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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation | |||||||||
![]() | E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation | |||||||||
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![]() | ABCF / ATPase / translation / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Singh S / Hunt JF | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation 著者: Singh S / Hunt JF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 3.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40923_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40923_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-Yb...
全体 | 名称: E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-Yb...
超分子 | 名称: E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23587 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |