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- EMDB-41387: Cryo-EM structure of CorA in complex with conformation-specific s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41387
タイトルCryo-EM structure of CorA in complex with conformation-specific synthetic antibody C18 and 100 uM MgCl2, State MG0.1-1C
マップデータDensity modified map used for modeling.
試料
  • 複合体: CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2
    • タンパク質・ペプチド: sAB C18 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: sAB C18 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Cobalt/magnesium transport protein CorA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードIon Channel / Magnesium Channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transport / magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Erramilli SK / Perozo E / Kossiakoff AA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for CorA channel gating using conformation-specific synthetic antibodies
著者: Erramilli SK / Nosol K / Pietrzak-Lichwa K / Li T / Dutka P / Hou J / Zhao M / Perozo E / Kossiakoff AA
履歴
登録2023年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41387.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map used for modeling.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.48 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.48 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.8836273 - 3.2423947
平均 (標準偏差)0.000008760486 (±0.03733673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41387_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus refinement map.

ファイルemd_41387_additional_1.map
注釈Consensus refinement map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41387_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41387_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2

全体名称: CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2
要素
  • 複合体: CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2
    • タンパク質・ペプチド: sAB C18 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: sAB C18 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Cobalt/magnesium transport protein CorA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2

超分子名称: CorA in complex with conformation-specific sAB C18 and 100 uM MgCl2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)

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分子 #1: sAB C18 Light Chain

分子名称: sAB C18 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.258783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #2: sAB C18 Heavy Chain

分子名称: sAB C18 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.228006 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSYWYYIWS YSYGNAMDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSYWYYIWS YSYGNAMDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHT

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分子 #3: Cobalt/magnesium transport protein CorA

分子名称: Cobalt/magnesium transport protein CorA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 44.067805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGRENLYFQ GHMEEKRLSA KKGLPPGTLV YTGKYREDFE IEVMNYSIEE FREFKTTDVE SVLPFRDSST PTWINITGI HRTDVVQRVG EFFGIHPLVL EDILNVHQRP KVEFFENYVF IVLKMFTYDK NLHELESEQV SLILTKNCVL M FQEKIGDV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGRENLYFQ GHMEEKRLSA KKGLPPGTLV YTGKYREDFE IEVMNYSIEE FREFKTTDVE SVLPFRDSST PTWINITGI HRTDVVQRVG EFFGIHPLVL EDILNVHQRP KVEFFENYVF IVLKMFTYDK NLHELESEQV SLILTKNCVL M FQEKIGDV FDPVRERIRY NRGIIRKKRA DYLLYSLIDA LVDDYFVLLE KIDDEIDVLE EEVLERPEKE TVQRTHQLKR NL VELRKTI WPLREVLSSL YRDVPPLIEK ETVPYFRDVY DHTIQIADTV ETFRDIVSGL LDVYLSSVSN KTNEVMKVLT IIA TIFMPL TFIAGIYGMN FEYMPELRWK WGYPVVLAVM GVIAVIMVVY FKKKKWL

UniProtKB: Cobalt/magnesium transport protein CorA

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 10849 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 38262
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Coot
得られたモデル

PDB-8tmf:
Cryo-EM structure of CorA in complex with conformation-specific synthetic antibody C18 and 100 uM MgCl2, State MG0.1-1C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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