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万見
- EMDB-4092: Tomographic reconstruction of ex vivo mammalian prions -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4092
タイトルTomographic reconstruction of ex vivo mammalian prions
マップデータNone
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Infectious prion rods
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Terry C / Wenborn A / Gros N / Sells J / Joiner S / Hosszu LLP / Tattum MH / Panico S / Clare DK / Collinge J ...Terry C / Wenborn A / Gros N / Sells J / Joiner S / Hosszu LLP / Tattum MH / Panico S / Clare DK / Collinge J / Saibil HR / Wadsworth JDF
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2016
タイトル: Ex vivo mammalian prions are formed of paired double helical prion protein fibrils.
著者: Cassandra Terry / Adam Wenborn / Nathalie Gros / Jessica Sells / Susan Joiner / Laszlo L P Hosszu / M Howard Tattum / Silvia Panico / Daniel K Clare / John Collinge / Helen R Saibil / Jonathan D F Wadsworth /
要旨: Mammalian prions are hypothesized to be fibrillar or amyloid forms of prion protein (PrP), but structures observed to date have not been definitively correlated with infectivity and the three- ...Mammalian prions are hypothesized to be fibrillar or amyloid forms of prion protein (PrP), but structures observed to date have not been definitively correlated with infectivity and the three-dimensional structure of infectious prions has remained obscure. Recently, we developed novel methods to obtain exceptionally pure preparations of prions from mouse brain and showed that pathogenic PrP in these high-titre preparations is assembled into rod-like assemblies. Here, we have used precise cell culture-based prion infectivity assays to define the physical relationship between the PrP rods and prion infectivity and have used electron tomography to define their architecture. We show that infectious PrP rods isolated from multiple prion strains have a common hierarchical assembly comprising twisted pairs of short fibres with repeating substructure. The architecture of the PrP rods provides a new structural basis for understanding prion infectivity and can explain the inability to systematically generate high-titre synthetic prions from recombinant PrP.
履歴
登録2016年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月17日-
マップ公開2016年8月17日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.153 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)80.924614000000005 (±75.538284000000004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0020
サイズ60060069
Spacing60060069
セルA: 2491.7998 Å / B: 2491.7998 Å / C: 286.557 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z4.1534.1534.153
M x/y/z60060069
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2491.8002491.800286.557
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0020
NC/NR/NS60060069
D min/max/mean-128.000127.00080.925

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Infectious prion rods

全体名称: Infectious prion rods
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Infectious prion rods

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超分子 #1: Infectious prion rods

超分子名称: Infectious prion rods / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Ex vivo, isolated from prion-infected mouse brain (prion strain ME7)
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57Bl/6 / 器官: Brain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
150.0 mMSodium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: 2% (w/v)
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細Prions isolated from mouse brain, approximate concentration 3 ug/ml
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / デジタル化 - サイズ - 横: 1024 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1024 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2
詳細: This is a representative tomogram of many samples and grids imaged.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 58594 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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