[日本語] English
万見
- EMDB-41432: C. elegans TMC-2 complex, focused refinement of dimer interface -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41432
タイトルC. elegans TMC-2 complex, focused refinement of dimer interface
マップデータ
試料
  • 複合体: C. elegans TMC-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein TMC-2
    • タンパク質・ペプチド: Calcium and integrin binding protein CALM-1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear protein TMIE
キーワードMechanosensory transduction Macromolecular complex C. elegans / MEMBRANE PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Clark S / Jeong H / Goehring A / Posert R / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Architecture of the TMC-2 complex from C. elegans
著者: Clark S / Jeong H / Goehring A / Posert R / Gouaux E
履歴
登録2023年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_41432.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.277
最小 - 最大-1.1272932 - 1.7369807
平均 (標準偏差)0.0011314675 (±0.026996259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 373.94998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41432_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_41432_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : C. elegans TMC-2 complex

全体名称: C. elegans TMC-2 complex
要素
  • 複合体: C. elegans TMC-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein TMC-2
    • タンパク質・ペプチド: Calcium and integrin binding protein CALM-1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear protein TMIE

-
超分子 #1: C. elegans TMC-2 complex

超分子名称: C. elegans TMC-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
分子 #1: Transmembrane channel-like protein TMC-2

分子名称: Transmembrane channel-like protein TMC-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MPKSGAHQPL VRHDTDDGGE TGQSVKSLAD VSEEEIDSRM SRRSSVIADL LSLFRRSSSV LVRPHTRLGN PNFDDDDDEF DEEDDKEASK DRILKKIQQK KEIIQKLRGQ PWYMKRKRRT LKVAQKHLQQ QEAKVSKARL YKAEAGRRLT QASRWLDNLK IYLIPWEAKI ...文字列:
MPKSGAHQPL VRHDTDDGGE TGQSVKSLAD VSEEEIDSRM SRRSSVIADL LSLFRRSSSV LVRPHTRLGN PNFDDDDDEF DEEDDKEASK DRILKKIQQK KEIIQKLRGQ PWYMKRKRRT LKVAQKHLQQ QEAKVSKARL YKAEAGRRLT QASRWLDNLK IYLIPWEAKI RKIESHFGSV VSSYFTFHRW VLGVNITITF IMCMFVVIPE WLADSRTQFG DDRYNKTKAI KVMPPAVRAR ADELSTVWDF GGYFQYSLLF YGFYSKETFF GETIKYRVPV AYFFCNIFIL GFSLFIILRK MAANNRRGTL SSGKTQQYLF NWKAFTGWDY TIGNPETAGN VYMANVIKFR EAINDDKQKP SDKHPWIRFV ARVLTNLFIC AMYVFSIWAI MQCGTLKGEH FFAQNATAIT ISLITLVFPN IFDLLGKIEK LHPRNALRFQ LGRVLVLYIL NYYTLIYSLM LQLEHLQKEK NASDNPISAL GHPGDAIGRT IRETVLPRYP VDNNPHTYYS YAPVTTTPIP ATSSWTTVLP DFGPFGVYNP KASVTKDDTV FSSPVVETHM FGPNSDWNET TVNAASPTGA TTRASLRMSQ GGLCWETIIG QEITKLVTMD LYMTVASIFL IDFLRGLACR YLNLYWPWDL ERTFPEYGEF KVAENVLHLV NNQGMIWLGL FFVPLLPMLN NIKLIILMYI RGWAAMTCNV PASQIFRASR SSNFFFALLI LFLFLCTLPV GFVIASKTPS KSCGPFGNQS FFYSVITDVL HENLDKTLVN GIKYSLSPGI IIPVLVLLSL VIYFLIAMVT GLSQANQDLS FQLMVERTEE KKKIFELAGG KKKKSKDNTF GKQKPKQLLP PPTKGVSSDD DSQHNRSTAK SVSGRQFVPS LGSVSEVDHS TGEEQSSDSE STTSSLPPKL SLRQRFLVCI GWADPNKYGR HDDIEMEEGG GRLRELSTGS ETDSDDEDSE KSNRDMSYRT AIQSFDQNSQ SASASSSKST TTAPSNSEMR IEITENPLHT YITPLRIEKK SSASSSSSSH QPSSSIEKQA ARRLLQPIST THNIRYGVAT VENSSQDPTR PPSTDDSLGD PALHEPLWAN LNPHSSYTSA MMSPIMNEVM SNDETTDDEK GRLIPDRPPI PHSPRELKRL KREKDQQSES GSKPSTPRPP RFRISMSPPR KPPSEKNDSD SSNRKYEMRV EKSPKKPKKS DND

-
分子 #2: Calcium and integrin binding protein CALM-1

分子名称: Calcium and integrin binding protein CALM-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRICE VFSEDGRGNL SFDDFLDMFS VFSEMAPLQL KLKYAFRIYD YDGDELLGHD DLSKMIRSLT RDELSDVEVE FIIERIIEEA ...文字列:
MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRICE VFSEDGRGNL SFDDFLDMFS VFSEMAPLQL KLKYAFRIYD YDGDELLGHD DLSKMIRSLT RDELSDVEVE FIIERIIEEA DLDGDSSINF AEFEHVVSRS PDFIRTFHIR I

-
分子 #3: Transmembrane inner ear protein TMIE

分子名称: Transmembrane inner ear protein TMIE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MPSGNEEINH LSALDQFVAP GLRLWMLIAL VGGVLLIMIV IVCCFMRIRI PRTKRQIDLI AAKRKLRKST KNSAEANAHN DERAQAIVMN SMPSGGGGGA PSTSSSRHTG SRIQSQV

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

-
試料調製

濃度0.003 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.02% GDN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Native TMC-2 complex, isolated from transgenic C. elegans.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7usw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207726
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る