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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Hypomethylated yeast 80S bound with cycloheximide, P-site tRNA, and A-site tRNA, messenger RNA, PRE | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA modification / ribosome maturation / translation regulation / RIBOSOME | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosomal subunit / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation ...regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosomal subunit / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / positive regulation of protein kinase activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit export from nucleus / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao Y / Li H | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Regulation of Translation by Ribosome RNA 2'-O-Methylation 著者: Zhao Y / Li H | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_40991.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-40991-v30.xml emd-40991.xml | 98.8 KB 98.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_40991.png | 66.5 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-40991.cif.gz | 19.2 KB | ||
| その他 | emd_40991_half_map_1.map.gz emd_40991_half_map_2.map.gz | 226.3 MB 226.3 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40991 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40991 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_40991_validation.pdf.gz | 1005.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_40991_full_validation.pdf.gz | 1005.4 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_40991_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_40991_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40991 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40991 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 8t2yMC ![]() 8t30C ![]() 8t3aC ![]() 8t3bC ![]() 8t3cC ![]() 8t3dC ![]() 8t3fC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_40991_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_40991_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Hypomethylated ribosome bound with P-tRNA and A-tRNA
+超分子 #1: Hypomethylated ribosome bound with P-tRNA and A-tRNA
+分子 #1: 40S ribosomal protein S0-A
+分子 #2: RPS1A isoform 1
+分子 #3: RPS2 isoform 1
+分子 #4: 40S ribosomal protein S4-A
+分子 #5: 40S ribosomal protein S6-A
+分子 #6: 40S ribosomal protein S7-A
+分子 #7: 40S ribosomal protein S8-A
+分子 #8: 40S ribosomal protein S9-A
+分子 #9: 40S ribosomal protein S11-A
+分子 #10: 40S ribosomal protein S13
+分子 #11: 40S ribosomal protein S14-A
+分子 #12: 40S ribosomal protein S21-A
+分子 #13: RPS22A isoform 1
+分子 #14: 40S ribosomal protein S23-A
+分子 #15: 40S ribosomal protein S24-A
+分子 #16: RPS26B isoform 1
+分子 #17: 40S ribosomal protein S27-A
+分子 #18: 40S ribosomal protein S30-A
+分子 #19: RPS3 isoform 1
+分子 #20: Rps5p
+分子 #21: 40S ribosomal protein S10-A
+分子 #22: RPS15 isoform 1
+分子 #23: 40S ribosomal protein S16-A
+分子 #24: 40S ribosomal protein S17-A
+分子 #25: 40S ribosomal protein S18-A
+分子 #26: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #27: RPS20 isoform 1
+分子 #28: RPS25A isoform 1
+分子 #29: RPS28A isoform 1
+分子 #30: RPS29A isoform 1
+分子 #31: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #32: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
+分子 #33: 40S ribosomal protein S12
+分子 #35: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L3
+分子 #37: RPL4A isoform 1
+分子 #41: RPL5 isoform 1
+分子 #42: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #43: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #44: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #45: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #46: RPL10 isoform 1
+分子 #47: RPL11A isoform 1
+分子 #48: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #49: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #50: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #51: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #52: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #53: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #54: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #55: 60S ribosomal protein L20
+分子 #56: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #57: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #58: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #59: RPL24A isoform 1
+分子 #60: 60S ribosomal protein L25
+分子 #61: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #62: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #63: 60S ribosomal protein L28
+分子 #64: RPL29 isoform 1
+分子 #65: 60S ribosomal protein L30
+分子 #66: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #67: RPL32 isoform 1
+分子 #68: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #69: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #70: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #71: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #72: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #73: RPL38 isoform 1
+分子 #74: 60S ribosomal protein L39
+分子 #75: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #76: 60S ribosomal protein L41-A
+分子 #77: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #78: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #34: 18S rRNA
+分子 #38: 25S rRNA
+分子 #39: 5s rRNA
+分子 #40: 5.8 S rRNA
+分子 #79: P site tRNA
+分子 #80: A site tRNA
+分子 #81: messenger RNA
+分子 #82: MAGNESIUM ION
+分子 #83: SPERMIDINE
+分子 #84: 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethy...
+分子 #85: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
|---|---|
| グリッド | 材質: COPPER |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
| 初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
|---|---|
| 最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 445683 |
| 初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
| 最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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キーワード
データ登録者
米国, 1件
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FIELD EMISSION GUN

