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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41438 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / Vaccination / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Roark RS / Hoyt F / Hansen B / Fischer E / Shapiro LS / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Broad and potent HIV-1 neutralization in fusion peptide-primed SHIV-boosted macaques 著者: Wang H / Kwong PD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41438.map.gz | 848.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41438-v30.xml emd-41438.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41438.png | 115.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41438.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_41438_half_map_1.map.gz emd_41438_half_map_2.map.gz | 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41438 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41438_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41438_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41438_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41438_validation.cif.gz | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41438_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41438_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP
全体 | 名称: HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP |
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要素 |
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-超分子 #1: HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP
超分子 | 名称: HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: Surface protein gp120, Transmembrane protein gp41
超分子 | 名称: Surface protein gp120, Transmembrane protein gp41 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-超分子 #3: HERH-b*01 heavy chain, HERH-b*01 light chain
超分子 | 名称: HERH-b*01 heavy chain, HERH-b*01 light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
-分子 #1: Surface protein gp120
分子 | 名称: Surface protein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.086324 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Transmembrane protein gp41
分子 | 名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: HERH-b*01 heavy chain
分子 | 名称: HERH-b*01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 25.558494 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCGVSGDSIT RNYYYWHWIR QSPGKGLEGL GYIAYTGGTD YSPSFKSRVT ISRDTSKNQF SLKLTSVTV ADTAVYFCAR ERGDSYIYSY DGVDFWGQGL LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCGVSGDSIT RNYYYWHWIR QSPGKGLEGL GYIAYTGGTD YSPSFKSRVT ISRDTSKNQF SLKLTSVTV ADTAVYFCAR ERGDSYIYSY DGVDFWGQGL LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GSLTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYVC NVNHKPSNTK VDKRVEIKTC GGLEVLFQGP |
-分子 #4: HERH-b*01 light chain
分子 | 名称: HERH-b*01 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 23.998727 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DAVLTQSPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HTNGETYLNW YQQKTGQRPR LLISQVSKRE IGVPDRFSAS GAGSDFTLKI SRVEAEDVG LYFCGQGLHW PRTFGQGTRV DIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV ...文字列: DAVLTQSPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HTNGETYLNW YQQKTGQRPR LLISQVSKRE IGVPDRFSAS GAGSDFTLKI SRVEAEDVG LYFCGQGLHW PRTFGQGTRV DIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV TEQDSKDNTY SLSSTLTLSS TEYQSHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 45 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 562633 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |