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万見
- EMDB-41223: Cryo-electron tomography reconstruction of 80S ribosome in non-ro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41223
タイトルCryo-electron tomography reconstruction of 80S ribosome in non-rotated state class 1, obtained from the EMPIAR-10987 dataset by constrained 3D classification.
マップデータ
試料
  • 複合体: 80S ribosome in non-rotated state class 1
キーワードribosome / 80S / non-rotated / cryo-ET
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.4 Å
データ登録者Zhou Y / Liu HF / Bartesaghi A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141223 米国
Chan Zuckerberg InitiativeVisual Proteomics Imaging 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: nextPYP: a comprehensive and scalable platform for characterizing protein variability in situ using single-particle cryo-electron tomography.
著者: Hsuan-Fu Liu / Ye Zhou / Qinwen Huang / Jonathan Piland / Weisheng Jin / Justin Mandel / Xiaochen Du / Jeffrey Martin / Alberto Bartesaghi /
要旨: Single-particle cryo-electron tomography is an emerging technique capable of determining the structure of proteins imaged within the native context of cells at molecular resolution. While high- ...Single-particle cryo-electron tomography is an emerging technique capable of determining the structure of proteins imaged within the native context of cells at molecular resolution. While high-throughput techniques for sample preparation and tilt-series acquisition are beginning to provide sufficient data to allow structural studies of proteins at physiological concentrations, the complex data analysis pipeline and the demanding storage and computational requirements pose major barriers for the development and broader adoption of this technology. Here, we present a scalable, end-to-end framework for single-particle cryo-electron tomography data analysis from on-the-fly pre-processing of tilt series to high-resolution refinement and classification, which allows efficient analysis and visualization of datasets with hundreds of tilt series and hundreds of thousands of particles. We validate our approach using in vitro and cellular datasets, demonstrating its effectiveness at achieving high-resolution and revealing conformational heterogeneity in situ. The framework is made available through an intuitive and easy-to-use computer application, nextPYP ( http://nextpyp.app ).
履歴
登録2023年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41223.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.28 Å/pix.
x 170 pix.
= 557.6 Å		3.28 Å/pix.
x 170 pix.
= 557.6 Å		3.28 Å/pix.
x 170 pix.
= 557.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.52
最小 - 最大-2.461477 - 6.0949492
平均 (標準偏差)0.01925565 (±0.607024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 557.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41223_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41223_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_41223_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome in non-rotated state class 1

全体名称: 80S ribosome in non-rotated state class 1
要素
  • 複合体: 80S ribosome in non-rotated state class 1

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超分子 #1: 80S ribosome in non-rotated state class 1

超分子名称: 80S ribosome in non-rotated state class 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1014
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 16158
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る