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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex | |||||||||
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![]() | Jasmonate signaling / MYC / JAZ / NINJA / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding ...regulation of cellular response to alkaline pH / regulation of leaf morphogenesis / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen development / flower development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
![]() | Zhou XE / Zhang Y / Zhou Y / He Q / Cao X / Kariapper L / Suino-Powell K / Zhu Y / Zhang F / Karsten M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly of JAZ-JAZ and JAZ-NINJA complexes in jasmonate signaling. 著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino- ...著者: X Edward Zhou / Yaguang Zhang / Jian Yao / Jie Zheng / Yuxin Zhou / Qing He / Javier Moreno / Vinh Q Lam / Xiaoman Cao / Koichi Sugimoto / Leidy Vanegas-Cano / Leena Kariapper / Kelly Suino-Powell / Yuanye Zhu / Scott Novick / Patrick R Griffin / Feng Zhang / Gregg A Howe / Karsten Melcher / ![]() ![]() 要旨: Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. ...Jasmonates (JAs) are plant hormones with crucial roles in development and stress resilience. They activate MYC transcription factors by mediating the proteolysis of MYC inhibitors called JAZ proteins. In the absence of JA, JAZ proteins bind and inhibit MYC through the assembly of MYC-JAZ-Novel Interactor of JAZ (NINJA)-TPL repressor complexes. However, JAZ and NINJA are predicted to be largely intrinsically unstructured, which has precluded their experimental structure determination. Through a combination of biochemical, mutational, and biophysical analyses and AlphaFold-derived ColabFold modeling, we characterized JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions and generated models with detailed, high-confidence domain interfaces. We demonstrate that JAZ, NINJA, and MYC interface domains are dynamic in isolation and become stabilized in a stepwise order upon complex assembly. By contrast, most JAZ and NINJA regions outside of the interfaces remain highly dynamic and cannot be modeled in a single conformation. Our data indicate that the small JAZ Zinc finger expressed in Inflorescence Meristem (ZIM) motif mediates JAZ-JAZ and JAZ-NINJA interactions through separate surfaces, and our data further suggest that NINJA modulates JAZ dimerization. This study advances our understanding of JA signaling by providing insights into the dynamics, interactions, and structure of the JAZ-NINJA core of the JA repressor complex. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 34.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 37.4 MB 37.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8t2iMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40983_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40983_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : MBP fused MYC JAZ NINJA complex
全体 | 名称: MBP fused MYC JAZ NINJA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: MBP fused MYC JAZ NINJA complex
超分子 | 名称: MBP fused MYC JAZ NINJA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transcription factor MYC3
分子 | 名称: Transcription factor MYC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.972973 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EDTLQQRLQA LIESAGENWT YAIFWQISHD FDSSTGDNTV ILGWGDGYYK GEEDKEKKKN NTNTAEQEHR KRVIRELNSL ISGGIGVSD ESNDEEVTDT EWFFLVSMTQ SFVNGVGLPG ESFLNSRVIW LSGSGALTGS GCERAGQGQI YGLKTMVCIA T QNGVVELG ...文字列: EDTLQQRLQA LIESAGENWT YAIFWQISHD FDSSTGDNTV ILGWGDGYYK GEEDKEKKKN NTNTAEQEHR KRVIRELNSL ISGGIGVSD ESNDEEVTDT EWFFLVSMTQ SFVNGVGLPG ESFLNSRVIW LSGSGALTGS GCERAGQGQI YGLKTMVCIA T QNGVVELG SSEVISQSSD LMHKVNNLFN FN UniProtKB: Transcription factor MYC3 |
-分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
分子 | 名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.779238 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKHHHHHHHH HHSSDYKDDD DKGENLYFQG SKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT W EEIPALDK ...文字列: MKHHHHHHHH HHSSDYKDDD DKGENLYFQG SKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT W EEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT WPLIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TD YSIAEAA FNKGETAMTI NGPWAWSNID TSKVNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEG LEAVNK DKPLGAVALK SYEEELAKDP RIAATMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TNNA AAEF UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein |
-分子 #3: Protein TIFY 10A
分子 | 名称: Protein TIFY 10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.640266 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSSSMECSEF VGSRRFTGKK PSFSQTCSRL SQYLKENGSF GDLSLGMACK PDVNGTLGNS RQPTTTMSLF PCEASNMDSM VQDVKPTNL FPRQPSFSSS SSSLPKEDVL KMTQTTRSVK PESQTAPLTI FYAGQVIVFN DFSAEKAKEV INLASKGTAN S LAKNQTDI ...文字列: MSSSMECSEF VGSRRFTGKK PSFSQTCSRL SQYLKENGSF GDLSLGMACK PDVNGTLGNS RQPTTTMSLF PCEASNMDSM VQDVKPTNL FPRQPSFSSS SSSLPKEDVL KMTQTTRSVK PESQTAPLTI FYAGQVIVFN DFSAEKAKEV INLASKGTAN S LAKNQTDI RSNIATIANQ VPHPRKTTTQ EPIQSSPTPL TELPIARRAS LHRFLEKRKD RVTSKAPYQL CDPAKASSNP QT TGNMSWL GLAAEI UniProtKB: Protein TIFY 10A |
-分子 #4: AFP homolog 2
分子 | 名称: AFP homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.990797 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDDDNGLELS LGLSCGGSTG KAKGNNNNNA GSSSENYRAE GGDRSAKVID DFKNFLHPTS QRPAEPSSGS QRSDSGQQPP QNFFNDLSK APTTEAEAST KPLWVEDESR KEAGNKRKFG FPGMNDDKKK EKDSSHVDMH EKKTKASHVS TATDEGSTAE N EDVAESEV ...文字列: MDDDNGLELS LGLSCGGSTG KAKGNNNNNA GSSSENYRAE GGDRSAKVID DFKNFLHPTS QRPAEPSSGS QRSDSGQQPP QNFFNDLSK APTTEAEAST KPLWVEDESR KEAGNKRKFG FPGMNDDKKK EKDSSHVDMH EKKTKASHVS TATDEGSTAE N EDVAESEV GGGSSSNHAK EVVRPPTDTN IVDNLTGQRR SNHGGSGTEE FTMRNMSYTV PFTVHPQNVV TSMPYSLPTK ES GQHAAAT SLLQPNANAG NLPIMFGYSP VQLPMLDKDG SGGIVALSQS PFAGRVPSNS ATAKGEGKQP VAEEGSSEDA SER PTGDNS NLNTAFSFDF SAIKPGMAAD VKFGGSGARP NLPWVSTTGS GPHGRTISGV TYRYNANQIK IVCACHGSHM SPEE FVRHA SEEYVSPESS MGMTAASAHT UniProtKB: AFP homolog 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC600 (2.7k x 2.7k) 平均電子線量: 6.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26340 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |