFLWGPEAQG NLTRWFQIGG LWPFVALHGA FGLIGFMLRQ FEISRLVGIR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLM Y PLGQSSWF FAPSFGVAGI FRFILFLQGF HNWTLNPFHM MGVAGILGGA LLCAIHGATV ENTLFEDGED SNTFRAFEPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSSVGIV GLALNLRAYD FVSQELRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGMR AWMAPQDQPH ENFIFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 9.454577 KDa
配列文字列:
MSGTTGERPF SDIVTSIRYW VIHSITIPML FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPDEYFTQTR QELPILQERY DINQEIQEFN Q

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.935784 KDa
配列文字列:
MATQNPNQPV TYPIFTVRWL AVHTLAVPSV FFVGAIAAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 7.120404 KDa
配列文字列:
MAQRTRLGDI LRPLNSEYGK VVPGWGTTPV MGVFMALFLV FLLIILQIYN SSLILEGFSV DWAG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.338119 KDa
配列文字列:
(FME)LTLKIAVYI VVGLFISLFI FGFLSSDPTR NPGRKDFE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 3.976687 KDa
配列文字列:
(FME)FAEGRIPLW VVGVVAGIGA IGVLGLFFYG AYAGLGSSM

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 5.114127 KDa
配列文字列:
METIYLLAKL PEAYQIFDPL VDVLPVIPLF FLALAFVWQA AVGFK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.476145 KDa
配列文字列:
MDRNSNPNRQ PVELNRTSLY LGLLLVAVLG ILFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 3.910639 KDa
配列文字列:
(FME)QVNNLGFIA SILFVLVPTV FLLILFIQTG KQSES

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #13: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide

分子名称: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 29.939584 KDa
配列文字列: MRFRPSIVAL LSVCFGLLTF LYSGSAFAVD KSQLTYDDIV NTGLANVCPE ISSFTRGTIE VEPNTKYFVS DFCMEPQEYF VKEEPVNKR QKAEYVKGKV LTRQTTSLEQ IRGSIAVGAD GTLTFKEKDG IDFQPITVLL PGGEEVPFFF TVKNFTGTTE P GFTSINSS ...文字列:
MRFRPSIVAL LSVCFGLLTF LYSGSAFAVD KSQLTYDDIV NTGLANVCPE ISSFTRGTIE VEPNTKYFVS DFCMEPQEYF VKEEPVNKR QKAEYVKGKV LTRQTTSLEQ IRGSIAVGAD GTLTFKEKDG IDFQPITVLL PGGEEVPFFF TVKNFTGTTE P GFTSINSS TDFVGDFNVP SYRGAGFLDP KARGLYTGYD NAVALPSAAD KFRTNKKETP LGKGTLSLQV TQVDGSTGEI AG IFESEQP SDTDLGAKEP LDVKVRGIFY GRVDTDV

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein O

+
分子 #14: Sll1638 protein

分子名称: Sll1638 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 16.494934 KDa
配列文字列:
MSRLRSLLSL ILVLVTTVLV SCSSPQVEIP TTYSPEKIAQ LQVYVNPIAV ARDGMEKRLQ GLIADQNWVD TQTYIHGPLG QLRRDMLGL ASSLLPKDQD KAKTLAKEVF GHLERLDAAA KDRNGSQAKI QYQEALADFD SFLNLLPQAS

UniProtKB: CyanoQ

+
分子 #15: Photosystem II protein Y

分子名称: Photosystem II protein Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.204958 KDa
配列文字列:
MDWRVIVVVS PLLIAATWAA INIGAAAIRQ LQDVLGREA

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Y

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 3.571318 KDa
配列文字列:
(FME)ESVAYILVL TMALAVLFFA IAFREPPRIE K

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #17: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

分子名称: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 14.256163 KDa
配列文字列:
MKFISRLLVA CSLLIGLMGF LGADLAQALT PNPILAELNA VDAKLTTDFG QKIDLNNSDI RDFRGLRGFY PNLASEIIKN APYDTVEEV LDIPGLSETQ KSRLEANLGS FTVTEPSIEL TSGDDRINPG VY

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein U

+
分子 #18: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 17.901045 KDa
配列文字列:
MKRFFLVAIA SVLFFFNTMV GSANAVELTE STRTIPLDEA GGTTTLTARQ FTNGQKIFVD TCTQCHLQGK TKTNNNVSLG LADLAGAEP RRDNVLALVE FLKNPKSYDG EDDYSELHPN ISRPDIYPEM RNYTEDDIFD VAGYTLIAPK LDERWGGTIY F

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein V

+
分子 #19: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.189036 KDa
配列文字列:
MTPSLANFLW SLVLGAAIVL IPATVGLIFI SQKDKITRS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.143993 KDa
配列文字列:
MELLAALNLE PIFQLTFLGL IVLAGPAVVF VLAFRGGDL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 6.736161 KDa
配列文字列:
MSIVFQIALA ALVLFSFVMV VGVPVAYASP QNWDRSKPLL YLGSGIWAIL VIVVALLNFL VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #22: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #23: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #24: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 70 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #27: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 18 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #30: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 14 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 64 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #32: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #33: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 14 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #34: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #35: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #36: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #37: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #38: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1270 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7n8o

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129229
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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