[日本語] English
万見
- EMDB-41280: Non-targeted transpososome from ShCAST -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41280
タイトルNon-targeted transpososome from ShCAST
マップデータcomposite map of focused refinements
試料
  • 複合体: Non-targeted transpososome from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TnsB from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TnsC from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TniQ from ShCAST
キーワードCAST / transposase / AAA+ ATPase / AAA+ / CRISPR / Cas / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
生物種[Scytonema hofmanni] UTEX 2349 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.11 Å
データ登録者Park J / Kellogg EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00-GM124463 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Mechanism of target site selection by type V-K CRISPR-associated transposases.
著者: Jerrin Thomas George / Christopher Acree / Jung-Un Park / Muwen Kong / Tanner Wiegand / Yanis Luca Pignot / Elizabeth H Kellogg / Eric C Greene / Samuel H Sternberg /
要旨: CRISPR-associated transposases (CASTs) repurpose nuclease-deficient CRISPR effectors to catalyze RNA-guided transposition of large genetic payloads. Type V-K CASTs offer potential technology ...CRISPR-associated transposases (CASTs) repurpose nuclease-deficient CRISPR effectors to catalyze RNA-guided transposition of large genetic payloads. Type V-K CASTs offer potential technology advantages but lack accuracy, and the molecular basis for this drawback has remained elusive. Here, we reveal that type V-K CASTs maintain an RNA-independent, "untargeted" transposition pathway alongside RNA-dependent integration, driven by the local availability of TnsC filaments. Using cryo-electron microscopy, single-molecule experiments, and high-throughput sequencing, we found that a minimal, CRISPR-less transpososome preferentially directs untargeted integration at AT-rich sites, with additional local specificity imparted by TnsB. By exploiting this knowledge, we suppressed untargeted transposition and increased type V-K CAST specificity up to 98.1% in cells without compromising on-target integration efficiency. These findings will inform further engineering of CAST systems for accurate, kilobase-scale genome engineering applications.
履歴
登録2023年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_41280.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map of focused refinements
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-0.25970194 - 5.675871
平均 (標準偏差)0.013970158 (±0.12413385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 478.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Local-resolution filtered consensus map

ファイルemd_41280_additional_1.map
注釈Local-resolution filtered consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local-resolution filtered map from focused refinement of TnsC-TniQ...

ファイルemd_41280_additional_2.map
注釈Local-resolution filtered map from focused refinement of TnsC-TniQ region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local-resolution filtered map from focused refinement of TnsB region

ファイルemd_41280_additional_3.map
注釈Local-resolution filtered map from focused refinement of TnsB region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Non-targeted transpososome from ShCAST

全体名称: Non-targeted transpososome from ShCAST
要素
  • 複合体: Non-targeted transpososome from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TnsB from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TnsC from ShCAST
    • タンパク質・ペプチド: TniQ from ShCAST

-
超分子 #1: Non-targeted transpososome from ShCAST

超分子名称: Non-targeted transpososome from ShCAST / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: [Scytonema hofmanni] UTEX 2349 (バクテリア)
分子量理論値: 400 KDa

-
分子 #1: TnsB from ShCAST

分子名称: TnsB from ShCAST / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: [Scytonema hofmanni] UTEX 2349 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WENFITKTYK EGNKGSKRMT PKQVALRVEA KARELKDSKP PNYKTVLRVL APILEKQQKA ...文字列:
MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WENFITKTYK EGNKGSKRMT PKQVALRVEA KARELKDSKP PNYKTVLRVL APILEKQQKA KSIRSPGWRG TTLSVKTREG KDLSVDYSNH VWQCDHTRVD VLLVDQHGEI LSRPWLTTVI DTYSRCIMGI NLGFDAPSSG VVALALRHAI LPKRYGSEYK LHCEWGTYGK PEHFYTDGGK DFRSNHLSQI GAQLGFVCHL RDRPSEGGVV ERPFKTLNDQ LFSTLPGYTG SNVQERPEDA EKDARLTLRE LEQLLVRYIV DRYNQSIDAR MGDQTRFERW EAGLPTVPVP IPERDLDICL MKQSRRTVQR GGCLQFQNLM YRGEYLAGYA GETVNLRFDP RDITTILVYR QENNQEVFLT RAHAQGLETE QLALDEAEAA SRRLRTAGKT ISNQSLLQEV VDRDALVATK KSRKERQKLE QTVLRSAAVD ESNRESLPSQ IVEPDEVEST ETVHSQYEDI EVWDYEQLRE EYGF

-
分子 #2: TnsC from ShCAST

分子名称: TnsC from ShCAST / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: [Scytonema hofmanni] UTEX 2349 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTVP VVYIRPHQKC GPKDLFKKIT EYLKYRVTKG TVSDFRDRTI EVLKGCGVEM LIIDEADRLK PETFADVRDI AEDLGIAVVL ...文字列:
MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTVP VVYIRPHQKC GPKDLFKKIT EYLKYRVTKG TVSDFRDRTI EVLKGCGVEM LIIDEADRLK PETFADVRDI AEDLGIAVVL VGTDRLDAVI KRDEQVLERF RAHLRFGKLS GEDFKNTVEM WEQMVLKLPV SSNLKSKEML RILTSATEGY IGRLDEILRE AAIRSLSRGL KKIDKAVLQE VAKEYK

-
分子 #3: TniQ from ShCAST

分子名称: TniQ from ShCAST / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: [Scytonema hofmanni] UTEX 2349 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MIEAPDVKPW LFLIKPYEGE SLSHFLGRFR RANHLSASGL GTLAGIGAIV ARWERFHFNP RPSQQELEAI ASVVEVDAQR LAQMLPPAGV GMQHEPIRLC GACYAESPCH RIEWQYKSVW KCDRHQLKIL AKCPNCQAPF KMPALWEDGC CHRCRMPFAE MAKLQKV

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
2.0 mMC10H16N5O13P3Adenosine triphosphate
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
2.0 %C3H8O3Glycerol

詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM DTT, 2 mM ATP, and 10 mM MgCl2 and 2% glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3081 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 63000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / 使用した粒子像数: 13392
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 20000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る