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万見
- EMDB-41169: GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41169
タイトルGMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
マップデータGaussian smoothed map of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
試料
  • 複合体: GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090.
    • 複合体: GMPCPP-microtubule
      • タンパク質・ペプチド: alpha-tubulin
      • タンパク質・ペプチド: beta-tubulin
    • 複合体: Abl2-557-1090
      • タンパク質・ペプチド: Abl2 C-terminals (557-1090)
キーワードMicrotubule / Abl2 / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidoreductase activity / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / regulation of cell motility / exploration behavior / negative regulation of Rho protein signal transduction / regulation of endocytosis / actin monomer binding / positive regulation of T cell migration / RAC3 GTPase cycle / regulation of cell adhesion ...positive regulation of oxidoreductase activity / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / regulation of cell motility / exploration behavior / negative regulation of Rho protein signal transduction / regulation of endocytosis / actin monomer binding / positive regulation of T cell migration / RAC3 GTPase cycle / regulation of cell adhesion / : / cellular response to retinoic acid / Negative regulation of FLT3 / positive regulation of establishment of T cell polarity / RAC1 GTPase cycle / phosphotyrosine residue binding / regulation of autophagy / regulation of actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein modification process / epidermal growth factor receptor signaling pathway / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / peptidyl-tyrosine phosphorylation / actin filament binding / actin cytoskeleton / mitotic cell cycle / manganese ion binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein tyrosine kinase activity / microtubule / cell adhesion / hydrolase activity / protein kinase activity / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Tyrosine-protein kinase ABL2
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Lyu W / Duan D / Chai P
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS112121 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH115939 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105640 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R56MH122449 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142959 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD023603 米国
引用ジャーナル: Curr Biol / 年: 2023
タイトル: Abl2 repairs microtubules and phase separates with tubulin to promote microtubule nucleation.
著者: Daisy Duan / Wanqing Lyu / Pengxin Chai / Shaojie Ma / Kuanlin Wu / Chunxiang Wu / Yong Xiong / Nenad Sestan / Kai Zhang / Anthony J Koleske /
要旨: Abl family kinases are evolutionarily conserved regulators of cell migration and morphogenesis. Genetic experiments in Drosophila suggest that Abl family kinases interact functionally with ...Abl family kinases are evolutionarily conserved regulators of cell migration and morphogenesis. Genetic experiments in Drosophila suggest that Abl family kinases interact functionally with microtubules to regulate axon guidance and neuronal morphogenesis. Vertebrate Abl2 binds to microtubules and promotes their plus-end elongation, both in vitro and in cells, but the molecular mechanisms by which Abl2 regulates microtubule (MT) dynamics are unclear. We report here that Abl2 regulates MT assembly via condensation and direct interactions with both the MT lattice and tubulin dimers. We find that Abl2 promotes MT nucleation, which is further facilitated by the ability of the Abl2 C-terminal half to undergo liquid-liquid phase separation (LLPS) and form co-condensates with tubulin. Abl2 binds to regions adjacent to MT damage, facilitates MT repair via fresh tubulin recruitment, and increases MT rescue frequency and lifetime. Cryo-EM analyses strongly support a model in which Abl2 engages tubulin C-terminal tails along an extended MT lattice conformation at damage sites to facilitate repair via fresh tubulin recruitment. Abl2Δ688-790, which closely mimics a naturally occurring splice isoform, retains binding to the MT lattice but does not bind tubulin, promote MT nucleation, or increase rescue frequency. In COS-7 cells, MT reassembly after nocodazole treatment is greatly slowed in Abl2 knockout COS-7 cells compared with wild-type cells, and these defects are rescued by re-expression of Abl2, but not Abl2Δ688-790. We propose that Abl2 locally concentrates tubulin to promote MT nucleation and recruits it to defects in the MT lattice to enable repair and rescue.
履歴
登録2023年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41169.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gaussian smoothed map of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6256 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.16605136 - 0.44604802
平均 (標準偏差)0.0025302658 (±0.059693385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 585.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41169_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Original map of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090

ファイルemd_41169_additional_1.map
注釈Original map of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090

ファイルemd_41169_half_map_1.map
注釈Half map B of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090

ファイルemd_41169_half_map_2.map
注釈Half map A of GMPCPP-microtubule decorated with Abl2-557-1090
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090.

全体名称: GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090.
要素
  • 複合体: GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090.
    • 複合体: GMPCPP-microtubule
      • タンパク質・ペプチド: alpha-tubulin
      • タンパク質・ペプチド: beta-tubulin
    • 複合体: Abl2-557-1090
      • タンパク質・ペプチド: Abl2 C-terminals (557-1090)

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超分子 #1: GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090.

超分子名称: GMPCPP-microtubules decorated with Abl2-557-1090. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 0.5 kDa/nm

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超分子 #2: GMPCPP-microtubule

超分子名称: GMPCPP-microtubule / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain

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超分子 #3: Abl2-557-1090

超分子名称: Abl2-557-1090 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: alpha-tubulin

分子名称: alpha-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFSVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFSVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE FSIYPAPQVS TA VVEPYNS ILTTHTTLEH SDCAFMVDNE AIYDICRRNL DIERPTYTNL NRLIGQIVSS ITA SLRFDG ALNVDLTEFQ TNLVPYPRAH FPLATYAPVI SAEKAYHEQL SVAEITNACF EPAN QMVKC DPRHGKYMAC CLLYRGDVVP KDVNAAIATI KTKRTIQFVD WCPTGFKVGI NYEPP TVVP GGDLAKVQRA VCMLSNTTAI AEAWARLDHK FDLMYAKRAF VHWYVGEGME EGEFSE ARE DMAALEKDYE EVGVDSVEGE GEEEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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分子 #2: beta-tubulin

分子名称: beta-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKESESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKESESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS VVPSPKVSDT VV EPYNATL SVHQLVENTD ETYCIDNEAL YDICFRTLKL TTPTYGDLNH LVSATMSGVT TCL RFPGQL NADLRKLAVN MVPFPRLHFF MPGFAPLTSR GSQQYRALTV PELTQQMFDA KNMM AACDP RHGRYLTVAA VFRGRMSMKE VDEQMLNVQN KNSSYFVEWI PNNVKTAVCD IPPRG LKMS ATFIGNSTAI QELFKRISEQ FTAMFRRKAF LHWYTGEGMD EMEFTEAESN MNDLVS EYQ QYQDATADEQ GEFEEEGEED EA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Abl2 C-terminals (557-1090)

分子名称: Abl2 C-terminals (557-1090) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGQQVGRVGE APGLQQPQPR GIRGSSAARP SGRRRDPAGR TTETGFNIFT QHDHFASCVE DGFEGDKTG GSSPEALHRP YGCDVEPQAL NEAIRWSSKE NLLGATESDP NLFVALYDFV A SGDNTLSI TKGEKLRVLG YNQNGEWSEV RSKNGQGWVP SNYITPVNSL ...文字列:
MGQQVGRVGE APGLQQPQPR GIRGSSAARP SGRRRDPAGR TTETGFNIFT QHDHFASCVE DGFEGDKTG GSSPEALHRP YGCDVEPQAL NEAIRWSSKE NLLGATESDP NLFVALYDFV A SGDNTLSI TKGEKLRVLG YNQNGEWSEV RSKNGQGWVP SNYITPVNSL EKHSWYHGPV SR SAAEYLL SSLINGSFLV RESESSPGQL SISLRYEGRV YHYRINTTAD GKVYVTAESR FST LAELVH HHSTVADGLV TTLHYPAPKC NKPTVYGVSP IHDKWEMERT DITMKHKLGG GQYG EVYVG VWKKYSLTVA VKTLKEDTME VEEFLKEAAV MKEIKHPNLV QLLGVCTLEP PFYIV TEYM PYGNLLDYLR ECNREEVTAV VLLYMATQIS SAMEYLEKKN FIHRDLAARN CLVGEN HVV KVADFGLSRL MTGDTYTAHA GAKFPIKWTA PESLAYNTFS IKSDVWAFGV LLWEIAT YG MSPYPGIDLS QVYDLLEKGY RMEQPEGCPP KVYELMRACW KWSPADRPSF AETHQAFE T MFHDSSISEE VAEELGRAAS SSSVVPYLPR LPILPSKTRT LKKQVENKEN IEGAQDATE NSASSLAPGF IRGAQASSGS PALPRKQRDK SPSSLLEDAK ETCFTRDRKG GFFSSFMKKR NAPTPPKRS SSFREMENQP HKKYELTGNF SSVASLQHAD GFSFTPAQQE ANLVPPKCYG G SFAQRNLC NDDGGGGGGS GTAGGGWSGI TGFFTPRLIK KTLGLRAGKP TASDDTSKPF PR SNSTSSM SSGLPEQDRM AMTLPRNCQR SKLQLERTVS TSSQPEENVD RANDMLPKKS EES AAPSRE RPKAKLLPRG ATALPLRTPS GDLAITEKDP PGVGVAGVAA APKGKEKNGG ARLG MAGVP EDGEQPGWPS PAKAAPVLPT THNHKVPVLI SPTLKHTPAD VQLIGTDSQG NKFKL LSEH QVTSSGDKDR PRRVKPKCAP PPPPVMRLLQ HPSICSDPTE EPTALTAGQS TSETQE GGK KAALGAVPIS GKAGRPVMPP PQVPLPTSSI SPAKMANGTA GTKVALRKTK QAAEKIS AD KISKEALLEC ADLLSSALTE PVPNSQLVDT GHQLLDYCSG YVDCIPQTRN KFAFREAV S KLELSLQELQ VSSAAAGVPG TNPVLNNLLS CVQEISDVVQ R

UniProtKB: Tyrosine-protein kinase ABL2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80 mM PIPES, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM GMPCPP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 84826
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る