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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure III | |||||||||
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![]() | RNA modification / 2'-O-methylation / IRES initiation / eEF2 / Ribosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosomal subunit / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosomal subunit / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / protein-folding chaperone binding / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
![]() | Zhao Y / Li H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Regulation of Translation by Ribosome RNA 2'-O-Methylation 著者: Zhao Y / Li H | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 99.4 KB 99.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 66.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 20 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.9 MB 226.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8t3dMC ![]() 8t2yC ![]() 8t30C ![]() 8t3aC ![]() 8t3bC ![]() 8t3cC ![]() 8t3fC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41000_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41000_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Hypopseudouridylated ribosome with TSV IRES, eEF2 and GDP
+超分子 #1: Hypopseudouridylated ribosome with TSV IRES, eEF2 and GDP
+分子 #1: 40S ribosomal protein S0-A
+分子 #2: RPS1A isoform 1
+分子 #3: RPS2 isoform 1
+分子 #4: 40S ribosomal protein S4-A
+分子 #5: 40S ribosomal protein S6-A
+分子 #6: 40S ribosomal protein S7-A
+分子 #7: 40S ribosomal protein S8-A
+分子 #8: 40S ribosomal protein S9-A
+分子 #9: 40S ribosomal protein S11-A
+分子 #10: 40S ribosomal protein S13
+分子 #11: 40S ribosomal protein S14-A
+分子 #12: 40S ribosomal protein S21-A
+分子 #13: RPS22A isoform 1
+分子 #14: 40S ribosomal protein S23-A
+分子 #15: 40S ribosomal protein S24-A
+分子 #16: RPS26B isoform 1
+分子 #17: 40S ribosomal protein S27-A
+分子 #18: 40S ribosomal protein S30-A
+分子 #19: RPS3 isoform 1
+分子 #20: Rps5p
+分子 #21: 40S ribosomal protein S10-A
+分子 #22: RPS15 isoform 1
+分子 #23: 40S ribosomal protein S16-A
+分子 #24: 40S ribosomal protein S17-A
+分子 #25: 40S ribosomal protein S18-A
+分子 #26: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #27: RPS20 isoform 1
+分子 #28: RPS25A isoform 1
+分子 #29: RPS28A isoform 1
+分子 #30: RPS29A isoform 1
+分子 #31: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #32: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
+分子 #33: 40S ribosomal protein S12
+分子 #35: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L3
+分子 #37: RPL4A isoform 1
+分子 #41: RPL5 isoform 1
+分子 #42: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #43: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #44: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #45: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #46: 60S ribosomal protein L10
+分子 #47: RPL11A isoform 1
+分子 #48: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #49: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #50: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #51: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #52: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #53: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #54: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #55: 60S ribosomal protein L20
+分子 #56: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #57: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #58: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #59: RPL24A isoform 1
+分子 #60: 60S ribosomal protein L25
+分子 #61: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #62: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #63: 60S ribosomal protein L28
+分子 #64: RPL29 isoform 1
+分子 #65: 60S ribosomal protein L30
+分子 #66: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #67: RPL32 isoform 1
+分子 #68: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #69: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #70: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #71: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #72: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #73: RPL38 isoform 1
+分子 #74: 60S ribosomal protein L39
+分子 #75: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #76: 60S ribosomal protein L41-A
+分子 #77: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #78: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #79: RPL1A isoform 1
+分子 #80: Elongation factor 2
+分子 #34: 18S rRNA
+分子 #38: 25S rRNA
+分子 #39: 5s rRNA
+分子 #40: 5.8 S rRNA
+分子 #81: TSV IRES
+分子 #82: ZINC ION
+分子 #83: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #84: MAGNESIUM ION
+分子 #85: [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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糖包埋 | 材質: carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124254 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |