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万見
- EMDB-41059: Cryo-EM structure of RNA device 43, holo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41059
タイトルCryo-EM structure of RNA device 43, holo state
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycline-binding aptamer
    • RNA: RNA Device 43
  • リガンド: TETRACYCLINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードRNA device / RNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Stagno JR / Deme JC / Lee Y-T / Wang Y-X / Lea SM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of RNA device 43 full-length, holo state
著者: Stagno JR / Deme JC / Lee Y-T / Wang Y-X / Lea SM
履歴
登録2023年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 304.92 Å		0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 304.92 Å		0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 304.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.693 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.291
最小 - 最大-0.57048637 - 1.5577517
平均 (標準偏差)-0.00022092096 (±0.01477115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 304.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41059_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: B-factor sharpened, global

ファイルemd_41059_additional_1.map
注釈B-factor sharpened, global
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: deepEMhancer postprocessed

ファイルemd_41059_additional_2.map
注釈deepEMhancer postprocessed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_41059_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_41059_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycl...

全体名称: Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycline-binding aptamer
要素
  • 複合体: Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycline-binding aptamer
    • RNA: RNA Device 43
  • リガンド: TETRACYCLINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycl...

超分子名称: Synthetic RNA device containing hammerhead ribozyme and tetracycline-binding aptamer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 40.229 KDa

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分子 #1: RNA Device 43

分子名称: RNA Device 43 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 40.005895 KDa
配列文字列:
GUGAGGUGCA GGUACAUCCA GCUGAUGAGU CCCAAAUAGG ACAAAAAGGG AGAGGUGAAG AAUACGACCA CCUAGGCUCG AAAGAGCCU AAAACAUACC UUUCCUGGAU UCCACUGCUA UCCAC

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分子 #2: TETRACYCLINE

分子名称: TETRACYCLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: TAC
分子量理論値: 444.435 Da
Chemical component information

ChemComp-TAC:
TETRACYCLINE / テトラサイクリン / 薬剤, 抗生剤*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 15 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度名称
10.0 mMBis-Tris
100.0 mMpotassium chloride
1.0 mMmagnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 30 s, 30 mA on both sides
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 284 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細in vitro transcribed RNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 369486
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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