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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41217 | |||||||||
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タイトル | Wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in Apo state | |||||||||
マップデータ | TRPV5 apo | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRPV5 / TRP channel / Apo / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding ...regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | De Jesus-Perez JJ / Fluck EC / Moiseenkova-Bell VY | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural mechanism of TRPV5 inhibition by econazole. 著者: José J De Jesús-Pérez / Matthew Gabrielle / Sumiyya Raheem / Edwin C Fluck / Tibor Rohacs / Vera Y Moiseenkova-Bell / 要旨: The calcium-selective TRPV5 channel activated by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate [PI(4,5)P] is involved in calcium homeostasis. Recently, cryoelectron microscopy (cryo-EM) provided molecular ...The calcium-selective TRPV5 channel activated by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate [PI(4,5)P] is involved in calcium homeostasis. Recently, cryoelectron microscopy (cryo-EM) provided molecular details of TRPV5 modulation by exogenous and endogenous molecules. However, the details of TRPV5 inhibition by the antifungal agent econazole (ECN) remain elusive due to the low resolution of the currently available structure. In this study, we employ cryo-EM to comprehensively examine how the ECN inhibits TRPV5. By combining our structural findings with site-directed mutagenesis, calcium measurements, electrophysiology, and molecular dynamics simulations, we determined that residues F472 and L475 on the S4 helix, along with residue W495 on the S5 helix, collectively constitute the ECN-binding site. Additionally, the structure of TRPV5 in the presence of ECN and PI(4,5)P, which does not show the bound activator, reveals a potential inhibition mechanism in which ECN competes with PI(4,5)P, preventing the latter from binding, and ultimately pore closure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41217.map.gz | 85.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41217-v30.xml emd-41217.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41217.png | 150 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41217.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_41217_half_map_1.map.gz emd_41217_half_map_2.map.gz | 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41217 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41217 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41217_validation.pdf.gz | 1014.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41217_full_validation.pdf.gz | 1014.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41217_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41217_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41217 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41217 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | TRPV5 apo | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: TRPV5 apo half1
ファイル | emd_41217_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TRPV5 apo half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TRPV5 apo half2
ファイル | emd_41217_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | TRPV5 apo half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetramer of wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in apo state
全体 | 名称: Tetramer of wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in apo state |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetramer of wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in apo state
超分子 | 名称: Tetramer of wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in apo state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 335.14 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 83.784586 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS ...文字列: MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS FAACVGSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDEHSDH LQSLELVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHVQ WTCGPLTSTL YDLTEIDSWG EELSFLELVV SSKKREARQI LEQTPVKELV SFK WKKYGR PYFCVLASLY ILYMICFTTC CIYRPLKLRD DNRTDPRDIT ILQQKLLQEA YVTHQDNIRL VGELVTVTGA VIIL LLEIP DIFRVGASRY FGQTILGGPF HVIIITYASL VLLTMVMRLT NMNGEVVPLS FALVLGWCSV MYFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFHITFQT EDPNNLGEFS DYPTALFSTF ELFLTIIDGP ANYSVDLPFM YCITYA AFA IIATLLMLNL FIAMMGDTHW RVAQERDELW RAQVVATTVM LERKMPRFLW PRSGICGYEY GLGDRWFLRV ENHHDQN PL RVLRYVEAFK CSDKEDGQEQ LSEKRPSTVE SGMLSRASVA FQTPSLSRTT SQSSNSHRGW EILRRNTLGH LNLGLDLG E GDGEEVYHFT ETSQVAPA UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 |
-分子 #2: ERGOSTEROL
分子 | 名称: ERGOSTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ERG |
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分子量 | 理論値: 396.648 Da |
Chemical component information | ChemComp-ERG: |
-分子 #3: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: CPL |
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分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6049 / 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |