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- EMDB-40786: Structural basis and functional roles for Toll-like receptor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40786
タイトルStructural basis and functional roles for Toll-like receptor binding to Latrophilin adhesion-GPCR in embryo development
マップデータPostprocessed map
試料
  • 複合体: The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extracellular domains
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 1/TOL-1
    • タンパク質・ペプチド: Latrophilin 1/LAT-1
キーワードsynapse / C. elegans / ADGR / GPCR / CELL ADHESION
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Li J / Rosas GC / Arac D / Ozkan E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM148412 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis and functional roles for Toll-like receptor binding to Latrophilin adhesion-GPCR in embryo development
著者: Rosas GC / Li J / Smith J / Cheng S / Baltrusaitis E / Nawrocka W / Zhan M / Kratsios P / Arac D / Ozkan E
履歴
登録2023年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.012612101 - 0.03890138
平均 (標準偏差)0.000075810705 (±0.0017290576)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halp map 1

ファイルemd_40786_half_map_1.map
注釈Halp map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_40786_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extr...

全体名称: The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extracellular domains
要素
  • 複合体: The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extracellular domains
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 1/TOL-1
    • タンパク質・ペプチド: Latrophilin 1/LAT-1

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超分子 #1: The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extr...

超分子名称: The binary complex of C. elegans TOL-1 with C. elegans LAT-1 extracellular domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The Binary complex includes C.elegans Toll-like receptor 1 (Tol-1) and C. elegans Latrophilin 1 (LAT-1).
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 172 KDa

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分子 #1: Toll-like receptor 1/TOL-1

分子名称: Toll-like receptor 1/TOL-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ADPHHHHHHG SGLNDIFEAQ KIEWHEADPG YTDECPKFCK CAPDPVQPTS KLLLCDYSSK NTTITPIASS NYDQVANIRS LFISCDNNNF QFPDAYFKSL TALHHLRIVG CETTHFSVKL FEDLAALRRL ELDQISTAST SFEMTEDVLM PLARLEKFSL TRSRNIELPQ ...文字列:
ADPHHHHHHG SGLNDIFEAQ KIEWHEADPG YTDECPKFCK CAPDPVQPTS KLLLCDYSSK NTTITPIASS NYDQVANIRS LFISCDNNNF QFPDAYFKSL TALHHLRIVG CETTHFSVKL FEDLAALRRL ELDQISTAST SFEMTEDVLM PLARLEKFSL TRSRNIELPQ RLLCSLPHLQ VLNISSNELP SLRREESCVA QQLLIVDLSR NRLTNIEQFL RGIPAIRQIS VAYNSIAELD LSLATPFLQQ LDAEANRIVD LTSLPGTVVH VNLAGNALKR VPDAVAELAS LVALNVSRNE IEAGNSSVFS SPELEMLDAS YNKLDSLPVE WLQKCEKRIA HLHLEHNSIE QLTGGVLANA TNLQTLDLSS NQLRVFRDEV LPENSKIGNL RLSNNSLELL EPSSLSGLKL ESLDLSHNKL TEVPAAIGKV EQLKKVDLSH NRIAKVYQYV LNKIKQLHTV DLSNNQLQSI GPYIFSDSSE LHSLDVSNNE ISLLFKDAFA RCPKLRKISM KMNKIKSLDE GLTEASGLRR LDVSHNEILV LKWSALPENL EILNADNNDI NLLTAASMSP STANLKSVSL SNNGITIMNA DQIPNSLESL DVSNNRLAKL GKTALAAKSQ LRRLNLKGNL LTVVATESMK VVEAVHPLKV EISENPLICD CQMGWMIGGA KPKVLIQDSE TASCSHAVDG HQIQIQSLSK KDLLCPYKSV CEPECICCQY GNCDCKSVCP ANCRCFRDDQ FNINIVRCHG NSSMVPKREF VVSELPVSAT EIILSGVTLP QLRTHSFIGR LRLQRLHING TGLRSIQPKA FHTLPALKTL DLSDNSLISL SGEEFLKCGE VSQLFLNGNR FSTLSRGIFE KLPNLKYLTL HNNSLEDIPQ VLHSTALSKI SLSSNPLRCD CSGGSQQHLH HRRDPKAHPF WEHNAAEWFS LHRHLVVDFP KVECWENVTK AFLTNDTTVL SAYPPNMGND VFVMPIEEFL RDYNSTICVP FSSGFFGQDP QNSDIQH

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分子 #2: Latrophilin 1/LAT-1

分子名称: Latrophilin 1/LAT-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AVPSNKPTTD ESGTISHTIC DGEAAELSCP AGKVISIVLG NYGRFSVAVC LPDNDIVPSN INCQNHKTKS ILEKKCNGDS MCYFTVDKKT FTEDPCPNTP KYLEVKYNCV VPATTTTTTT TTSTTTTDSS LIVDEEEEAQ KDALNSDVIK PVKKKEDVFC SATNRRGVNW ...文字列:
AVPSNKPTTD ESGTISHTIC DGEAAELSCP AGKVISIVLG NYGRFSVAVC LPDNDIVPSN INCQNHKTKS ILEKKCNGDS MCYFTVDKKT FTEDPCPNTP KYLEVKYNCV VPATTTTTTT TTSTTTTDSS LIVDEEEEAQ KDALNSDVIK PVKKKEDVFC SATNRRGVNW QNTKSGTTSS APCPEGSSGK QLWACTEEGQ WLTEFPNSAG CESNWISSRN SVLSGVISSE DVSGLPEFLR NLGSETRRPM VGGDLPKVLH LLEKTVNVIA EESWAYQHLP LSNKGAVEVM NYMLRNQEIW GSWDVTKRKE FASRFILAAE KAMVASAKGM MTSAESNVIV QPAITVEISH KIKMSSQPTD YILFPSAALW NGQNVDNVNI PRDAILKINK DETQVFFSSF DNLGAQMTPS DVTVAIAGTD QTEVRKRRVV SRIVGASLIE NGKERRVENL TQPVRITFYH KESSVRHLSN PTCVWWNHHE LKWKPSGCKL SYHNKTMTSC DCTHLTHFAV LMDVRGHDLN EIDQTLLTHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.28 mg/mL
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 10 mM Tris, pH 8.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3333 / 平均露光時間: 4.2 sec. / 平均電子線量: 60.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model was generated in Relion.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 144253
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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