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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of immature Zika virus | |||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||
![]() |
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![]() | Zika virus / immature / Cryo-EM / SPA / Homology modeling / prM cleavage / M protein / VIRUS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
![]() | Moustafa IM / Hafenstein SL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Zika virus M protein latches and locks the E protein from transitioning to an immature state after prM cleavage 著者: Majowicz SA / Narayanan A / Moustafa IM / Bator CM / Hafenstein SL / Jose J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 54.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-A map
ファイル | emd_41037_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-A map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-B map
ファイル | emd_41037_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-B map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Zika virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus
超分子 | 名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: prM/E protein / 直径: 560.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: E-protein
分子 | 名称: E-protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQY VCKRTLVDRG WGNGCGLFGK GSLVTCAKFT CSKKMTGKSI QPENLEYRIM LSVHGSQHSG MIVNDTGYET DENRAKVEVT ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQY VCKRTLVDRG WGNGCGLFGK GSLVTCAKFT CSKKMTGKSI QPENLEYRIM LSVHGSQHSG MIVNDTGYET DENRAKVEVT PNSPRAEATL GGFGSLGLDC EPRTGLDFSD LYYLTMNNKH WLVHKEWFHD IPLPWHAGAD TGTPHWNNKE ALVEFKDAHA KRQTVVVLGS QEGAVHTALA GALEAEMDGA KGKLFSGHLK CRLKMDKLRL KGVSYSLCTA AFTFTKVPAE TLHGTVTVEV QYAGTDGPCK IPVQMAVDMQ TLTPVGRLIT ANPVITESTE NSKMMLELDP PFGDSYIVIG VGDKKITHHW HRSGSTIGKA FEATVRGAKR MAVLGDTAWD FGSVGGVFNS LGKGIHQIFG AAFKSLFGGM SWFSQILIGT LLVWLGLNTK NGSISLTCLA LGGVMIFLST AVSA |
-分子 #2: prM-protein
分子 | 名称: prM-protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AEITRRGSAY YMYLDRSDAG KAISFATTLG VNKCHVQIMD LGHMCDATMS YECPMLDEGV EPDDVDCWCN TTSTWVVYGT CHHKKGEARR SRRAVTLPSH STRKLQTRSQ TWLESREYTK HLIKVENWIF RNPGFALVAV AIAWLLGSST SQKVIYLVMI LLIAPAYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TNE buffer |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K |
詳細 | purified immature zika virus at 1.4 mg/ml |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 100.0 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with Cs corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1839 / 平均露光時間: 90.8 sec. / 平均電子線量: 48.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.05 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Modeller / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |