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万見
- EMDB-41133: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus VP39 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41133
タイトルAutographa californica multiple nucleopolyhedrovirus VP39
マップデータ
試料
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major viral capsid protein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードnucleocapsid protein VP39 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / viral capsid / structural molecule activity / Major viral capsid protein
機能・相同性情報
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Benning FMC / Chao LH
資金援助 米国, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM142553 米国
Swiss National Science FoundationP180777 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130289 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Helical reconstruction of VP39 reveals principles for baculovirus nucleocapsid assembly.
著者: Friederike M C Benning / Simon Jenni / Coby Y Garcia / Tran H Nguyen / Xuewu Zhang / Luke H Chao /
要旨: Baculoviruses are insect-infecting pathogens with wide applications as biological pesticides, in vitro protein production vehicles and gene therapy tools. Its cylindrical nucleocapsid, which ...Baculoviruses are insect-infecting pathogens with wide applications as biological pesticides, in vitro protein production vehicles and gene therapy tools. Its cylindrical nucleocapsid, which encapsulates and protects the circular double-stranded viral DNA encoding proteins for viral replication and entry, is formed by the highly conserved major capsid protein VP39. The mechanism for VP39 assembly remains unknown. We use electron cryomicroscopy to determine a 3.2 Å helical reconstruction of an infectious nucleocapsid of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus, revealing how dimers of VP39 assemble into a 14-stranded helical tube. We show that VP39 comprises a distinct protein fold conserved across baculoviruses, which includes a Zinc finger domain and a stabilizing intra-dimer sling. Analysis of sample polymorphism shows that VP39 assembles in several closely-related helical geometries. This VP39 reconstruction reveals general principles for baculoviral nucleocapsid assembly.
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 213 pix.
= 175.725 Å		0.83 Å/pix.
x 276 pix.
= 227.7 Å		0.83 Å/pix.
x 104 pix.
= 85.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.041606452 - 0.059107758
平均 (標準偏差)0.0005354302 (±0.0070146937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin4412573
サイズ276104213
Spacing104276213
セルA: 85.799995 Å / B: 227.69998 Å / C: 175.72499 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41133_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41133_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

全体名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major viral capsid protein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

超分子名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 307456
生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Major viral capsid protein

分子名称: Major viral capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 35.793422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QMRVNRCIFA SIVSFDACIT YKSPCSPDAY HDDGWFICNN HLIKRFKMSK MVLPIFDEDD NQFKMTIARH LVGNKERGIK RILIPSATN YQDVFNLNSM MQAEQLIFHL IYNNENAVNT ICDNLKYTEG FTSNTQRVIH SVYATTKSIL DTTNPNTFCS R VSRDELRF ...文字列:
QMRVNRCIFA SIVSFDACIT YKSPCSPDAY HDDGWFICNN HLIKRFKMSK MVLPIFDEDD NQFKMTIARH LVGNKERGIK RILIPSATN YQDVFNLNSM MQAEQLIFHL IYNNENAVNT ICDNLKYTEG FTSNTQRVIH SVYATTKSIL DTTNPNTFCS R VSRDELRF FDVTNARALR GGAGDQLFNN YSGFLQNLIR RAVAPEYLQI DTEELRFRNC ATCIIDETGL VASVPDGPEL YN PIRSSDI MRSQPNRLQI RNVLKFEGDT RELDRTLSGY EEYPTYVPLF LGYQIINSEN NFLRNDFIPR ANP

UniProtKB: Major viral capsid protein

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: -1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 43.86 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -7.16 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D14 (2回x14回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4983
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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