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- EMDB-41056: Local refinement map (1/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41056
タイトルLocal refinement map (1/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
マップデータLocal refinement map (1/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
試料
  • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
キーワードAutophagy / Lipid kinase / Complex / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Chen M / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex.
著者: Minghao Chen / Thanh N Nguyen / Xuefeng Ren / Grace Khuu / Annan S I Cook / Yuanchang Zhao / Ahmet Yildiz / Michael Lazarou / James H Hurley /
要旨: The Unc-51-like kinase protein kinase complex (ULK1C) is the most upstream and central player in the initiation of macroautophagy in mammals. Here, we determined the cryo-electron microscopy ...The Unc-51-like kinase protein kinase complex (ULK1C) is the most upstream and central player in the initiation of macroautophagy in mammals. Here, we determined the cryo-electron microscopy structure of the human ULK1C core at amino-acid-level resolution. We also determined a moderate-resolution structure of the ULK1C core in complex with another autophagy core complex, the class III phosphatidylinositol 3-OH kinase complex I (PI3KC3-C1). We show that the two complexes coassemble through extensive contacts between the FIP200 scaffold subunit of ULK1C and the VPS15, ATG14 and BECN1 subunits of PI3KC3-C1. The FIP200:ATG13:ULK1 core of ULK1C undergoes a rearrangement from 2:1:1 to 2:2:2 stoichiometry in the presence of PI3KC3-C1. This suggests a structural mechanism for the initiation of autophagy through formation of a ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex and dimerization of ULK1 on the FIP200 scaffold.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen M / Ren X / Cook A / Hurley JH
履歴
登録2023年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41056.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map (1/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 401.4 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 401.4 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 401.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.1963131 - 2.337667
平均 (標準偏差)-0.0002075661 (±0.023898743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 401.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: The according half map (1/2)

ファイルemd_41056_half_map_1.map
注釈The according half map (1/2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The according half map (2/2)

ファイルemd_41056_half_map_2.map
注釈The according half map (2/2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

全体名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex
要素
  • 複合体: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

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超分子 #1: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex

超分子名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 362 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
25.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2243 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1229932
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 226147
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 266147 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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