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万見
- EMDB-41317: CryoET reconstruction of 48-nm repeat doublet microtubule from hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41317
タイトルCryoET reconstruction of 48-nm repeat doublet microtubule from human sperm
マップデータComposite map for the human dmt48nm combining register 1 and 2. (correct handiness)
試料
  • 複合体: Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA
キーワードMammalian sperm / axoneme / microtubule-based structure / microtubule inner protein / non-motor proteins / cellular motility / fertility / structural protein
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Chen Z / Shiozak M / Hass KM / Skinner W / Zhao S / Guo C / Polacco BJ / Yu Z / Krogan NJ / Kaake RM ...Chen Z / Shiozak M / Hass KM / Skinner W / Zhao S / Guo C / Polacco BJ / Yu Z / Krogan NJ / Kaake RM / Vale RD / Agard DA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118106 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118099 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: De novo protein identification in mammalian sperm using in situ cryoelectron tomography and AlphaFold2 docking.
著者: Zhen Chen / Momoko Shiozaki / Kelsey M Haas / Will M Skinner / Shumei Zhao / Caiying Guo / Benjamin J Polacco / Zhiheng Yu / Nevan J Krogan / Polina V Lishko / Robyn M Kaake / Ronald D Vale / David A Agard /
要旨: To understand the molecular mechanisms of cellular pathways, contemporary workflows typically require multiple techniques to identify proteins, track their localization, and determine their ...To understand the molecular mechanisms of cellular pathways, contemporary workflows typically require multiple techniques to identify proteins, track their localization, and determine their structures in vitro. Here, we combined cellular cryoelectron tomography (cryo-ET) and AlphaFold2 modeling to address these questions and understand how mammalian sperm are built in situ. Our cellular cryo-ET and subtomogram averaging provided 6.0-Å reconstructions of axonemal microtubule structures. The well-resolved tertiary structures allowed us to unbiasedly match sperm-specific densities with 21,615 AlphaFold2-predicted protein models of the mouse proteome. We identified Tektin 5, CCDC105, and SPACA9 as novel microtubule-associated proteins. These proteins form an extensive interaction network crosslinking the lumen of axonemal doublet microtubules, suggesting their roles in modulating the mechanical properties of the filaments. Indeed, Tekt5 -/- sperm possess more deformed flagella with 180° bends. Together, our studies presented a cellular visual proteomics workflow and shed light on the in vivo functions of Tektin 5.
履歴
登録2023年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41317.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 80.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map for the human dmt48nm combining register 1 and 2. (correct handiness)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.65 Å/pix.
x 276 pix.
= 731.4 Å		2.65 Å/pix.
x 276 pix.
= 731.4 Å		2.65 Å/pix.
x 276 pix.
= 731.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0045
最小 - 最大-0.006505797 - 0.012322627
平均 (標準偏差)0.00040487363 (±0.0014558171)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ276276276
Spacing276276276
セルA=B=C: 731.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41317_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Mask for the register 2 of dmt48 (correct handiness)

ファイルemd_41317_additional_1.map
注釈Mask for the register 2 of dmt48 (correct handiness)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map1 for the register 2 of dmt48 (correct handiness)

ファイルemd_41317_additional_2.map
注釈Half map1 for the register 2 of dmt48 (correct handiness)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map2 for the register 2 of dmt48 (correct handiness)

ファイルemd_41317_additional_3.map
注釈Half map2 for the register 2 of dmt48 (correct handiness)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1 for the register 1 of dmt48 (correct handiness)

ファイルemd_41317_half_map_1.map
注釈Half map1 for the register 1 of dmt48 (correct handiness)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map2 for the register 1 of dmt48 (correct handiness)

ファイルemd_41317_half_map_2.map
注釈Half map2 for the register 1 of dmt48 (correct handiness)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA

全体名称: Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA
要素
  • 複合体: Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA

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超分子 #1: Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA

超分子名称: Microtubule doublets from mouse sperm flagella treated by EHNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57Bl/6J
分子量理論値: 30 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta2) / 使用したサブトモグラム数: 11358
抽出トモグラム数: 50 / 使用した粒子像数: 11358
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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