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- EMDB-41356: Structure of the C. elegans TMC-2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41356
タイトルStructure of the C. elegans TMC-2 complex
マップデータStructure of the C. elegans TMC-2 complex
試料
  • 複合体: C. elegans TMC-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear expressed protein
  • リガンド: DOCOSANE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEXADECANE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードMechanosensory transduction Macromolecular complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


striated muscle dense body / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium ion homeostasis / calcium ion binding / magnesium ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transmembrane inner ear expressed protein / TMIE protein / TMC domain / Transmembrane channel-like protein / TMC domain / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane channel-like protein 2 / EF-hand domain-containing protein / Transmembrane inner ear
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Clark S / Jeong H / Goehring A / Posert R / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: The structure of the TMC-2 complex suggests roles of lipid-mediated subunit contacts in mechanosensory transduction.
著者: Sarah Clark / Hanbin Jeong / Rich Posert / April Goehring / Eric Gouaux /
要旨: Mechanotransduction is the process by which a mechanical force, such as touch, is converted into an electrical signal. Transmembrane channel-like (TMC) proteins are an evolutionarily conserved family ...Mechanotransduction is the process by which a mechanical force, such as touch, is converted into an electrical signal. Transmembrane channel-like (TMC) proteins are an evolutionarily conserved family of membrane proteins whose function has been linked to a variety of mechanosensory processes, including hearing and balance sensation in vertebrates and locomotion in . TMC1 and TMC2 are components of ion channel complexes, but the molecular features that tune these complexes to diverse mechanical stimuli are unknown. express two TMC homologs, TMC-1 and TMC-2, both of which are the likely pore-forming subunits of mechanosensitive ion channels but differ in their expression pattern and functional role in the worm. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of the native TMC-2 complex isolated from . The complex is composed of two copies of the pore-forming TMC-2 subunit, the calcium and integrin binding protein CALM-1 and the transmembrane inner ear protein TMIE. Comparison of the TMC-2 complex to the recently published cryo-EM structure of the TMC-1 complex highlights conserved protein-lipid interactions, as well as a π-helical structural motif in the pore-forming helices, that together suggest a mechanism for TMC-mediated mechanosensory transduction.
履歴
登録2023年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the C. elegans TMC-2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.95 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.24394153 - 0.53618604
平均 (標準偏差)0.0005113131 (±0.009068123)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 373.94998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map

ファイルemd_41356_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_41356_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_41356_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C. elegans TMC-2 complex

全体名称: C. elegans TMC-2 complex
要素
  • 複合体: C. elegans TMC-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear expressed protein
  • リガンド: DOCOSANE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEXADECANE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: C. elegans TMC-2 complex

超分子名称: C. elegans TMC-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Transmembrane channel-like protein 2

分子名称: Transmembrane channel-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 136.232609 KDa
組換発現生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MPKSGAHQPL VRHDTDDGGE TGQSVKSLAD VSEEEIDSRM SRRSSVIADL LSLFRRSSSV LVRPHTRLGN PNFDDDDDEF DEEDDKEAS KDRILKKIQQ KKEIIQKLRG QPWYMKRKRR TLKVAQKHLQ QQEAKVSKAR LYKAEAGRRL TQASRWLDNL K IYLIPWEA ...文字列:
MPKSGAHQPL VRHDTDDGGE TGQSVKSLAD VSEEEIDSRM SRRSSVIADL LSLFRRSSSV LVRPHTRLGN PNFDDDDDEF DEEDDKEAS KDRILKKIQQ KKEIIQKLRG QPWYMKRKRR TLKVAQKHLQ QQEAKVSKAR LYKAEAGRRL TQASRWLDNL K IYLIPWEA KIRKIESHFG SVVSSYFTFH RWVLGVNITI TFIMCMFVVI PEWLADSRTQ FGDDRYNKTK AIKVMPPAVR AR ADELSTV WDFGGYFQYS LLFYGFYSKE TFFGETIKYR VPVAYFFCNI FILGFSLFII LRKMAANNRR GTLSSGKTQQ YLF NWKAFT GWDYTIGNPE TAGNVYMANV IKFREAINDD KQKPSDKHPW IRFVARVLTN LFICAMYVFS IWAIMQCGTL KGEH FFAQN ATAITISLIT LVFPNIFDLL GKIEKLHPRN ALRFQLGRVL VLYILNYYTL IYSLMLQLEH LQKEKNASDN PISAL GHPG DAIGRTIRET VLPRYPVDNN PHTYYSYAPV TTTPIPATSS WTTVLPDFGP FGVYNPKASV TKDDTVFSSP VVETHM FGP NSDWNETTVN AASPTGATTR ASLRMSQGGL CWETIIGQEI TKLVTMDLYM TVASIFLIDF LRGLACRYLN LYWPWDL ER TFPEYGEFKV AENVLHLVNN QGMIWLGLFF VPLLPMLNNI KLIILMYIRG WAAMTCNVPA SQIFRASRSS NFFFALLI L FLFLCTLPVG FVIASKTPSK SCGPFGNQSF FYSVITDVLH ENLDKTLVNG IKYSLSPGII IPVLVLLSLV IYFLIAMVT GLSQANQDLS FQLMVERTEE KKKIFELAGG KKKKSKDNTF GKQKPKQLLP PPTKGVSSDD DSQHNRSTAK SVSGRQFVPS LGSVSEVDH STGEEQSSDS ESTTSSLPPK LSLRQRFLVC IGWADPNKYG RHDDIEMEEG GGRLRELSTG SETDSDDEDS E KSNRDMSY RTAIQSFDQN SQSASASSSK STTTAPSNSE MRIEITENPL HTYITPLRIE KKSSASSSSS SHQPSSSIEK QA ARRLLQP ISTTHNIRYG VATVENSSQD PTRPPSTDDS LGDPALHEPL WANLNPHSSY TSAMMSPIMN EVMSNDETTD DEK GRLIPD RPPIPHSPRE LKRLKREKDQ QSESGSKPST PRPPRFRISM SPPRKPPSEK NDSDSSNRKY EMRVEKSPKK PKKS DND

UniProtKB: Transmembrane channel-like protein 2

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分子 #2: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog

分子名称: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 23.568568 KDa
組換発現生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRIC EVFSEDGRGN LSFDDFLDMF SVFSEMAPLQ LKLKYAFRIY DYDGDELLGH DDLSKMIRSL TRDELSDVEV E FIIERIIE ...文字列:
MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRIC EVFSEDGRGN LSFDDFLDMF SVFSEMAPLQ LKLKYAFRIY DYDGDELLGH DDLSKMIRSL TRDELSDVEV E FIIERIIE EADLDGDSSI NFAEFEHVVS RSPDFIRTFH IRI

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

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分子 #3: Transmembrane inner ear expressed protein

分子名称: Transmembrane inner ear expressed protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 12.668813 KDa
組換発現生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MPSGNEEINH LSALDQFVAP GLRLWMLIAL VGGVLLIMIV IVCCFMRIRI PRTKRQIDLI AAKRKLRKST KNSAEANAHN DERAQAIVM NSMPSGGGGG APSTSSSRHT GSRIQSQV

UniProtKB: Transmembrane inner ear

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分子 #6: DOCOSANE

分子名称: DOCOSANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: TWT
分子量理論値: 310.601 Da
Chemical component information

ChemComp-TWT:
DOCOSANE / ドコサン

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分子 #7: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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分子 #8: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 22 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

+
分子 #9: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #11: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #12: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

濃度0.003 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.02% GDN
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Native TMC-2 complex, isolated from transgenic C. elegans.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7usw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207726
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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