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- EMDB-40983: Negative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40983
タイトルNegative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: MBP fused MYC JAZ NINJA complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor MYC3
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIFY 10A
    • タンパク質・ペプチド: AFP homolog 2
キーワードJasmonate signaling / MYC / JAZ / NINJA / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding ...regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. ...Ninja family / Tify domain binding domain / Tify domain binding domain / Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Transcription factor MYC3 / Protein TIFY 10A / AFP homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Zhou XE / Zhang Y / Zhou Y / He Q / Cao X / Kariapper L / Suino-Powell K / Zhu Y / Zhang F / Karsten M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1922846 米国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2023
タイトル: Assembly of JAZ-JAZ and JAZ-NINJA complexes in jasmonate signaling.
著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino- ...著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino-Powell / Yuanye Zhu / Scott Novick / Patrick R Griffin / Feng Zhang / Gregg A Howe / Karsten Melcher /
要旨: Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. ...Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. In the absence of JA, JAZ proteins bind and inhibit MYC through the assembly of MYC-JAZ-Novel Interactor of JAZ (NINJA)-TPL repressor complexes. However, JAZ and NINJA are predicted to be largely intrinsically unstructured, which has precluded their experimental structure determination. Through a combination of biochemical, mutational, and biophysical analyses and AlphaFold-derived ColabFold modeling, we characterized JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions and generated models with detailed, high-confidence domain interfaces. We demonstrate that JAZ, NINJA, and MYC interface domains are dynamic in isolation and become stabilized in a stepwise order upon complex assembly. By contrast, most JAZ and NINJA regions outside of the interfaces remain highly dynamic and cannot be modeled in a single conformation. Our data indicate that the small JAZ Zinc finger expressed in Inflorescence Meristem (ZIM) motif mediates JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions through separate surfaces, and our data further suggest that NINJA modulates JAZ dimerization. This study advances our understanding of JA signaling by providing insights into the dynamics, interactions, and structure of the JAZ-NINJA core of the JA repressor complex.
履歴
登録2023年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.7961597 - 6.1584063
平均 (標準偏差)-0.025577713 (±0.16901806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 575.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40983_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40983_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MBP fused MYC JAZ NINJA complex

全体名称: MBP fused MYC JAZ NINJA complex
要素
  • 複合体: MBP fused MYC JAZ NINJA complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor MYC3
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIFY 10A
    • タンパク質・ペプチド: AFP homolog 2

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超分子 #1: MBP fused MYC JAZ NINJA complex

超分子名称: MBP fused MYC JAZ NINJA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Transcription factor MYC3

分子名称: Transcription factor MYC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 20.972973 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EDTLQQRLQA LIESAGENWT YAIFWQISHD FDSSTGDNTV ILGWGDGYYK GEEDKEKKKN NTNTAEQEHR KRVIRELNSL ISGGIGVSD ESNDEEVTDT EWFFLVSMTQ SFVNGVGLPG ESFLNSRVIW LSGSGALTGS GCERAGQGQI YGLKTMVCIA T QNGVVELG ...文字列:
EDTLQQRLQA LIESAGENWT YAIFWQISHD FDSSTGDNTV ILGWGDGYYK GEEDKEKKKN NTNTAEQEHR KRVIRELNSL ISGGIGVSD ESNDEEVTDT EWFFLVSMTQ SFVNGVGLPG ESFLNSRVIW LSGSGALTGS GCERAGQGQI YGLKTMVCIA T QNGVVELG SSEVISQSSD LMHKVNNLFN FN

UniProtKB: Transcription factor MYC3

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分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 44.779238 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKHHHHHHHH HHSSDYKDDD DKGENLYFQG SKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT W EEIPALDK ...文字列:
MKHHHHHHHH HHSSDYKDDD DKGENLYFQG SKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT W EEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT WPLIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TD YSIAEAA FNKGETAMTI NGPWAWSNID TSKVNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEG LEAVNK DKPLGAVALK SYEEELAKDP RIAATMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TNNA AAEF

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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分子 #3: Protein TIFY 10A

分子名称: Protein TIFY 10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.640266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSSMECSEF VGSRRFTGKK PSFSQTCSRL SQYLKENGSF GDLSLGMACK PDVNGTLGNS RQPTTTMSLF PCEASNMDSM VQDVKPTNL FPRQPSFSSS SSSLPKEDVL KMTQTTRSVK PESQTAPLTI FYAGQVIVFN DFSAEKAKEV INLASKGTAN S LAKNQTDI ...文字列:
MSSSMECSEF VGSRRFTGKK PSFSQTCSRL SQYLKENGSF GDLSLGMACK PDVNGTLGNS RQPTTTMSLF PCEASNMDSM VQDVKPTNL FPRQPSFSSS SSSLPKEDVL KMTQTTRSVK PESQTAPLTI FYAGQVIVFN DFSAEKAKEV INLASKGTAN S LAKNQTDI RSNIATIANQ VPHPRKTTTQ EPIQSSPTPL TELPIARRAS LHRFLEKRKD RVTSKAPYQL CDPAKASSNP QT TGNMSWL GLAAEI

UniProtKB: Protein TIFY 10A

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分子 #4: AFP homolog 2

分子名称: AFP homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 44.990797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDDDNGLELS LGLSCGGSTG KAKGNNNNNA GSSSENYRAE GGDRSAKVID DFKNFLHPTS QRPAEPSSGS QRSDSGQQPP QNFFNDLSK APTTEAEAST KPLWVEDESR KEAGNKRKFG FPGMNDDKKK EKDSSHVDMH EKKTKASHVS TATDEGSTAE N EDVAESEV ...文字列:
MDDDNGLELS LGLSCGGSTG KAKGNNNNNA GSSSENYRAE GGDRSAKVID DFKNFLHPTS QRPAEPSSGS QRSDSGQQPP QNFFNDLSK APTTEAEAST KPLWVEDESR KEAGNKRKFG FPGMNDDKKK EKDSSHVDMH EKKTKASHVS TATDEGSTAE N EDVAESEV GGGSSSNHAK EVVRPPTDTN IVDNLTGQRR SNHGGSGTEE FTMRNMSYTV PFTVHPQNVV TSMPYSLPTK ES GQHAAAT SLLQPNANAG NLPIMFGYSP VQLPMLDKDG SGGIVALSQS PFAGRVPSNS ATAKGEGKQP VAEEGSSEDA SER PTGDNS NLNTAFSFDF SAIKPGMAAD VKFGGSGARP NLPWVSTTGS GPHGRTISGV TYRYNANQIK IVCACHGSHM SPEE FVRHA SEEYVSPESS MGMTAASAHT

UniProtKB: AFP homolog 2

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC600 (2.7k x 2.7k)
平均電子線量: 6.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4rru

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26340
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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