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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41042 | ||||||||||||
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タイトル | S. enterica WbaP in a styrene maleic acid liponanoparticle | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | phosphoglycosyl transferase / liponanopaticle / SMALP / O-antigen / Salmonella enterica / TRANSFERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase / undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase activity / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / O antigen biosynthetic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dodge GJ / Imperiali B | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Mapping the architecture of the initiating phosphoglycosyl transferase from O-antigen biosynthesis in a liponanoparticle. 著者: Greg J Dodge / Alyssa J Anderson / Yi He / Weijing Liu / Rosa Viner / Barbara Imperiali / 要旨: Bacterial cell surface glycoconjugates are critical for cell survival and for interactions between bacteria and their hosts. Consequently, the pathways responsible for their biosynthesis have ...Bacterial cell surface glycoconjugates are critical for cell survival and for interactions between bacteria and their hosts. Consequently, the pathways responsible for their biosynthesis have untapped potential as therapeutic targets. The localization of many glycoconjugate biosynthesis enzymes to the membrane represents a significant challenge for expressing, purifying, and characterizing these enzymes. Here, we leverage cutting-edge detergent-free methods to stabilize, purify, and structurally characterize WbaP, a phosphoglycosyl transferase (PGT) from the (LT2) O-antigen biosynthesis. From a functional perspective, these studies establish WbaP as a homodimer, reveal the structural elements responsible for dimerization, shed light on the regulatory role of a domain of unknown function embedded within WbaP, and identify conserved structural motifs between PGTs and functionally unrelated UDP-sugar dehydratases. From a technological perspective, the strategy developed here is generalizable and provides a toolkit for studying other classes of small membrane proteins embedded in liponanoparticles beyond PGTs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41042.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41042-v30.xml emd-41042.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41042_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41042.png | 78.7 KB | ||
マスクデータ | emd_41042_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41042.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_41042_half_map_1.map.gz emd_41042_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41042 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41042 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41042_validation.pdf.gz | 802.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41042_full_validation.pdf.gz | 802 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41042_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41042_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41042 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41042 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t53MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41042_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41042_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41042_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : WbaP dimer embedded in a styrene maleic acid liponanoparticle
全体 | 名称: WbaP dimer embedded in a styrene maleic acid liponanoparticle |
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要素 |
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-超分子 #1: WbaP dimer embedded in a styrene maleic acid liponanoparticle
超分子 | 名称: WbaP dimer embedded in a styrene maleic acid liponanoparticle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: Undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase
分子 | 名称: Undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 61.382699 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GGSGSGGWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKSSGVD LGTENLYFQS NAMDNIDNKY NPQLCKIFLA ISDLIFFNLA LWFSLGCVY FIFDQVQRFI PQDQLDTRVI THFILSVVCV GWFWIRLRHY TYRKPFWYEL KEIFRTIVIF AIFDLALIAF T KWQFSRYV ...文字列: GGSGSGGWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKSSGVD LGTENLYFQS NAMDNIDNKY NPQLCKIFLA ISDLIFFNLA LWFSLGCVY FIFDQVQRFI PQDQLDTRVI THFILSVVCV GWFWIRLRHY TYRKPFWYEL KEIFRTIVIF AIFDLALIAF T KWQFSRYV WVFCWTFALI LVPFFRALTK HLLNKLGIWK KKTIILGSGQ NARGAYSALQ SEEMMGFDVI AFFDTDASDA EI NMLPVIK DTEIIWDLNR TGDVHYILAY EYTELEKTHF WLRELSKHHC RSVTVVPSFR GLPLYNTDMS FIFSHEVMLL RIQ NNLAKR SSRFLKRTFD IVCSIMILII ASPLMIYLWY KVTRDGGPAI YGHQRVGRHG KLFPCYKFRS MVMNSQEVLK ELLA NDPIA RAEWEKDFKL KNDPRITAVG RFIRKTSLDE LPQLFNVLKG DMSLVGPRPI VSDELERYCD DVDYYLMAKP GMTGL WQVS GRNDVDYDTR VYFDSWYVKN WTLWNDIAIL FKTAKVVLRR DGAY UniProtKB: Undecaprenyl-phosphate galactose phosphotransferase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4841 / 平均電子線量: 50.13 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |