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- EMDB-41368: GM-CSF Receptor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41368
タイトルGM-CSF Receptor Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GM-CSF Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
キーワードGM-CSF / cytokine / receptor / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / histamine secretion / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / histamine secretion / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / response to fluid shear stress / myeloid dendritic cell differentiation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / myeloid cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-10 signaling / monocyte differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site ...IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha / Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Caveney NA / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Organizing structural principles of common beta family signaling
著者: Caveney NA / Rodriguez GE / Pollmann C / Householder KD / Saxton RA / Piehler J / Garcia KC
履歴
登録2023年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 237.389 Å		1.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 237.389 Å		1.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 237.389 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2364 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.155
最小 - 最大-0.061693564 - 1.596538
平均 (標準偏差)0.0007781414 (±0.02086297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 237.3888 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41368_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41368_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41368_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GM-CSF Receptor Complex

全体名称: GM-CSF Receptor Complex
要素
  • 複合体: GM-CSF Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

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超分子 #1: GM-CSF Receptor Complex

超分子名称: GM-CSF Receptor Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit...

分子名称: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKLI PEKSDLRTVA PASSLNVRFD SRTMNLSWDC QENTTFSKCF LTDKKNRVVE PRLSNNECSC TFREICLHEG VTFEVHVNTS QRGFQQKLLY PNSGREGTAA QNFSCFIYNA DLMNCTWARG PTAPRDVQYF LYIRNSKRRR EIRCPYYIQD SGTHVGCHLD ...文字列:
DYKDDDDKLI PEKSDLRTVA PASSLNVRFD SRTMNLSWDC QENTTFSKCF LTDKKNRVVE PRLSNNECSC TFREICLHEG VTFEVHVNTS QRGFQQKLLY PNSGREGTAA QNFSCFIYNA DLMNCTWARG PTAPRDVQYF LYIRNSKRRR EIRCPYYIQD SGTHVGCHLD NLSGLTSRNY FLVNGTSREI GIQFFDSLLD TKKIERFNPP SNVTVRCNTT HCLVRWKQPR TYQKLSYLDF QYQLDVHRKN TQPGTENLLI NVSGDLENRY NFPSSEPRAK HSVKIRAADV RILNWSSWSE AIEFGSDDGN LGGGGGSTTA PSAQLKKKLQ ALKKKNAQLK WKLQALKKKL AQGAAEDQVD PRLIDGKHHH HHHHH

UniProtKB: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha

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分子 #2: Cytokine receptor common subunit beta

分子名称: Cytokine receptor common subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKQH DFFKSAMPEG YVQERTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI ...文字列:
DYKDDDDKMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKQH DFFKSAMPEG YVQERTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGSVQLADH YQQNTPIGDG PVLLPDNHYL STQSALSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYKLEV LFQGPGSGAE ETIPLQTLRC YNDYTSHITC RWADTQDAQR LVNVTLIRRV NEDLLEPVSC DLSDDMPWSA CPHPRCVPRR CVIPCQSFVV TDVDYFSFQP DRPLGTRLTV TLTQHVQPPE PRDLQISTDQ DHFLLTWSVA LGSPQSHWLS PGDLEFEVVY KRLQDSWEDA AILLSNTSQA TLGPEHLMPS STYVARVRTR LAPGSRLSGR PSKWSPEVCW DSQPGDEAQP QNLECFFDGA AVLSCSWEVR KEVASSVSFG LFYKPSPDAG EEECSPVLRE GLGSLHTRHH CQIPVPDPAT HGQYIVSVQP RRAEKHIKSS VNIQMAPPSL NVTKDGDSYS LRWETMKMRY EHIDHTFEIQ YRKDTATWKD SKTETLQNAH SMALPALEPS TRYWARVRVR TSRTGYNGIW SEWSEARSWD TESVLPMGGG GSTTAPSAQL EKELQALEKE NAQLEWELQA LEKELAQ

UniProtKB: Cytokine receptor common subunit beta

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分子 #3: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

分子名称: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DYKDDDDKPA RSPSPSTQPW EHVNAIQEAR RLLNLSRDTA AEMNETVEVI SEMFDLQEPT CLQTRLELYK QGLRGSLTKL KGPLTMMASH YKQHCPPTPE TSCATQIITF ESFKENLKDF LLVIPFDCWE PVQEGAAEDQ VDPRLIDGKH HHHHHHH

UniProtKB: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 388885
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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