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- EMDB-41267: Cryo-EM structure of A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41267
タイトルCryo-EM structure of A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gq-protein
マップデータ
試料
  • 複合体: A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gq-protein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Single fab chain (scFv16)
    • タンパク質・ペプチド: Endolysin,Alpha-1A adrenergic receptor
  • リガンド: N-[(5S)-5-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-2-hydroxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-yl]methanesulfonamide
キーワードAlpha-1A-adrenergic receptor / A61603 / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway ...negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of action potential / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / PLC beta mediated events / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / entrainment of circadian clock / regulation of platelet activation / positive regulation of smooth muscle contraction / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of synaptic transmission / adult heart development / Adrenoceptors / regulation of canonical Wnt signaling pathway / glutamate receptor signaling pathway / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / neuronal dense core vesicle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of calcium ion transport / phototransduction, visible light / postsynaptic cytosol / PKA activation in glucagon signalling / smooth muscle contraction / hair follicle placode formation / photoreceptor outer segment / developmental growth / neuropeptide signaling pathway / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / viral release from host cell by cytolysis / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / enzyme regulator activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to prostaglandin E / response to hormone / positive regulation of vasoconstriction / response to nutrient / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / negative regulation of autophagy / GTPase activator activity / adenylate cyclase activator activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of superoxide anion generation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / trans-Golgi network membrane / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / Regulation of insulin secretion / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / bone development / caveola / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / cognition / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha 1A adrenoceptor / G-protein alpha subunit, group Q / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily ...Alpha 1A adrenoceptor / G-protein alpha subunit, group Q / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Alpha-1A adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Su M / Huang XY
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138676 米国
American Heart Association23CDA1049353 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of agonist specificity of α-adrenergic receptor.
著者: Minfei Su / Jinan Wang / Guoqing Xiang / Hung Nguyen Do / Joshua Levitz / Yinglong Miao / Xin-Yun Huang /
要旨: α-adrenergic receptors (α-ARs) play critical roles in the cardiovascular and nervous systems where they regulate blood pressure, cognition, and metabolism. However, the lack of specific agonists ...α-adrenergic receptors (α-ARs) play critical roles in the cardiovascular and nervous systems where they regulate blood pressure, cognition, and metabolism. However, the lack of specific agonists for all α subtypes has limited our understanding of the physiological roles of different α-AR subtypes, and led to the stagnancy in agonist-based drug development for these receptors. Here we report cryo-EM structures of α-AR in complex with heterotrimeric G-proteins and either the endogenous common agonist epinephrine or the α-AR-specific synthetic agonist A61603. These structures provide molecular insights into the mechanisms underlying the discrimination between α-AR and α-AR by A61603. Guided by the structures and corresponding molecular dynamics simulations, we engineer α-AR mutants that are not responsive to A61603, and α-AR mutants that can be potently activated by A61603. Together, these findings advance our understanding of the agonist specificity for α-ARs at the molecular level, opening the possibility of rational design of subtype-specific agonists.
履歴
登録2023年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
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= 273.92 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-32.950164999999998 - 64.932940000000002
平均 (標準偏差)-0.003209108 (±1.0803775)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Receptor and Ga focused map

ファイルemd_41267_additional_1.map
注釈Receptor and Ga focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41267_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41267_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterot...

全体名称: A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gq-protein
要素
  • 複合体: A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gq-protein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Single fab chain (scFv16)
    • タンパク質・ペプチド: Endolysin,Alpha-1A adrenergic receptor
  • リガンド: N-[(5S)-5-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-2-hydroxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-yl]methanesulfonamide

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超分子 #1: A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterot...

超分子名称: A61603-bound alpha-1A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gq-protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine n...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.084832 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列:
MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRKEFV DISTASGDGR HICYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.418086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Single fab chain (scFv16)

分子名称: Single fab chain (scFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.668922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAALEVLFQ GPHHHHHHHH

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分子 #5: Endolysin,Alpha-1A adrenergic receptor

分子名称: Endolysin,Alpha-1A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.485246 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKNIFEML RIDEGLRLKI YKDTEGYYTI GIGHLLTKSP SLNAAKSELD KAIGRNTNGV ITKDEAEKL FNQDVDAAVR GILRNAKLKP VYDSLDAVRR AALINMVFQM GETGVAGFTN SLRMLQQKRW DEAAVNLAKS R WYNQTPNR ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKNIFEML RIDEGLRLKI YKDTEGYYTI GIGHLLTKSP SLNAAKSELD KAIGRNTNGV ITKDEAEKL FNQDVDAAVR GILRNAKLKP VYDSLDAVRR AALINMVFQM GETGVAGFTN SLRMLQQKRW DEAAVNLAKS R WYNQTPNR AKRVITTFRT GTWDAYAAAT QPPAPVNISK AILLGVILGG LILFGVLGNI LVILSVACHR HLHSVTHYYI VN LAVADLL LTSTVLPFSA IFEVLGYWAF GRVFCNIWAA VDVLCCTASI MGLCIISIDR YIGVSYPLRY PTIVTQRRGL MAL LCVWAL SLVISIGPLF GWRQPAPEDE TICQINEEPG YVLFSALGSF YLPLAIILVM YCRVYVVAKR ESRGLKSGLK TDKS HFSVR LLKFSREKKA AKTLGIVVGC FVLCWLPFFL VMPIGSFFPD FKPSETVFKI VFWLGYLNSC INPIIYPCSS QEFKK AFQN VLRIQCLCRK QASLEVLFQ

UniProtKB: Endolysin, Alpha-1A adrenergic receptor

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分子 #6: N-[(5S)-5-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-2-hydroxy-5,6,7,8-tetrah...

分子名称: N-[(5S)-5-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-2-hydroxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-yl]methanesulfonamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CGZ
分子量理論値: 309.384 Da
Chemical component information

ChemComp-CGZ:
N-[(5S)-5-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-2-hydroxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-yl]methanesulfonamide / N-[[(5S)-5β-[(4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾ-ル)-2-イル]-2-ヒドロキシ-5,6,7,8-テトラ(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wha

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 360489
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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